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Biopython Tutorial Chinese Translation

Biopython 中文翻译

致谢

首先，感谢biopython代码的各位贡献者，感谢你们开发出如此优秀的工具来方便广大的生物信息学研究人员的工作。 感谢biopython英文版教程的撰写者，你们的文字让我们能更好的理解和使用biopython工具，也是中文版教程翻译 的基础。

本翻译由一群biopython爱好和使用者根据Biopython1.61教程英文版（5 February 2013）翻译而成， 各成员根据自己的研究方向、兴趣、时间和能力选择相应的章节进行翻译，虽各章节内容有多有少，难易不同，每位成员 的翻译成果均是对biopython中文教程重要而独一无二的贡献，都应得到尊重。在此感谢参与翻译的每位成员。

目前计划更新原有翻译文本，使之与Biopython1.78教程英文版（Last Update – September 4, 2020）保持一致。

翻译人员列表：

章节	翻译人	进度	校对人	进度
第1章	徐凯	已完成	文雷	已完成
第2章	徐凯	已完成	文雷	已完成
第3章	韩娜	已完成	鸣有馨	已完成
第4章	谌平	已完成	韩娜	已完成
第5章	邓操	已完成	郭振洋	已完成
第6章	阮铮	已完成	叶彦波	已完成
第7章	杨元杰	已完成	魏博	已完成
第8章	文雷	已完成	徐凯	已完成
第9章	王志文	已完成	叶彦波	已完成
第10章	张力圩	已完成	游宇星	已完成
第11章	钟相富	已完成	王崇志	已完成
第12章	邓操	已完成	黎娜	已完成
第13章	叶彦波	已完成	王志文	已完成
第14章	鸣有馨	已完成	钟相富	已完成
第15章	刘涛	已完成	谌平	已完成
第16章	魏博	已完成	杨元杰	已完成
第17章	游宇星	已完成	张力圩	已完成
第18章	叶彦波	已完成	阮铮	已完成
第19章	王崇志	已完成	刘涛	已完成
第20章	黎娜	已完成	邓操	已完成
第21章	郭振洋	已完成	邓操	已完成
第22章	郭振洋	已完成	邓操	已完成

更新进度安排

• 10月：计划完成2-5章的更新；
• 11月：计划完成6-10章的更新；
• 12月：计划完成11-15章的更新；
• 2021年1月：计划完成全部的更新；
• 2021年2月：校对；格式整理；定稿发布。

参与更新

欢迎感兴趣的开发者参与Biopython中文版的更新，有意向的可以在issue中提交意向说明。

翻译注意事项

• 下载项目文件：

  • git下载方法：git clone https://github.com/bigwiv；
  • 压缩包下载：https://github.com/bigwiv/Biopython-cn/archive/master.zip ；

• 直接修改cn文件夹下面对应的rst文件，用文本编辑器（windows推荐notepad++\ultraedit\sublimetext）打开即可；

• 只将文件里面的英文改为中文，不要更改特殊格式或符号，包括（无法详尽，你觉得和普通书写不一样的格式符号即是）：

  • 缩进保留；
  • 空白行要保留；
  • 引号等特殊符号，如 Bio.Entrez.egquery() ，前后均保留一个英文字符空格（即半角空格）；
  • 比较复杂的格式，如链接，章节引用，保留原文本，如上，前后留空格即可；

• 代码块不需要翻译，不做任何更改；

• 章节名称：数字用小写，如“第1章”；

• 专有名词及你觉得不好翻译的词记录下来，一起在群里讨论。

校对事项

• 每人找一个其他成员帮忙对自己翻译的章节进行校对，最好能两个人一组相互校对，方便讨论；
• 推荐按下面的步骤校对几遍：
  • 第一遍注意语句通顺与否、错别字（拼音难免出错）、术语翻译问题；
  • 第二遍注意标点符号，需要更改的英文标点是否已换成中文，如句号、冒号、括号等等；
  • 第三遍注意特殊格式问题，是否参照翻译注意事项进行了格式保留。
• 欢迎补充其他问题

其他

关于rst：http://sphinx-doc.org/

关于biopython文档： http://biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html

关于github：https://github.com

biopython-cn's Issues

equation format errors

Equations in chapters 12, 15, 16 and 18 need to be fixed. It seems pandoc translated those equations in latex into tables.

Table format errors

Table format in chapters 11, 14 and 16 may have errors. The github cannot render the whole files.

How to import HSExposure？

How to import HSExposure？

model = structure[0]
hse = HSExposure()

Calculate HSEalpha

exp_ca = hse.calc_hs_exposure(model, option='CA3')

Calculate HSEbeta

exp_cb=hse.calc_hs_exposure(model, option='CB')

Calculate classical coordination number

exp_fs = hse.calc_fs_exposure(model)

Print HSEalpha for a residue

print exp_ca[some_residue]

更新同步到网页版Biopython中文教程

我目前更新了本仓库Biopython中文和英文教程的第二章和第三章，见PR 18，后续会更新其他章节。
请问是否可以同步Biopython-cn的更新内容到Biopython中文网页教程中。
@lijax

既然是用RST发布的，那么建议发布到readthedocs上

https://readthedocs.org

方便在线浏览，就不用下载了

在biopython嵌套循环是计算次数不对

当我使用嵌套循环的时候，计算次数少于应该计算的次数
这是第一个文件的序列数目。共有五个

这是第一个文件的序列数目。共有三个

这是嵌套计算的次数，理论上应该计算15次，但是只计算了三次

请问这个问题怎么解决，谢谢！！

是否考虑更新？

当前英文文档“Last Update – 21 June 2018 (Biopython 1.72)”，应该有不少更新，是否考虑更新中文版本？