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Pipelines e scripts para análises em Bioinformática

Bioinformática

Pipelines e scripts para análises de Bioinformática

Acesso o SITE OFICIAL AQUI.

Este repositório foi criado para auxiliar pesquisadores de todo o Brasil nas análises de bioinformática. As páginas de cada pipeline está no WIKI deste depositório.

Acesse o Wiki: https://github.com/lmigueel/Bioinformatica/wiki

Quer saber como iniciar na Bioinformática?

ACESSE: https://www.blogs.unicamp.br/tb-of-life/2020/07/21/como-comecar-na-bioinformatica/

Meu Google Schoolar:

https://scholar.google.com.br/citations?user=8KBcPOYAAAAJ&hl=EN

Programação Rosalind:

http://rosalind.info/users/lmigueel/

Se puder, cite o repositório:

Citação de todas as versões

Lucas Miguel de Carvalho. (2022). Bioinformatica: Bioinformatica 1.0 (1.0). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.6583568.

bioinformatica's Issues

Error

Hi Miguel,

Ja criei varias evs somente para Kofamscan (todos os demais programas estao instalados), e sempre tenho o mesmo erro - por favor, veja abaixo. Vc tem ideia do isso possa ser.

/home/geize/miniconda3/envs/kegg/lib/ruby/3.1.0/open3.rb:222:in spawn': No such file or directory - ~/miniconda3/envs/kegg/bin/parallel (Errno::ENOENT) from /home/geize/miniconda3/envs/kegg/lib/ruby/3.1.0/open3.rb:222:in popen_run'
from /home/geize/miniconda3/envs/kegg/lib/ruby/3.1.0/open3.rb:103:in popen3' from /faststorage/project/killer_slug/kofamscan/bin/kofam_scan-1.3.0/lib/kofam_scan/parallel.rb:27:in exec'
from /faststorage/project/killer_slug/kofamscan/bin/kofam_scan-1.3.0/lib/kofam_scan/executor.rb:107:in run_hmmsearch' from /faststorage/project/killer_slug/kofamscan/bin/kofam_scan-1.3.0/lib/kofam_scan/executor.rb:35:in execute'
from /faststorage/project/killer_slug/kofamscan/bin/kofam_scan-1.3.0/lib/kofam_scan/executor.rb:8:in execute' from /faststorage/project/killer_slug/kofamscan/bin/kofam_scan-1.3.0/lib/kofam_scan/cli.rb:21:in run'
from ./exec_annotation:7:in `