xndless / helixlife-wgcna-2018

helixlife-WGCNA-2018 https://github.com/xndless/helixlife-WGCNA-2018.git

helixlife-WGCNA-2018

This GitHub page maintains documentation and code to enable interested readers to reproduce the main results in lesson "helixlife WGCNA 2018". You can easily master skill of constructing WGCNA co-expression network through following the codes. Questions and comments on this code can be e-mailed to [email protected]

helixlife-wgcna-2018's Issues

R^2里面有负值

老师您好，听了您精彩的课后，我立马就尝试用自己的数据跑了一次，但是发现R^2里面有负值，选取软阈值后，后面的分析也是能够做下去的，这个有问题么？

wgcna用于药敏基因挖掘

小赤老师，您好。学习了您的课程后受益匪浅，联系到自己感兴趣的研究方向，想请教您，wgcna可用于挖掘肿瘤病人化疗敏感性的相关基因吗？临床上的药敏性一般为名义变量，敏感或不敏感，那么药敏性可否作为表型数据与共表达模块关联？

iterativeWGCNA 模块网络 基因缺失

老师，您好！我对iterativeWGCNA的结果有些疑问：

INFO: Reassigned 58 genes in final kME review.

03.module_result/*-MTO-sorting.txt 文件中，额外的一列没有IntraModuleTO数值的基因，是最后重新分配的那些基因吗？这些基因并不包含在edge文件中，是否有办法通过修改脚本重新计算这些基因与模块中其他基因的相关性将他们加入输出的edge文件？

datExpr must contain numeric data.

为什么自己的数据跑程序出现这个错误“Error in goodGenes(datExpr, weights, goodSamples, goodGenes, minFraction = minFraction, :
datExpr must contain numeric data.” 自己的数据是数值

WGCNA里数据来源

看了很多次您的解螺旋视频中WGCNA，对着视频模拟做了一遍，但是我一直没有搞明白，视频中 您用的数据（liverfemale 3600, clinical trait.csv, gene annotation.csv）是GEO数据库里下载的？可否分别简单说一下我应该去哪里找这些数据😄，我在GEO数据库一直没有找到，遂冒昧问这个幼稚问题。见谅。

无法显示聚类分析图及热图，如何解决？

`代码如下，R中结果显示null device

sampleTree <- hclust(dist(datExpr0),method="average")
pdf("01.samples_cluster_tree.pdf",width=25,height=8)
par(mar=c(0,4,2,0))
plot(sampleTree,main="Sample clustering to detect outliers",sub="",xlab="")
cutHeight <- 15
abline(h=cutHeight,col="red")
dev.off()
##null device

关于hub基因的筛选？

老师，在做WGCNA时候有两个问题需要请教您，1：导出cytoscape文件做可视化的时候，很大，选择哪些基因做可视化呢，是根据weight值么？2：这样做的话，得到的结果和筛选的top25hub基因不太一致，怎么取舍？