sjtu-hpc / docs.hpc.sjtu.edu.cn

SJTU HPC 用户文档站点

Pi超算集群用户文档

本仓库维护π超算集群用户文档。本文档使用 reStructuredText(rst) 书写，并会被 Sphinx 编译为Web站点或PDF文档。 Sphinx是一个将rst文档编译为HTML、PDF、eBook等出版物的python包，用于本文档网页渲染。 本站使用的Web主题是 Material for Sphinx 。

使用预编译容器镜像构建文档(推荐)

我们推荐您使用预编译容器镜像构建本文档集合，包括一份简版手册、一份完整版手册和一个网站:

docker run --rm -it -v ${PWD}:/data sjtuhpc/texlive-sphinx:focal make -C tex all
docker run --rm -it -v ${PWD}:/data sjtuhpc/texlive-sphinx:focal make -C docs clean latexpdf
docker run --rm -it -v ${PWD}:/data sjtuhpc/texlive-sphinx:focal make -C docs clean html

预编译镜像的Dockerfile见 https://github.com/SJTU-HPC/texlive-sphinx 。

使用本机Python环境构建文档

您也可以在本机Python环境安装依赖包，构建本文档集:

pip3 install -r requirements.txt

Windows用户检查sphinx是否安装完成:

where sphinx-build

Linux和Mac用户检查sphinx是否安装成功:

which sphinx-build

生成HTML站点:

$ make -C docs html

查看HTML站点内容:

$ open docs/_build/html/index.html

生成PDF文档:

$ make -C docs latexpdf

查看PDF文档:

$ open docs/_build/latex/sphinx.pdf

修改和更新文档

远程仓库的 master 分支是受保护的，无法直接推送更新，需要推送到新分支，然后再从新分支发起合并请求。

新建本地分支，提交代码:

$ git checkout -b your_new_branch
$ git commit -m "Your commit message"

推送更新到远程仓库:

$ git push origin your_new_branch

最后在GitLab页面中发起合并请求。

docs.hpc.sjtu.edu.cn's Issues

快速上手页面中没有说明sbatch提交job是在client还是PI集群中提交

https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/quickstart/index.html

不确定是在哪儿提交。

提交到 SLURM

$ sbatch hello_world.slurm

英文版本

实验室来了国际留学生，想看英文版的

https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/benchtools/hpl.html 中sed -i -e 's/.*Ns.*/176640\ Ns/' HPL.dat 的问题

目前新版HPL有一个参数4 NBMINs (>= 1）
使用sed -i -e 's/.Ns./176640\ Ns/' HPL.dat会出错

考虑添加常见科研环境使用校内软件源镜像的方法

诸如 conda, PyPI 装包等操作，可以尝试使用 SJTUG 镜像加速安装 https://docs.hpc.sjtu.edu.cn/app/index.html#conda

FYI: https://github.com/sjtug/portal/blob/master/content/post/mirror-help/anaconda.md https://github.com/sjtug/portal/blob/master/content/post/mirror-help/pypi.md

Is HPC Studio open-source

I'm planning to set up a slurm cluster for my lab. HPC Studio can greatly help students who are not comfortable with Linux terminals to use the cluster. Is ai studio open-source?

Slurm 作业调度系统 Python文档链接404

Slurm 作业调度系统 文档的Python文档链接丢失，点击后404，如下图

docs/app/bioinformatics/augustus.rst文件中augustus --speices=arabidopsis test.fa > test.gff应该是species

如题。
augustus仅会报错找不到特定的species，会使这个拼写错误很难排查。