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Corso PNRR - "Python e Bioinformatica"

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Laboratorio 1 - Slides

• Introduzione
  • Algoritmo
  • Pseudocodice
  • Linguaggio di Programmazione
• python
  • IDLE
  • Variabili
  • Stringhe
  • Funzioni print/input
  • Variabili booleane
  • Liste, Insiemi e Dizionari
  • Programmazione imperativa
    • Scelta
    • Ripetizione
  • Scrivere e leggere da file

Soluzioni

Laboratorio 2 - Slides

• DNA: nucleotidi e strand
• Reverse&Complement
• Formato FASTA
• Funzioni in python
• Sintesi delle proteine

Materiale aggiuntivo per gli esercizi

• File di input: sequenze.fa (file di test più piccolo: sequenze.test.fa).
• Dizionario del codice genetico (esercizio 7):

CODON = {'ATA':'I', 'ATC':'I', 'ATT':'I', 'ATG':'M',
    'ACA':'T', 'ACC':'T', 'ACG':'T', 'ACT':'T',
    'AAC':'N', 'AAT':'N', 'AAA':'K', 'AAG':'K',
    'AGC':'S', 'AGT':'S', 'AGA':'R', 'AGG':'R',
    'CTA':'L', 'CTC':'L', 'CTG':'L', 'CTT':'L',
    'CCA':'P', 'CCC':'P', 'CCG':'P', 'CCT':'P',
    'CAC':'H', 'CAT':'H', 'CAA':'Q', 'CAG':'Q',
    'CGA':'R', 'CGC':'R', 'CGG':'R', 'CGT':'R',
    'GTA':'V', 'GTC':'V', 'GTG':'V', 'GTT':'V',
    'GCA':'A', 'GCC':'A', 'GCG':'A', 'GCT':'A',
    'GAC':'D', 'GAT':'D', 'GAA':'E', 'GAG':'E',
    'GGA':'G', 'GGC':'G', 'GGG':'G', 'GGT':'G',
    'TCA':'S', 'TCC':'S', 'TCG':'S', 'TCT':'S',
    'TTC':'F', 'TTT':'F', 'TTA':'L', 'TTG':'L',
    'TAC':'Y', 'TAT':'Y', 'TAA':'$', 'TAG':'$',
    'TGC':'C', 'TGT':'C', 'TGA':'$', 'TGG':'W'}

Soluzioni

Laboratorio 3 - Slides

• Esercizi di ripasso per python

Soluzioni

Laboratorio 4 - Slides

• Classi in python
• Sequenziamento e formato FASTQ

Soluzioni

Slide aggiuntive

• laboratorio 5
• laboratorio 6