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PyRosetta基础中文教程

PyRosetta的官方Notebook在很久之前就正式发布了，这次由晶泰科技团队带来的PyRosetta基础中文教程具有更好的易读性、更全面的用法介绍以及更多的实例展示。在这个教程中，读者通过动手实操一步步了解Rosetta的底层逻辑与建模**，可以从零了解如何使用API组件去一步步搭建设计蛋白质、多肽的计算流程，同时教程中从零翻译了大量的PyRosetta API接口以备不时之需。

@文档贡献者：

1. 吴炜坤 @晶泰人工智能研发中心
2. 黄健 @晶泰人工智能研发中心
3. 张博文 @晶泰人工智能研发中心
4. 槐喆 @晶泰人工智能研发中心

@校对：

1. 王天元 @晶泰人工智能研发中心
2. 郭宁 @晶泰人工智能研发中心
3. 张晨虹 @晶泰人工智能研发中心

@外援支持:

1. 刘源 博士后 北京大学王初课题组

大纲内容

零、PyRosetta与Pymol服务器的安装配置:

负责人:@吴炜坤

• 0.0 安装与配置

一、Pose与Structure IO:

负责介绍PyRosetta对结构文件的处理，以及Pose对象的重要作用

负责人:@吴炜坤

• 1.0 Pose IO介绍
• 1.1 PymolMover与可视化
• 1.2 Pose与PDBinfo的交互
• 1.3 Atom与Residue的层级
• 1.4 Conformation层级
• 1.5 Pose的操作变换一览

二、Energy Function与Constraint

介绍Rosetta的能量函数与物理约束

负责人: @黄健

• 2.0 Atom与Structure的表示方式
• 2.1 Energy Terms and Score Function介绍
• 2.2 Constraints的介绍与用法
• 2.3 Contsraint的API查询

三、Kinematics与Trees

介绍Rosetta的骨架自由度控制

负责人:@张博文

• 3.0 FoldTree的连续性
• 3.1 FoldTree的不连续性

四、Monte Carlo

介绍Rosetta中的蒙特卡洛算法【核心】

负责人:@吴炜坤

• 4.0 Metropolis Monte Carlo采样
• 4.1 Movers & MC object运作机理
• 4.2 Fragment如何加速Folding采样

五、Residue Selector

介绍残基选择器，自定义选择范围。

负责人:@槐喆

• 5.0 Residue Selector简介
• 5.1 Residue Selector的API查询

六、Packer与TaskOperation

介绍Packer与氨基酸侧链自由度控制，如何使用PyRosetta进行设计

负责人:@吴炜坤

• 6.0 Rotamers & Packer简介
• 6.1 TaskOperation & PackTask任务机制
• 6.2 Resfile System与Rotamer控制
• 6.3 TaskOperation的API查询

七、SimpleMetric

新一代特征计算和记录工具

负责人:@槐喆

• 7.0 SimpleMetric逻辑
• 7.1 SimpleMetric的API查询

八、Filters

过滤器也是计算器。

负责人: @吴炜坤@黄健

• 8.0 Filters的逻辑
• 8.1 Filters的API查询

九、RosettaScript & XmlObject

xmlObject如何解决Rosetta历史遗留问题

负责人:@黄健@吴炜坤

• 9.0 RosettaScript基础
• 9.1 RosettaScript进阶
• 9.2 XmlObject的用法

十、进阶分析

Silent与rstoolbox的完美结合。

负责人:@吴炜坤

• 10.0 rstoolbox对Silent文件解析
• 10.1 rstoolbox更多有用的API

FAQ:

如果你有任何问题，请在github issues里提出，我们有专人进行回答。

如果你想找到蛋白质设计社区，可以使用微信入群讨论，请将微信号发送至[email protected]邮箱，将有专人添加您微信邀请入群。

申请邮件格式（缺一不可）:

1. 个人介绍（姓名，专业）
2. 所在课题组
3. 研究课题内容
4. 入群理由
5. 个人微信号

入群前，将进行相关问题提问审核。

参考资料:

PyRosetta中文基础计划的地址: https://github.com/guyujun/pyrosetta-basic

官方PyRosetta Notebook开源地址: https://github.com/RosettaCommons/PyRosetta.notebooks

官方PyRosetta API查询: https://graylab.jhpytu.edu/PyRosetta.documentation/search.html?q=cdr

Rosetta中文社区知乎: https://www.zhihu.com/column/rosettastudy

pyrosetta-basic's Issues

FastRelax 可以只优化局部的侧链么

复合物的时候FastRelax 可以只优化其中一条的侧链么

object has no attribute '__mul__'

pyrosetta.rosetta.utility.graph.EdgeListConstItera' object has no attribute 'mul'

pyrosetta应该如何配置从而支持D-氨基酸？

pymol和pyrosetta联用问题

Ubuntu系统下pymol和pyrosetta已安装，打开pymol后可以看到二者linked
问题：打开pymol后，不能在linux下命令行打开python，进行pyrosetta程序的操作。
请问这个问题如何解决？
谢谢

typo 1_5_Conformation_Geometry

在 1_5_Conformation_Geometry 的 1.1 基本二面角几何参数 中有一个笔误

# 获取第3号氨基酸的骨架二面角:
phi = pose.phi(3)
psi = pose.psi(3)
omega = pose.psi(3) # 这里应该是pose.omega(3)
print(phi, psi, omega)

关于 pose_from_pdb()的一个问题

请问一下，我用pose_from_pdb()读取PDB文件后，为什么打印pose输出的氨基酸和PDB文件里的数据不一致？显示在PDB的80-81，410-411，431等在PDB里是有的，却没有读取到？
打印输出为：
Pose Range Chain PDB Range | #Residues #Atoms
0001 -- 0079 A 0001 -- 0079 | 0079 residues; 01198 atoms
0080 -- 0163 A 0082 -- 0165 | 0084 residues; 01289 atoms
0164 -- 0182 D 0412 -- 0430 | 0019 residues; 00318 atoms
0183 -- 0210 D 0432 -- 0459 | 0028 residues; 00416 atoms
0211 -- 0241 D 0464 -- 0494 | 0031 residues; 00466 atoms
0242 -- 0290 D 0497 -- 0545 | 0049 residues; 00806 atoms
TOTAL | 0290 residues; 04493 atoms
而 foldtree输出为：
Fold tree:
FOLD_TREE EDGE 1 79 -1 EDGE 79 80 -2 C N EDGE 80 163 -1 EDGE 1 164 1 EDGE 164 182 -1 EDGE 182 183 -2 C N EDGE 183 210 -1 EDGE 1 211 2 EDGE 211 241 -1 EDGE 1 242 3 EDGE 242 290 -1

get_fa_scorefxn()这个函数在后面版本废除了吗？导入后显示找不到

get_fa_scorefxn()这个函数在后面版本废除了吗？导入后显示找不到