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C# web tool for reading GFF3 files, filtering, ordering, extracting information into Excel, GFF3 files, CDS files, and comparing GFF3 data with FASTA and CDS files.

GFF3 Tools

This is an online tool that allows you to perform various operations on GFF3 files, including analysis, manipulation, and visualization of the data contained within GFF3 files.

Key Features

• File Upload: Easily upload your GFF3 files to the tool using the intuitive user interface.
• Data Visualization: View the data contained within the GFF3 files in a readable and structured table.
• Data Filtering: Filter the data based on specific criteria, such as feature type or genomic positions.
• Advanced Search: Perform advanced searches within the GFF3 files using regular expressions or other search methods.
• Data Editing: Edit the data within the GFF3 files directly within the user interface, such as correcting errors or adding additional information.
• Exporting Results: Export the results of the operations performed in various formats, such as GFF3 files, CDS files or XLS files.

Usage

1. Access the tool's website from your web browser.
2. Upload the desired GFF3 file using the provided upload button.
3. Once the file is uploaded, the tool will analyze and display it in the dedicated section.
4. Use the filtering and search options to narrow down the displayed data based on your requirements.
5. When you have achieved the desired results, export the modified or filtered data in your preferred format.

License

This tool is released under the [GNU General Public License v3.0]. Please see the LICENSE file for more information.

Contact

For additional information or questions, please contact the project author:

• Name: Cappelletti Daris
• Email: [email protected]
• Website: dariscappelletti.com

Feel free to reach out if you have any further questions or need assistance!

gff3-tools's Issues

Accorpare risultati su tabella

Richiesta di accorpare i risultati in base alla colonna "Sequid" dove solitamente sono presenti 5 risultati consecutivi.
Si dovrebbe implementare una nuova tipologia di filtro in modo che se l'utente seleziona l'opzione la tabella viene aggiornata accompardo i dati ed aggiornando il numero di risultati.
Questo accorpamento andrà a modificare le colonne poichè si dovrà aggregare i dati in una modal o altre opzioni.

Implementazione grafici

Studio dei file gff3, fasta, cds per capire i dati che potrebbero essere estrapolati e mostrati come grafici.

Colore bottoni mostra/nascondi colonna

La colorazione attuale non fa capire correttamente all'utente quali siano le colonne attive o meno.
Modificare i colori in modo da aiutare l'utente.

Creazione javascript per download file da Imicrobe

Si vuole rendere disponibile all'utente in fase di caricamento di un file gff3 la possibilità di ricercare files. Tramite modal con ajax all'input dell'utente.

Porting gff3 tools come progetto windows form

Attualmente il progetto è basato su il linguaggio C# web forms che ha le sue limitazioni.
Appoggiandosi ad un sito web si deve essere costantemente collegati per effettuare operazioni il che potrebbe essere un problema per alcuni utenti.
Il vantaggio potrebbe essere per gli utenti che hanno un pc con hardware di basso livello quindi i tempi di calcolo potrebbero essere migliori.
Si pensa però che il passaggio potrebbe favorire gli utenti con le operazioni che potrebbero richiedere un tempo o risorse elevate e che quindi tramite sito online andrebbe a limitare l'esperienza per le risorse limitate.