bibliome / alvisir Goto Github PK

Steps to reproduce

mvn clean package

Observed behaviour

Failed to execute goal org.apache.maven.plugins:maven-compiler-plugin:2.5.1:compile (default-compile) on project alvisir-core: Fatal error compiling: tools.jar not found: /usr/lib/jvm/java-8-openjdk-amd64/jre/../lib/tools.jar

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Avec http://bibliome.jouy.inra.fr/demo/food/alvisir/webapi/search (mais je crois avec d'autres)

Fais plus souvent une page blanche (enfin, fond du site jaune) , qu'une page avec résultats :

Exemple de requête : http://bibliome.jouy.inra.fr/demo/food/alvisir/webapi/search?q=bacteria+cheese&n=50&s=50

Besoin d'actualiser (F5 et CTRL+F5) des dizaines de fois avant d'avoir un résultat soit cohérent, et parfois bugué

Note : j'ai l'impression que c'est plus fréquent encore en navigation privée.

Enquête à faire pour avoir une URI lorsque l'on explore les ontologies servant à indexer (permettant de partager cette capacité)
(clic qur le logo "ontologie" + clic sur le nom de l'ontologie)

Merci

AlvisIR only display relations between entities within the same section (title and abstract).

The combined XSLT and JS creates a distinct SVG container for each section.

See alvisir.js.

Examples in Omnicrobe SE.

@rbossy c'est un détail :
l'installation dans le dossier courant cloné (alvisir) produit une erreur.
./install.sh .
Je ne sais pas s'il y a une raison mais ce serait bien si on peut faire l'installation dans le dossier cloné, ce qui nous évitera de créer un nouveau dossier.

Je peux corriger le script d'installation si tu est d'accord

Change base package name to fr.inra.maiage.bibliome.alvisir.

Branch package-rename: fef432d

Query relations regardless of relation type.

Syntax?

1. term ~* term

Dans search.xml les chemins :

<alvisir-search
    index="/toto/.../index"
    expander-index="/toto/.../expander"
    >

Dans UIConfig.xml

<alvisir-search filepath="/toto/.../search.xml" />

En Français car déjà difficile à expliquer (alors en anglais)
Problème retrouvé sur microbe et seedev :

• Sur Microbe :
  Deux relations étaient possibles en ayant comme argument "commensal" pouvant être à la fois "habitat" et "phénotype".
  "Bacteria exhibits commensal" ne donnait pas de réponse, alors qu'il y en avait dans le texte (et que l'on pouvait voir en allant chercher plus haut)
  Le problème a été "résoulu" par une pirouette sur l'ontologie, et enlevant "commensal" de Habitat.

• Sur SeeDev , je vais un peu plus détailler le problème rencontré.

Pour permettre une interrogation "large" de FlagDB, j'ai fabriqué une entité "GeneOrProtein" , permettant d'interroger toutes les relations trouvées entre Gene et/ou Protein par une relation "universelle" ~loc (on passera sur le choix du nom.)

Du coup, dans mes textes, je tague des entités comme [Protein] , que je retaggue par dessus par [GeneOrProtein]
Le problème réside dans l'interrogation de ces relations là :

Quand je fais par exemple :
AT2G32950 interact AT3G20770
Je retrouve bien le lien entre les deux.

AT2G32950 ~loc AT3G20770 , j'ai une erreur no result

Mais, quand je cherche les relations "~loc" qui existent , en faisant des restrictions dessus, j'arrive à trouver cette relation là : {geneandprotein}* ~loc {geneandprotein}* AT3G20770 AT2G32950 , voir le deuxième hit, et la relation surlignée en violet

L'hypothèse c'est qu'il y a un choix qui est fait à un moment donné sur les entités qui peuvent être annotés par plusieurs types d'entités lors de la requête, et que ce choix impacte donc sur les résultats proposés.

En résumé : sur microbio :
la requête ""Bacteria exhibits commensal" ne pouvait aboutir, car l'entité "commensal" pouvait être taggé par "Habitat" et "Phénotype", et était tagguée/choisie comme "habitat", et que la relation "Exhibits" n'accepte que des Phénotypes de l'autre côté.

De la même façon, ici pour SeeDev :
Les deux protéines sont taggées par [Protein] et [GeneOrPortein] , et il est choisi [Protein] arbitrairement, ce qui fait qu'un requête de type ~loc ne peut aboutir car les arguments de part et d'autre ne sont pas [GeneOrPortein].

Je ne sais pas si ce choix est fait sur la requête, ou sur le texte "doublement annoté"

Là où cela pose plus problème c'est que j'étais en train de "découper" les relations génériques "Interact" en plusieurs types de relations (Binds, Regulation...)

• Si c'est sur la query, est-ce que l'on pourra requêter un "Binds" et un "Interact" si les entités cibles en requête peuvent être tantôt un gène, tantôt une proteine (puisque normalisé sur le locus ou nom via l'expender.) , par exemple AT2G32950 interact AT3G20770 versus AT2G32950 ~loc AT3G20770
• Si le problème est sur le texte doublement annoté, il faudrait quand même conserver une relation "Générique" (par exemple, [GeneOrPortein] ~loc [GeneOrPortein]) permettant de toutes les requêter quand même, et je n'ai pas l'impression que cela sera possible dans l'état actuel.

J'espère que c'est par trop brouillon comme présentation du problème.

The query * ~interaction * looks for {interact}*~*.

Relation names should not be normalized.

Requête : http://bibliome.jouy.inra.fr/demo/food/alvisir/webapi/search?q=({taxon}*+livesin+soup)+and+((contents%3D(pathogen)))

Deuxième hit: borne bizarre de "Clostridium perfringens" => "Clostridium perfringens is a pathogen that"

-> Non présent dnas l'annotation du corpus
-> en requête plus stricte, ce bug sur la borne du taxon n'apparaît pas : http://bibliome.jouy.inra.fr/demo/food/alvisir/webapi/search?q=%28clostridium+perfringens%29+%28pea+soup%29

Some facet values of Phenotypes part are paths

Example for {taxon}* livesin {habitat}*

• Remove /webapi
• Make /search the default

If a concept has several paths, then the explanation on the left displays one box for each path.

http://bibliome.jouy.inra.fr/demo/food/alvisir/webapi/search?q=%22frozen+shrimp%22

Two solutions:

1. Explain: display the difference in paths between boxes.
2. Remove: display a single box.

• Requête initiale: penicillin resistant
  http://bibliome.jouy.inra.fr/demo/pubmed-ontobiotope/alvisir/webapi/search?q=penicillin+resistant
  fait apparaître des expressions de types "penicillin resistant"
• "penicillin resistant"
  http://bibliome.jouy.inra.fr/demo/pubmed-ontobiotope/alvisir/webapi/search?q=%22penicillin+resistant%22
  Aucun résultat
• "penicillin resist"
  http://bibliome.jouy.inra.fr/demo/pubmed-ontobiotope/alvisir/webapi/search?q=%22penicillin+resist%22
  Matche avec des expressions de types "penicillin resistant"

Problème sur le stemming du second terme (et plus?)

• penicillin resistance development => 1351 dont un exact match "Penicillin resistance development"
  http://bibliome.jouy.inra.fr/demo/pubmed-ontobiotope/alvisir/webapi/search?q=penicillin+resistance+devel*
• "Penicillin resistance development" => 0
  http://bibliome.jouy.inra.fr/demo/pubmed-ontobiotope/alvisir/webapi/search?q=%22penicillin+resistance+development%22
• "penicillin resistance devel" => 0
  http://bibliome.jouy.inra.fr/demo/pubmed-ontobiotope/alvisir/webapi/search?q=%22penicillin+resistance+development%22
• "penicillin resist" ~1 devel* => 3 resultats dont le exact match "Penicillin resistance development"
  http://bibliome.jouy.inra.fr/demo/pubmed-ontobiotope/alvisir/webapi/search?q=%22penicillin+resist%22+~1+devel*

Change the use of quotation marks in the new version of AlvisIR :

• In the facet view : e.g. (contents="food for human")
• In the ontolgy view : e.g. "prepared food"has no expansion now , so several choices give an empty result

Term1 RELATIONSHIP Term2 appears difficult to query :

• firmicutes lives in food for humans no interpretation of the request
• firmicutes lives in (food for humans) : the relationship is not visible
• With a simple request relations are visibles : firmicutes livesin beer

Two more examples :

• ({taxon}* ~livesin (brined cheese)) No relation visible
• [({taxon}* livesin brined cheese)](http://bibliome.jouy.inra.fr/demo/food/alvisir/webapi/search?q=({taxon}*+~livesin+brined+cheese) Relation visible but no interpreation of "brined cheese" : link to "brine" as Habtiat and not "brined cheese"

Relations are not displayed in the title.

Expand MW synonyms across term conjunctions, and use quotes to inhibit expansion.

Current behavior

"food for humans" expands to OBT:000035/food for human

food for humans expands to OBT:000003/food OBT:001804/human, raw search for the term for

New behaviour

"food for humans" does not expand, raw search for the sequence of terms food, for, and human.

food for humans expands to OBT:000035/food for human

food for "humans" expands to OBT:000003/food, raw search for terms for and human

"food" for "humans" does not expand, raw search for terms food, for, and human

1. firmicutes ~LivesIn food
   That is the current situation. Pros: quicker implementation. Cons: nubs can't handle it.

2. firmicutes <Lives In> food
   Pros: spaces in relation names. Cons: two chars.

3. firmicutes LivesIn-> food

4. firmicutes ->LivesIn food
   Pros: arrow. Cons: two chars.

5. firmicutes :LivesIn food
   Pros: one char. Cons: -.

6. firmicutes relation:LivesIn food

7. firmicutes rel:LivesIn food
   Pros: looks like RDF. Cons: longish.

8. firmicutes LivesIn food
   Pros: extra short. Cons: implementation may take longer.

Via les facettes la requête avec le label avec des mots tels que "and" (e.g: "milk and milk product") ne fonctionnent pas : on arrive sur l'URL
"milk and milk product" http://bibliome.jouy.inra.fr/demo/food/alvisir/webapi/search?q=%22milk+and+milk+product%22

Par contre si on met \and c'est fonctionnel
"milk \and milk product" : http://bibliome.jouy.inra.fr/demo/food/alvisir/webapi/search?q=%22milk+%5Cand+milk+product%22

https://forgemia.inra.fr/claire.nedellec/alvisir-biotope/-/issues/3

curl -o foo.xml 'http://bibliome.jouy.inra.fr/demo/ontobiotope/alvisir2/webapi/search?q=valve+not+aortic+not+heart'

  <query default-field="contents">
    <query-string>valve not aortic not heart</query-string>
    <original-query>
      <and>
        <term>valve</term>
        <and operator="but">
          <term operator="but">aortic</term>
          <term operator="but">heart</term>
        </and>
      </and>
    </original-query>
    <expanded-query>
      <and>
        <term>valv</term>
        <and operator="but">
          <term operator="but">aortic</term>
          <or operator="but">
            <prefix>{habitat}/obt:000001/obt:000014/obt:000039/obt:000231/obt:002713/</prefix>
            <prefix>{habitat}/obt:000001/obt:000014/obt:000039/obt:000364/obt:002713/</prefix>
          </or>
        </and>
      </and>
    </expanded-query>
    <lucene-query>+((title:valv abstract:valv)~1) -(-((title:aortic abstract:aortic)~1) -((((title:{habitat}/obt:000001/obt:000014/obt:000039/obt:000231/obt:002713/* abstract:{habitat}/obt:000001/obt:000014/obt:000039/obt:000231/obt:002713/*)~1) ((title:{habitat}/obt:000001/obt:000014/obt:000039/obt:000364/obt:002713/* abstract:{habitat}/obt:000001/obt:000014/obt:000039/obt:000364/obt:002713/*)~1))~1))</lucene-query>
  </query>

For instance, compare:

http://bibliome.jouy.inra.fr/demo/ontobiotope/alvisir2/webapi/search?q=chees

with

http://bibliome.jouy.inra.fr/demo/ontobiotope/alvisir2/webapi/search?q=cheese

Get the following error when I try to install with mvn clean package

[INFO] --------------< fr.jouy.inra.maiage.bibliome:alvisir-web >--------------
[INFO] Building AlvisIR Web 0.6-SNAPSHOT                                  [3/3]
[INFO] --------------------------------[ war ]---------------------------------
[WARNING] The POM for fr.jouy.inra.maiage.bibliome:alvisir-core:jar:0.5 is missing, no dependency information available
[INFO] ------------------------------------------------------------------------
[INFO] Reactor Summary for AlvisIR 0.6-SNAPSHOT:
[INFO] 
[INFO] AlvisIR ............................................ SUCCESS [  0.390 s]
[INFO] AlvisIR Core ....................................... SUCCESS [  3.321 s]
[INFO] AlvisIR Web ........................................ FAILURE [  0.024 s]
[INFO] ------------------------------------------------------------------------
[INFO] BUILD FAILURE
[INFO] ------------------------------------------------------------------------
[INFO] Total time:  3.868 s
[INFO] Finished at: 2020-04-01T17:37:07+02:00
[INFO] ------------------------------------------------------------------------
[ERROR] Failed to execute goal on project alvisir-web: Could not resolve dependencies for project fr.jouy.inra.maiage.bibliome:alvisir-web:war:0.6-SNAPSHOT: Failure to find fr.jouy.inra.maiage.bibliome:alvisir-core:jar:0.5 in http://bibliome.jouy.inra.fr/maven-repository was cached in the local repository, resolution will not be reattempted until the update interval of bibliome has elapsed or updates are forced -> [Help 1]
[ERROR] 
[ERROR] To see the full stack trace of the errors, re-run Maven with the -e switch.
[ERROR] Re-run Maven using the -X switch to enable full debug logging.
[ERROR] 
[ERROR] For more information about the errors and possible solutions, please read the following articles:
[ERROR] [Help 1] http://cwiki.apache.org/confluence/display/MAVEN/DependencyResolutionException
[ERROR] 
[ERROR] After correcting the problems, you can resume the build with the command
[ERROR]   mvn <goals> -rf :alvisir-web