Recomendaciones de mejora 👍

• README.md: buena idea explicar la funcionalidad del proyecto, buena documentación. Te sugerimos que mejores la estructura del archivo, solo debe existir un título, no varios; puedes apoyarte en https://joedicastro.com/pages/markdown.html

• index.html: bien usada tus declaraciones de clases y id (con guiones), sin embargo algunas clases como input100 no son descriptivas y debes mejoralas, evita usar camelCase (éste se usa más para las variables en javascript). Recuerda que debes validar tu html, te recomendamos revisar el enlace https://validator.w3.org/nu/?doc=https%3A%2F%2Fzarelixcoder.github.io%2Flim-2018-05-bc-core-am-cipher%2Fsrc%2F para mayor especificación, solo tienes un warning. Te sugerimos utilizar más etiquetas semánticas como header, figure, p para los textos en lugar de span, usa form para formulario.

  En cuanto al estilo del html, las propiedades y su valor van juntos, porque una etiqueta tiene diversas propiedades y si lo colocamos separados es difícil leerlo.

  Evitar:

  <input type = " text " class = "input100"  placeholder = " Frase a cifrar ">

  Recomendable:

  <input type="text" class="phrases" placeholder="Frase a cifrar" />

• cipher.js: buena lógica para las operaciones de cifrado y descifrado. Te recomendamos utilizar forEach en lugar de for, al igual que los métodos de arrays (ES6) como map, etc. Recuerda que puedes refactorizar tu código. Te sugerimos que al momento de desarrollar alguna función trates de probar con varios números y hasta con valores o argumentos “extremos” o “raros” ya que tu usuario puede probar con cualquier número (ej: 9999).

• index.js: buena idea declarar al inicio los elementos del DOM que utilizas. Te recomendamos hacer uso de const para las variables offset, string, etc ya que no cambias su valor. Es bueno comentar, sin embargo no se recomienda que todas las líneas estén comentadas, una buena opción es detallar por secciones, evita darle muchos enter/espacios entre código.
  No te olvides: declaración de clases, id, etc para html y css con guiones normales; para jsusa camelCase evita guiones (por convención en ningún caso usamos guiones bajos), tus variables deben ser descriptivas y nombradas en inglés. Ej:

  const textInput = document.getElementById('text-input');

• style.css: recuerda utilizar clases descriptivas y nombrarlas en inglés; te recomendamos crear clases para reutilizar estilos, si creas una clase para cada sección/div no estás reutilizando. Sugerimos no usar espacios innecesarios o /*----. Estás intentando usar una fuente llamada Poppins-Regular, sin embargo no se puede apreciar, ya que está pendiente linkear o importar la fuente, revisa la documentación de google fonts

• Tests: muy bien apuntar a una cobertura de 100%, recuerda que si deseas puedes agregar más tests para practicar.

Por último te recomendamos tener en cuenta la guía de estilos y utilizar comillas simples (' ') en archivos js y comillas dobles (" ") en el html. Además los usuarios deben ver tu producto desde cualquier dispositivo, por lo que te recomendamos realizar tus proyectos responsive.
Recuerda declarar tus variables, clases, id con nombres en inglés y descriptivas; y cuidar tu indentación la cual debe ser de 2 espacios para todos los archivos.
No te olvides llegar a los niveles esperados en Github.

Sigue así buen trabajo 👍