yuifu / ngsdat2_epigenome_chipseq Goto Github PK

DRY解析教本にて勉強させて頂いております。ご質問させていただきます。
改訂版第2版 P116のMACS2のインストールのところで、

$ git checkout remotes/origin/macs2python3
のところで以下のエラーが出ました。

error: pathspec 'remotes/origin/macs2python3' did not match any file(s) known to git

https://trsasasusu.com/blog/93/
を参考に
$ git fetch
のコードを試しましたが、うまくいきませんでした。

ご教授いただけますと幸いです。

環境はLinux CentOSです。

(base) [chipseq]$ bowtie2 -p 2 -x data/external/bowtie2_index/mm10
-U BRD4_ChIP_IFNy.R1.trim.fastq.gz > bowtie2/BRD4_ChIP_IFNy.trim.sam
(ERR): "data/external/bowtie2_index/mm10" does not exist or is not a Bowtie 2 index
Exiting now ...

Macでの操作でないため -p 2 は除外して、homeディレクトリの直下であるため data/external/を抜いて行いましたが、下記のエラーが出ます。

(base) [chipseq]$ bowtie2 -x ~/bowtie2_index/mm10 -U BRD4_ChIP_IFNy.R1.trim.fastq.gz > bowtie2/BRD4_ChIP_I
FNy.trim.sam
stat: Bad file descriptor
Warning: Could not open read file "BRD4_ChIP_IFNy.R1.trim.fastq.gz" for reading; skipping...
Error: No input read files were valid
(ERR): bowtie2-align exited with value 1

brew cask install rstudio
と入力すると、
Error: Unknown command: cask
というエラーメッセージがでます。

調べたところ、brew caskの使い方がかわったらしく、
brew install rstudio --cask
にすれば大丈夫なようです。

　同様に、残りのSAMファイルについてもBAMへの変換を行う。

$ cd ~/chipseq
$ samtools view -bhS -F 0x4 -q 42 bowtie2/IRF1_ChIP_IFNy.trim.sam | samtools sort -T bowtie2/IRF1_ChIP_IFNy.trim - > bowtie2/Input_DNA.trim.uniq.bam

この部分の出力は
IRF1_ChIP_IFNy.trim.uniq.bam
にしなくても良いのでしょうか

こちらの出力結果と同じなのでしょうか↓
$ samtools view -bhS -F 0x4 -q 42 bowtie2/Input_DNA.trim.sam | samtools sort -T bowtie2/Input_DNA.trim - > bowtie2/Input_DNA.trim.uniq.bam

P125の上から二番目のコードが私のPC（mac M1搭載）では通らなかったので報告いたします。
Indexのディレクトリの位置が教本通りにしたがっていれば
~/bowtie2-indexにあるので、以下のようにコードを書き換えるとコードが通りました。
chipseq % bowtie2 -p 8 -x ~/bowtie2_index/mm10 \ -U fastp/BRD4_ChIP_IFNy.R1.trim.fastq.gz > bowtie2/BRD4_ChIP_IFNy.trim.sam
======結果======================
19709457 reads; of these:
19709457 (100.00%) were unpaired; of these:
1163507 (5.90%) aligned 0 times
13206029 (67.00%) aligned exactly 1 time
5339921 (27.09%) aligned >1 times
94.10% overall alignment rate
その後、確認しても正しく作動していたことがわかりました。
chipseq % ls bowtie2
BRD4_ChIP_IFNy.trim.sam
他の方で困られている方がいらっしゃれば参考になればと思います

DRY解析教本にて勉強させています。ご質問させていただきます。
改定第2版P115のヒトリファレンスゲノム配列（hg38)用のpre-built index fileのダウンロードは可能でしたが（ファイルサイズ3.93GB)、以下のコマンドでは解凍できません。以下のようなエラーがでます。

tar xvzf GCA_000001405.15_GRCh38_no_alt_analysis_set.fna.bowtie_index.tar.gz
x GCA_000001405.15_GRCh38_no_alt_analysis_set.fna.bowtie_index.1.bt2: gzip decompression failed
tar: Error exit delayed from previous errors.

また、GCA_000001405.15_GRCh38_no_alt_analysis_set.fna.bowtie_index.tar.gzと同じディレクトリ内に
GCA_000001405.15_GRCh38_no_alt_analysis_set.fna.bowtie_index.1.bt2が作成されています。

上記事象について、いかがでしょうか？

次に以下のコマンドで、BRD4 ChIP-seqのリードの分布 (deeptools/BRD4_ChIP_IFNy.trim.uniq.bw)がIRF1 ChIP-seqのピーク (macs2/IRF1_ChIP_IFNy_summits.bed) を中心としたときにゲノム全体としてどうなっているかをaggregation plotとして描くための準備をする。computeMatrixコマンドの”reference-point”というモードを使用する。

$ cd ~/　　→　$ cd ~/chipseq
こちらに変更でしょうか。

さらに、以下のように--scoreFileName に複数のbigWigファイルを指定することで、複数のChIP-seqデータにおけるリードの分布を同時に可視化することができる。plotHeatmapで--kmeans でクラスタ数を指定することで、k-meansアルゴリズムでゲノム領域をクラスタリングして表示させることもできる。

$ computeMatrix scale-regions
--regionsFileName ../data/gencode/gencode.vM20.annotation.gtf
--scoreFileName deeptools/BRD4_ChIP_IFNy.trim.uniq.bw
deeptools/IRF1_ChIP_IFNy.trim.uniq.bw
--outFileName deeptools/chipseq_matrix_gencode_vM20_gene.txt.gz
--upstream 1000 --downstream 1000
--skipZeros

/data こちら不要でしょうか。
確認をお願い致します。

P145の一番上のコマンドについて
gr1 <- toGRanges("macs2/BRD4_ChIP_IFNy_peaks.narrowPeak", format="narrowPeak", header=FALSE)
ではファイル
'macs2/BRD4_ChIp_IFNy_peaks.narrowPeak' を開くことができません: No such file or directory
とのエラーメッセージが出てきました。（Rstudioを開けた際のターミナル画面のカレントディレクトリは~/chipseqとなっていました）
そのため
gr1 <- toGRanges("~/chipseq/macs2/BRD4_ChIP_IFNy_peaks.narrowPeak", format="narrowPeak", header=FALSE)
このようなコマンドに書き換えさせていただくとパスが通り、その後の動作も問題なく進みました。
同様のエラーが出てきた方の参考になればと思いご報告させていただきました。

bowtie2 -p 2 -x /Volumes/DATA/bowtie2_index/mm10 -U fastp/BRD4_ChIP_IFNy.R1.trim.fastq.gz > bowtie2/BRD4_ChIP_IFNy.trim.sam
と入力したところ（システムドライブの容量の問題で、DATAドライブで作業しております）、
(ERR): Description of arguments failed!
Exiting now ...
というエラメッセージが出てしまいました。
どのように対処すればよろしいでしょうか。

お忙しいとは存じますが、回答いただければ幸いです。