yml-bit / medicalseg

3D Medical Image Segmentation Models，集成各种医学图像分割模型的小框架，主要是3D，持续更新...

MedicalSeg

Medical Image Segmentation Models，集成各种医学图像分割模型，主要是3D，持续更新...

支持3D图像预处理

1. 随机旋转 RandomRotate
2. 随机翻转 RandomFlip
3. 高斯噪声 AdditiveGaussianNoise
4. 泊松噪声 AdditivePoissonNoise
5. 随机旋转90度 RandomRotate90
6. 随机弹性形变 Elastic
7. Gamma增强 GammaTransformer
8. 镜像变换 MirrorTransformer

支持3D图像裁剪，两种方式

由于3D图像通常较大，因此一个3D图像数据需要裁剪某几块进行训练

1. RandCropByPosNegLabel 根据输入前景背景比例随机剪裁
2. CenterSpatialCrop 中心剪裁

支持分patch进行推理

1. SlidingWindowInferer 滑窗推理

支持的模型

1. UNet
2. deeplabv3
3. hrnet
4. kiunet
5. MlpMixer 模块
6. swin_transformer 模块
7. transformer 模块
8. TransBTS
9. pra_net
10. segresnet
11. VNet
12. U2Net
13. SENet
14. UNet++
15. MultiResNet

部分模型还没经过测试，欢迎测试使用。

examples

1. spleen 分割 200 epoch dice->0.88 iou->0.80

声明

本仓库代码不完全是本人开发，有些模型使用了github中别人贡献的代码，在此仓库作为统一整理，部分代码借鉴了Monai框架 https://github.com/Project-MONAI/MONAI/tree/dev/monai 非常感谢。