$ pip install pipenv
$ pipenv shell
- pip install
django
- pip install
djangorestframework
- pip install
django-cors-headers
$ django-admin startproject project이름
manage.py 파일이 있는 경로로 이동하여
$ python manage.py startapp app이름
그 다음 상위 경로에서 프로젝트 이름과 같은 폴더로 이동하여 settings.py의 INSTALLED_APPS에 생성한 앱 이름 추가
INSTALLED_APPS = [
...
'app이름',
]
manage.py 파일이 있는 경로로 이동하여
python manage.py runserver
입력
/admin으로 어드민 페이지 접속
ID : super
PW : tbvjdbwj (슈퍼유저 영타에서 그대로 입력)
-
Python 3 설치
-
필요한 Python 라이브러리 설치
- pip install
django
- pip install
djangorestframework
- pip install
django-cors-headers
- pip install
pymysql
- pip install
-
MySQL 다운로드하여 설치
- Terminal에서
mysql
프로그램을 바로 실행할 수 있도록 환경변수 등 준비 - 서버에서는 user name이
dgucovid
이고 비밀번호가COVID@dgu2020
인 계정을 사용하므로 지금 만들어야 함 - Terminal을 열어서 다음 명령어들을 입력하여 계정 추가
mysql -u root -p
- MySQL 설치할 때 설정한 root 계정의 비밀번호 입력
CREATE USER 'dgucovid'@'localhost' IDENTIFIED BY 'COVID@dgu2020';
GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO 'dgucovid'@'localhost';
FLUSH PRIVILEGES;
- Terminal에서
-
BLAST+
- Windows의 경우
- 이곳에서 버전에 맞는 installer를 다운로드
- bin 폴더 위치를 찾아 환경변수의 path에 추가
- 기본값 :
C:\Program Files\NCBI\blast-2.10.1+\bin
- 환경변수
BLASTDB_LMDB_MAP_SIZE
를 추가하여 값을 1000000으로 설정
- Linux의 경우
sudo apt install ncbi-blast+
makeblastdb -version
,blastn -version
두 명령어를 terminal에 입력하여 제대로 설치되었나 확인
- Windows의 경우
-
Muscle
- Windows의 경우
- 이곳에서 exe 파일을 다운로드한 뒤, 그 파일이 terminal에서
muscle
명령어만으로 실행될 수 있도록 세팅해야 됨 - 가장 편한 방법은 파일 이름을 바꾼 뒤 레포 루트 폴더에 넣는 것
- 이곳에서 exe 파일을 다운로드한 뒤, 그 파일이 terminal에서
- Linux의 경우
sudo apt install muscle
muscle -version
명령어를 입력하여 제대로 설치되었나 확인
- Windows의 경우
-
깃 레포지토리 클론
- 서브모듈도 다운로드 해야 하기 때문에 아래와 같은 명령어로 클론
git clone --recurse-submodules -j8 https://github.com/hayunyun/DGU2020_COVID_back
- 클론이 완료된 레포지토리 폴더 안에서 terminal을 열어
python manage.py runserver
이 되나 테스트한 후Ctrl+C
로 종료
-
필요한 파일 준비
- 압축파일
{repo}/extern/DGU2020_covid_database/database/sequences_2020-11-13_07-24.fasta.gz.xz
를 찾아 압축 해제하여sequences.fasta
파일을database
폴더 안에 배치 - 압축파일
{repo}/extern/DGU2020_covid_database/database/metadata_2020-11-13_07-22.tsv.gz
를 찾아 압축 해제하여metadata.tsv
파일을database
폴더 안에 배치
- 압축파일
-
BLAST
- 레포지토리 루트 폴더에서 terminal을 실행하여
python manage.py gen_blast_db "./extern/DGU2020_covid_database/database"
를 실행 generated blast db successfully
라고 뜨면 성공한 것
- 레포지토리 루트 폴더에서 terminal을 실행하여
-
MySQL
- 레포지토리 루트 폴더에서 terminal을 실행하여
python manage.py populate_mysql_db "./extern/DGU2020_covid_database/database"
명령어 실행
- 레포지토리 루트 폴더에서 terminal을 실행하여
python manage.py runserver
- 웹브라우저를 열어 주소창에
localhost:8000/api/echo/
입력 - 텍스트를 입력할 수 있는 페이지가 뜨면 성공