washingtoncandeia / kallisto_sleuth

Análise de RNA-seq - Abundância de Transcritos Utilizando kallisto, tximport e DESeq2

Expressão Diferencial em Nível de Transcritos com Kallisto e Sleuth

Laboratório de Medicina Tropical - IMT - UFRN

Análises de expressão diferencial de dados de sequenciamento de segunda geração (high-throughput sequencing reads, RNA-seq) realizadas utilizando as ferramentas kallisto e sleuth.

kallisto utiliza o conceito de pseudoalinhamento para determinar a compatibilidade de reads com seus alvos no genoma, sem que se faça um alinhamento. Quantifica as abundâncias dos transcritos pertencentes a um determinado conjunto de dados de RNA-seq. Para mais informações, procurar por sua página o artigo do grupo desenvolvedor deste programa:

Nicolas L Bray, Harold Pimentel, Páll Melsted and Lior Pachter, Near-optimal probabilistic RNA-seq quantification, Nature Biotechnology 34, 525–527 (2016), doi:10.1038/nbt.3519.

sleuth, por sua vez, é utilizado no workflow de análises advindas de dados de RNA-seq, cujas quantificações de abundâncias de trancritos foram feitas com kallisto. Ele é um programa distribuído em formato de pacote na linguagem R, e informações de como baixá-lo estão na página do sleuth, ou na página GitHub.

Para mais informações acerca dos métodos estatísticos, consultar o artigo do grupo desenvolvedor do programa:

Harold J. Pimentel, Nicolas Bray, Suzette Puente, Páll Melsted and Lior Pachter, Differential analysis of RNA-Seq incorporating quantification uncertainty, Nature Methods (2017), advanced access http://dx.doi.org/10.1038/nmeth.4324.

---

As análises continuam em andamento no Laboratório de Imunogenética, chefiado pela Prof. Dr. Selma M.B. Jeronimo, pertencente ao Instituto de Medicina Tropical - IMT, na Universidade Federal do Rio Grande do Norte, em Natal.