python GFAP-linux.py
-qp/qn 用户的输入文件或内容
-aws 用户选择的内容
-go/kegg/pfam (这里是一个多选,根据用户选择,这里也会是-go -kegg -pfam)
-am (fast 或者sensitive或者不设置该选项)
-e 用户设置的值(Evalue可设可不设)
-ap 用户设置的值(match-percentage可设可不设)
-only_ID (可设可不设)
-o 保存的文件夹(如果前面的是一个多选,这里会同时产生多个结果文件,所以应该是一个文件夹的路径,然后将这个文件夹中的所有结果都发送给用户,发送完成后删除文件)
python GFAP-linux.py
-qp/qn 用户的输入文件或内容
-awd 用户选择的内容
-go/kegg/pfam (这里是一个多选,根据用户选择,这里也会是-go -kegg -pfam)
-am (fast 或者sensitive或者不设置该选项)
-e 用户设置的值(Evalue可设可不设)
-ap 用户设置的值(match-percentage可设可不设)
-only_ID (可设可不设)
-o 保存的文件夹(如果前面的是一个多选,这里会同时产生多个结果文件,所以应该是一个文件夹的路径,然后将这个文件夹中的所有结果都发送给用户,发送完成后删除文件)
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-na
-nt (根据用户选择分miRNA或者lncRNA)
-qn 用户输入文件
-o 结果文件的保存路径,完成后发送给用户(可考虑发送完成后删除,以下不赘述)。
- 命令行中-na是什么意思
- Evalue的命令在哪?此处可能缺少-e表示
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-sf //single family
-qp (输入文件)
-mn/mp (这里需要检测mp处是否有文件放入,如果有文件放入则该处的参数是mp并加输入文件,如果没有,则是mn并加用户选择的内容)
-o (结果文件的保存路径,处理方法同前)
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-mf // domains of families
-atf/agf (筛选转录因子/非转录因子家族)
-qp (输入文件)
-o (结果文件的保存路径)
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-ds //draw statistics
-ar (输入文件)
-cut_value (有默认值,用户可设可不设,以下相同)
-gn (有默认值,用户可设可不设)
-drawtypes (接值)
-colormodel (接值)
-color (接值)
-singlecolor
-st (接值)
-go/-kegg/pfam
-o (会将结果保存到:./draw/)
- Draw type的值:命令行输入时为bar chart
这个功能执行完成后,会保存在结果会保存在服务器上(地址和名字是./draw/ draw_detail.svg),需要在这个界面的下方提供一个框,用于展示这个结果(如何将图片传给页面需要陶老师来解决)。网页版这里,按钮6和7做一个合并。展示结果,同时也向邮箱发送一份结果。注意,-pfam对应的那个按钮显示的不对,应该显示为pfam
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-dn
-ar (输入文件)
-cut_value (有默认值,用户可设可不设,以下相同)
-gn (有默认值,用户可设可不设)
-pvalue (有默认值,用户可设可不设)
-colormodel (接值)
-aws (接值)
-st (接值)
-gca (接值)
-go/kegg/pfam
-o (会将结果保存到:./draw/)
- -dn无UI
- -gca是不是图片中的-go_category?如果是,最终命令行里输入的应该是哪个?请统一
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-t
-qn (输入文件)
-o (结果文件的保存路径,同前)
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-rd
-qn (输入文件)
-o (结果文件的保存路径,同前)
python GFAP-linux.py
-ex
-ar (输入文件)
-ID (ID或者ID文件)
-exfid/exgid (选其一)
-o (结果文件的保存路径,同上)
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-mr
-qn (输入文件)
-rp (需要将之前的结果放入一个空文件夹并在此输入该文件夹的位置,注意移动文件的过程中不要更改文件名字)
-o (结果文件的保存路径,同上)
2个上传文件
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-cf
-gf (输入文件)
-gid (基因ID在结果文件中的index,接收的是一个整数)
-fid (go/pfam/kegg在结果文件中的index,接收的是一个整数)
-pvalue (pvalue在结果文件中的index,接收的是一个整数)
-o (结果文件的保存路径,对结果的处理同上)