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Stroke Prediction

簡介

• 基於 3D-CNN 的 CT 影像分類模型
• 使用 YOLOv5 偵測 CT 影像中心臟的區域
• 在訓練、測試前透過 uniformizing techniques 統一輸入影像的大小
• 3D-Grad-CAM 視覺化模型在 CT 影像中關注區域

套件

tensorflow
opencv-python
matplotlib
volumentations-3D
pillow
scipy
tqdm

下載

請下載最新版，將訓練過的權重移至 checkpoints/，資料集解壓至根目錄命名為 dataset

• Datasets
• Weights

測試

python predict.py

評估

	Accuracy	Loss	AUC
Train	0.9344	0.2020	------
Test	0.9616	0.1187	0.9857

模型訓練

訓練前確認是否有以下資料夾及檔案

dataset/
├───HIGH/
│   ├───1182214(O)/
│   │       .
│   │       .
│   └───1182214(O)/
│
└───LOW/
    ├───0708758(O)/
    │       .
    │       .
    └───0708758(O)/       

方法

YOLOv5 Object Detection

• 物件偵測使用 ultralytics/yolov5 來做訓練，框出心臟的位置，排除切片中多餘的器官及黑色區域

• 取所有切片中 bounding box 的最左上、最右下座標，作為裁切影像的依據，保證可以框住整顆 3D 心臟

• 此過程將會於 volume data 輸入 3D-CNN 之前的預處理中執行

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Uniformizing Techniques

• 參考 Uniformizing Techniques to Process CT scans with 3D CNNs for Tuberculosis Prediction 中提到的 Spline Interpolated Zoom (SIZ)

• 為滿足一致的 input data size，對整個 3D 影像做縮放，沿著 Z 軸尋找附近的像素做插值

• 

3D-CNN Model

• 使用 Keras 提供的 Conv3D layer 來設計深度學習網路

• 設計 4 層的 3D-CNN 網路，最後由 softmax 輸出 HIGH/LOW 的機率

• 由於訓練資料集較小，採用較不複雜的設計避免 overfitting

• 

3D-Grad-CAM

• 3D-Grad-CAM 視覺化 3D-CNN 在心臟斷層掃描中關注的區域

• 將 volume 切成多個 slices 製作成 GIF動畫

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