thirtysix / ensembl_species_nt_freq

Nucleotide counts and frequencies of 318 species

Nucleotide counts and frequencies of 318 species

1. Background

This repository provides Python scripts used to:

1. Download masked genome files for a current Ensembl release (110 at this time; 318 species) and
2. Calculate nucleotide (ACTG) counts and frequencies for each species.

The script iterates through the release directories on the FTP site and subsequently downloads zipped masked genome files for all available species.

2. Results

• The results are for the current 318 species present in Ensembl release 110 are presented below.
• Additionally, in the main directory of the repository are 3 files which present the results:
  • 'species_nt_count.json' - JSON of species and nucleotide counts
  • 'species_nt_freq.json' - JSON of species and nucleotide frequencies
  • 'Ensembl_species_nt_data.tsv' - TSV of species, nucleotide counts, nucleotide frequencies

species	A_count	C_count	G_count	T_count	A_freq	C_freq	G_freq	T_freq
acanthochromis_polyacanthus	423909068	289308307	289308307	423909068	0.297	0.203	0.203	0.297
accipiter_nisus	632185755	456790154	456790154	632185755	0.290	0.210	0.210	0.290
ailuropoda_melanoleuca	796479218	590759725	590759725	796479218	0.287	0.213	0.213	0.287
amazona_collaria	610429877	435823526	435823526	610429877	0.292	0.208	0.208	0.292
amphilophus_citrinellus	353576143	244641182	244641182	353576143	0.296	0.204	0.204	0.296
amphiprion_ocellaris	426826856	285438825	285438825	426826856	0.300	0.200	0.200	0.300
amphiprion_percula	425951978	285207565	285207565	425951978	0.299	0.201	0.201	0.299
anabas_testudineus	289835644	198627015	198627015	289835644	0.297	0.203	0.203	0.297
anas_platyrhynchos	593755959	430811563	430811563	593755959	0.290	0.210	0.210	0.290
anas_platyrhynchos_platyrhynchos	563146380	402032350	402032350	563146380	0.292	0.208	0.208	0.292
anas_zonorhyncha	619835707	453166619	453166619	619835707	0.289	0.211	0.211	0.289
anolis_carolinensis	806120254	548271002	548271002	806120254	0.298	0.202	0.202	0.298
anser_brachyrhynchus	575460904	414656533	414656533	575460904	0.291	0.209	0.209	0.291
anser_cygnoides	579705156	418414698	418414698	579705156	0.290	0.210	0.210	0.290
aotus_nancymaae	828340279	564811255	564811255	828340279	0.297	0.203	0.203	0.297
apteryx_haastii	656753347	467832916	467832916	656753347	0.292	0.208	0.208	0.292
apteryx_owenii	660333663	472314509	472314509	660333663	0.291	0.209	0.209	0.291
apteryx_rowi	658691521	471047190	471047190	658691521	0.292	0.208	0.208	0.292
aquila_chrysaetos_chrysaetos	634693013	459679655	459679655	634693013	0.290	0.210	0.210	0.290
astatotilapia_calliptera	360793158	249318049	249318049	360793158	0.296	0.204	0.204	0.296
astyanax_mexicanus	541364016	348218224	348218224	541364016	0.304	0.196	0.196	0.304
astyanax_mexicanus_pachon	452744343	289646323	289646323	452744343	0.305	0.195	0.195	0.305
athene_cunicularia	615113786	428189728	428189728	615113786	0.295	0.205	0.205	0.295
balaenoptera_musculus	723568945	524790107	524790107	723568945	0.290	0.210	0.210	0.290
betta_splendens	208998485	172737687	172737687	208998485	0.274	0.226	0.226	0.274
bison_bison_bison	800472473	568545306	568545306	800472473	0.292	0.208	0.208	0.292
bos_grunniens	828800070	595276518	595276518	828800070	0.291	0.209	0.209	0.291
bos_indicus_hybrid	777931513	552941774	552941774	777931513	0.292	0.208	0.208	0.292
bos_mutus	772175838	546677519	546677519	772175838	0.293	0.207	0.207	0.293
bos_taurus	778910099	553740097	553740097	778910099	0.292	0.208	0.208	0.292
bos_taurus_hybrid	747111321	533062915	533062915	747111321	0.292	0.208	0.208	0.292
bubo_bubo	634996538	446916048	446916048	634996538	0.293	0.207	0.207	0.293
buteo_japonicus	643189089	459323485	459323485	643189089	0.292	0.208	0.208	0.292
caenorhabditis_elegans	49680059	28595215	28595215	49680059	0.317	0.183	0.183	0.317
cairina_moschata_domestica	564429359	403282805	403282805	564429359	0.292	0.208	0.208	0.292
calidris_pugnax	600710978	438987038	438987038	600710978	0.289	0.211	0.211	0.289
calidris_pygmaea	599792393	439499266	439499266	599792393	0.289	0.211	0.211	0.289
callithrix_jacchus	1393359501	986437811	986437811	1393359501	0.293	0.207	0.207	0.293
callorhinchus_milii	480196303	341115529	341115529	480196303	0.292	0.208	0.208	0.292
camarhynchus_parvulus	560315435	412246175	412246175	560315435	0.288	0.212	0.212	0.288
camelus_dromedarius	764353593	579877300	579877300	764353593	0.284	0.216	0.216	0.284
canis_lupus_dingo	792540065	570615562	570615562	792540065	0.291	0.209	0.209	0.291
canis_lupus_familiaris	792345179	570544348	570544348	792345179	0.291	0.209	0.209	0.291
canis_lupus_familiarisbasenji	788758567	567059348	567059348	788758567	0.291	0.209	0.209	0.291
canis_lupus_familiarisboxer	766291019	551944199	551944199	766291019	0.291	0.209	0.209	0.291
canis_lupus_familiarisgreatdane	784971053	564605879	564605879	784971053	0.291	0.209	0.209	0.291
canis_lupus_familiarisgsd	1145813389	832294386	832294386	1145813389	0.290	0.210	0.210	0.290
capra_hircus	838620215	605343472	605343472	838620215	0.290	0.210	0.210	0.290
capra_hircus_blackbengal	763250080	548757501	548757501	763250080	0.291	0.209	0.209	0.291
carassius_auratus	789930627	493561779	493561779	789930627	0.308	0.192	0.192	0.308
carlito_syrichta	1029201612	713076193	713076193	1029201612	0.295	0.205	0.205	0.295
castor_canadensis	969343119	655912607	655912607	969343119	0.298	0.202	0.202	0.298
catagonus_wagneri	861568686	646393027	646393027	861568686	0.286	0.214	0.214	0.286
catharus_ustulatus	563089470	407873797	407873797	563089470	0.290	0.210	0.210	0.290
cavia_aperea	660178536	456320545	456320545	660178536	0.296	0.204	0.204	0.296
cavia_porcellus	964129277	669629349	669629349	964129277	0.295	0.205	0.205	0.295
cebus_imitator	800880565	547554081	547554081	800880565	0.297	0.203	0.203	0.297
cercocebus_atys	819433590	561169579	561169579	819433590	0.297	0.203	0.203	0.297
cervus_hanglu_yarkandensis	789136329	563132507	563132507	789136329	0.292	0.208	0.208	0.292
chelonoidis_abingdonii	828267796	614929298	614929298	828267796	0.287	0.213	0.213	0.287
chelydra_serpentina	912286183	697562986	697562986	912286183	0.283	0.217	0.217	0.283
chinchilla_lanigera	860310073	618512532	618512532	860310073	0.291	0.209	0.209	0.291
chlorocebus_sabaeus	812235473	550187606	550187606	812235473	0.298	0.202	0.202	0.298
choloepus_hoffmanni	795749365	537516501	537516501	795749365	0.298	0.202	0.202	0.298
chrysemys_picta_bellii	1170250863	922417716	922417716	1170250863	0.280	0.220	0.220	0.280
chrysolophus_pictus	514832088	354017722	354017722	514832088	0.296	0.204	0.204	0.296
ciona_intestinalis	58629818	32682572	32682572	58629818	0.321	0.179	0.179	0.321
ciona_savignyi	74133835	41748980	41748980	74133835	0.320	0.180	0.180	0.320
clupea_harengus	293995594	229388520	229388520	293995594	0.281	0.219	0.219	0.281
colobus_angolensis_palliatus	797030716	541988532	541988532	797030716	0.298	0.202	0.202	0.298
corvus_moneduloides	557748184	408223706	408223706	557748184	0.289	0.211	0.211	0.289
cottoperca_gobio	292808231	203916840	203916840	292808231	0.295	0.205	0.205	0.295
coturnix_japonica	472482489	330354722	330354722	472482489	0.294	0.206	0.206	0.294
cricetulus_griseus_chok1gshd	852142579	594265688	594265688	852142579	0.295	0.205	0.205	0.295
cricetulus_griseus_crigri	857915392	594855074	594855074	857915392	0.295	0.205	0.205	0.295
cricetulus_griseus_picr	836347551	586227134	586227134	836347551	0.294	0.206	0.206	0.294
crocodylus_porosus	1051778510	829149858	829149858	1051778510	0.280	0.220	0.220	0.280
cyanistes_caeruleus	573582020	405432189	405432189	573582020	0.293	0.207	0.207	0.293
cyclopterus_lumpus	250070180	187183250	187183250	250070180	0.286	0.214	0.214	0.286
cynoglossus_semilaevis	228144382	163011699	163011699	228144382	0.292	0.208	0.208	0.292
cyprinodon_variegatus	465227882	294141655	294141655	465227882	0.306	0.194	0.194	0.306
cyprinus_carpio_carpio	625655571	389993365	389993365	625655571	0.308	0.192	0.192	0.308
cyprinus_carpio_germanmirror	615714203	382391397	382391397	615714203	0.308	0.192	0.192	0.308
cyprinus_carpio_hebaored	648979917	406350601	406350601	648979917	0.307	0.193	0.193	0.307
cyprinus_carpio_huanghe	632080125	392773069	392773069	632080125	0.308	0.192	0.192	0.308
danio_rerio	386014189	229576017	229576017	386014189	0.314	0.186	0.186	0.314
dasypus_novemcinctus	842682746	598874149	598874149	842682746	0.292	0.208	0.208	0.292
delphinapterus_leucas	720516979	523497756	523497756	720516979	0.290	0.210	0.210	0.290
denticeps_clupeoides	254606438	200738192	200738192	254606438	0.280	0.220	0.220	0.280
dicentrarchus_labrax	355542781	242681580	242681580	355542781	0.297	0.203	0.203	0.297
dipodomys_ordii	746948581	508030623	508030623	746948581	0.298	0.202	0.202	0.298
dromaius_novaehollandiae	645343883	464937531	464937531	645343883	0.291	0.209	0.209	0.291
drosophila_melanogaster	61491513	46949718	46949718	61491513	0.284	0.216	0.216	0.284
echeneis_naucrates	279736785	200813302	200813302	279736785	0.291	0.209	0.209	0.291
echinops_telfairi	649539580	496457051	496457051	649539580	0.283	0.217	0.217	0.283
electrophorus_electricus	253295187	188957780	188957780	253295187	0.286	0.214	0.214	0.286
eptatretus_burgeri	619415314	484771979	484771979	619415314	0.280	0.220	0.220	0.280
equus_asinus	781206225	574841704	574841704	781206225	0.288	0.212	0.212	0.288
equus_caballus	797523378	585036375	585036375	797523378	0.288	0.212	0.212	0.288
erinaceus_europaeus	623641421	429574326	429574326	623641421	0.296	0.204	0.204	0.296
erpetoichthys_calabaricus	1555575571	995537852	995537852	1555575571	0.305	0.195	0.195	0.305
erythrura_gouldiae	541981486	388759845	388759845	541981486	0.291	0.209	0.209	0.291
esox_lucius	312580064	223854626	223854626	312580064	0.291	0.209	0.209	0.291
falco_tinnunculus	624412305	453581136	453581136	624412305	0.290	0.210	0.210	0.290
felis_catus	799158348	587677414	587677414	799158348	0.288	0.212	0.212	0.288
ficedula_albicollis	532786092	382105245	382105245	532786092	0.291	0.209	0.209	0.291
fukomys_damarensis	877293887	611992005	611992005	877293887	0.295	0.205	0.205	0.295
fundulus_heteroclitus	442561941	308406966	308406966	442561941	0.295	0.205	0.205	0.295
gadus_morhua	258768034	212122560	212122560	258768034	0.275	0.225	0.225	0.275
gallus_gallus	520483252	373355839	373355839	520483252	0.291	0.209	0.209	0.291
gallus_gallus_gca000002315v5	521708398	374739433	374739433	521708398	0.291	0.209	0.209	0.291
gallus_gallus_gca016700215v2	516823357	369717325	369717325	516823357	0.291	0.209	0.209	0.291
gambusia_affinis	318555841	208223180	208223180	318555841	0.302	0.198	0.198	0.302
gasterosteus_aculeatus	211253729	170451341	170451341	211253729	0.277	0.223	0.223	0.277
geospiza_fortis	550247260	394591173	394591173	550247260	0.291	0.209	0.209	0.291
gopherus_agassizii	1158228997	895694198	895694198	1158228997	0.282	0.218	0.218	0.282
gopherus_evgoodei	820729984	608406372	608406372	820729984	0.287	0.213	0.213	0.287
gorilla_gorilla	823977492	561808817	561808817	823977492	0.297	0.203	0.203	0.297
gouania_willdenowi	433329893	279954187	279954187	433329893	0.304	0.196	0.196	0.304
haplochromis_burtoni	326455958	225048980	225048980	326455958	0.296	0.204	0.204	0.296
heterocephalus_glaber_female	870554532	605190458	605190458	870554532	0.295	0.205	0.205	0.295
heterocephalus_glaber_male	870298577	605098636	605098636	870298577	0.295	0.205	0.205	0.295
hippocampus_comes	215541750	169380826	169380826	215541750	0.280	0.220	0.220	0.280
homo_sapiens	856303541	591773911	591773911	856303541	0.296	0.204	0.204	0.296
hucho_hucho	502946547	369193678	369193678	502946547	0.288	0.212	0.212	0.288
ictalurus_punctatus	336139573	225014764	225014764	336139573	0.300	0.200	0.200	0.300
ictidomys_tridecemlineatus	871871834	598538141	598538141	871871834	0.296	0.204	0.204	0.296
jaculus_jaculus	864235773	607278953	607278953	864235773	0.294	0.206	0.206	0.294
junco_hyemalis	484412743	352528968	352528968	484412743	0.289	0.211	0.211	0.289
kryptolebias_marmoratus	322224779	219518680	219518680	322224779	0.297	0.203	0.203	0.297
labrus_bergylta	398189770	276181265	276181265	398189770	0.295	0.205	0.205	0.295
larimichthys_crocea	329676020	234843776	234843776	329676020	0.292	0.208	0.208	0.292
lates_calcarifer	347855293	241087698	241087698	347855293	0.295	0.205	0.205	0.295
laticauda_laticaudata	851572793	579016972	579016972	851572793	0.298	0.202	0.202	0.298
latimeria_chalumnae	577165253	352451645	352451645	577165253	0.310	0.190	0.190	0.310
lepidothrix_coronata	555405798	395474846	395474846	555405798	0.292	0.208	0.208	0.292
lepisosteus_oculatus	487774446	318533599	318533599	487774446	0.302	0.198	0.198	0.302
leptobrachium_leishanense	1537338333	1210528594	1210528594	1537338333	0.280	0.220	0.220	0.280
lonchura_striata_domestica	531366776	375278541	375278541	531366776	0.293	0.207	0.207	0.293
loxodonta_africana	937807056	674743220	674743220	937807056	0.291	0.209	0.209	0.291
lynx_canadensis	768903265	563169852	563169852	768903265	0.289	0.211	0.211	0.289
macaca_fascicularis	826533881	567358678	567358678	826533881	0.296	0.204	0.204	0.296
macaca_mulatta	821488889	563178310	563178310	821488889	0.297	0.203	0.203	0.297
macaca_nemestrina	833662552	570931003	570931003	833662552	0.297	0.203	0.203	0.297
malurus_cyaneus_samueli	552803379	400609996	400609996	552803379	0.290	0.210	0.210	0.290
manacus_vitellinus	601898529	433660471	433660471	601898529	0.291	0.209	0.209	0.291
mandrillus_leucophaeus	813301820	553875781	553875781	813301820	0.297	0.203	0.203	0.297
marmota_marmota_marmota	899655511	618988921	618988921	899655511	0.296	0.204	0.204	0.296
mastacembelus_armatus	288848973	197779161	197779161	288848973	0.297	0.203	0.203	0.297
maylandia_zebra	386290798	267305040	267305040	386290798	0.296	0.204	0.204	0.296
meleagris_gallopavo	546175816	380412031	380412031	546175816	0.295	0.205	0.205	0.295
melopsittacus_undulatus	612607782	435480474	435480474	612607782	0.292	0.208	0.208	0.292
meriones_unguiculatus	852834264	626922002	626922002	852834264	0.288	0.212	0.212	0.288
mesocricetus_auratus	776854465	554039639	554039639	776854465	0.292	0.208	0.208	0.292
microcebus_murinus	799424567	574226101	574226101	799424567	0.291	0.209	0.209	0.291
microtus_ochrogaster	800552320	585358322	585358322	800552320	0.289	0.211	0.211	0.289
mola_mola	314840036	220948701	220948701	314840036	0.294	0.206	0.206	0.294
monodelphis_domestica	916855779	570844077	570844077	916855779	0.308	0.192	0.192	0.308
monodon_monoceros	900904672	653745315	653745315	900904672	0.290	0.210	0.210	0.290
monopterus_albus	316887373	218685821	218685821	316887373	0.296	0.204	0.204	0.296
moschus_moschiferus	893022944	647420853	647420853	893022944	0.290	0.210	0.210	0.290
mus_caroli	807930922	568983282	568983282	807930922	0.293	0.207	0.207	0.293
mus_musculus	852711328	603863798	603863798	852711328	0.293	0.207	0.207	0.293
mus_musculus_129s1svimj	820959283	579260001	579260001	820959283	0.293	0.207	0.207	0.293
mus_musculus_aj	822257612	579805771	579805771	822257612	0.293	0.207	0.207	0.293
mus_musculus_akrj	823351826	580571225	580571225	823351826	0.293	0.207	0.207	0.293
mus_musculus_balbcj	820682523	578893009	578893009	820682523	0.293	0.207	0.207	0.293
mus_musculus_c3hhej	819812300	578467843	578467843	819812300	0.293	0.207	0.207	0.293
mus_musculus_c57bl6nj	820799895	579361044	579361044	820799895	0.293	0.207	0.207	0.293
mus_musculus_casteij	815191377	577059870	577059870	815191377	0.293	0.207	0.207	0.293
mus_musculus_cbaj	819106765	578593467	578593467	819106765	0.293	0.207	0.207	0.293
mus_musculus_dba2j	816563500	577204924	577204924	816563500	0.293	0.207	0.207	0.293
mus_musculus_fvbnj	818656493	578062550	578062550	818656493	0.293	0.207	0.207	0.293
mus_musculus_lpj	816745555	577047361	577047361	816745555	0.293	0.207	0.207	0.293
mus_musculus_nodshiltj	806634015	574857459	574857459	806634015	0.292	0.208	0.208	0.292
mus_musculus_nzohlltj	822154053	579754430	579754430	822154053	0.293	0.207	0.207	0.293
mus_musculus_pwkphj	819119373	578137818	578137818	819119373	0.293	0.207	0.207	0.293
mus_musculus_wsbeij	813376879	574999738	574999738	813376879	0.293	0.207	0.207	0.293
mus_pahari	800233902	569189104	569189104	800233902	0.292	0.208	0.208	0.292
mus_spicilegus	806339653	571456016	571456016	806339653	0.293	0.207	0.207	0.293
mus_spretus	821504712	577222494	577222494	821504712	0.294	0.206	0.206	0.294
mustela_putorius_furo	784583545	574206342	574206342	784583545	0.289	0.211	0.211	0.289
myotis_lucifugus	710365912	540788553	540788553	710365912	0.284	0.216	0.216	0.284
myripristis_murdjan	396312635	291995278	291995278	396312635	0.288	0.212	0.212	0.288
naja_naja	760435289	508004874	508004874	760435289	0.300	0.200	0.200	0.300
nannospalax_galili	1003549050	690616326	690616326	1003549050	0.296	0.204	0.204	0.296
neogobius_melanostomus	460095680	329843499	329843499	460095680	0.291	0.209	0.209	0.291
neolamprologus_brichardi	323486401	223080036	223080036	323486401	0.296	0.204	0.204	0.296
neovison_vison	782596289	580944438	580944438	782596289	0.287	0.213	0.213	0.287
nomascus_leucogenys	788623958	536089072	536089072	788623958	0.298	0.202	0.202	0.298
notamacropus_eugenii	1108328094	717338234	717338234	1108328094	0.304	0.196	0.196	0.304
notechis_scutatus	849825981	568873382	568873382	849825981	0.300	0.200	0.200	0.300
nothobranchius_furzeri	375191937	272645010	272645010	375191937	0.290	0.210	0.210	0.290
nothoprocta_perdicaria	505641282	370426107	370426107	505641282	0.289	0.211	0.211	0.289
numida_meleagris	524606416	372255194	372255194	524606416	0.292	0.208	0.208	0.292
ochotona_princeps	1088840863	873376768	873376768	1088840863	0.277	0.223	0.223	0.277
octodon_degus	965742077	700685397	700685397	965742077	0.290	0.210	0.210	0.290
oncorhynchus_kisutch	506930668	373255986	373255986	506930668	0.288	0.212	0.212	0.288
oncorhynchus_mykiss	514702823	379687672	379687672	514702823	0.288	0.212	0.212	0.288
oncorhynchus_tshawytscha	579254442	432005841	432005841	579254442	0.286	0.214	0.214	0.286
oreochromis_aureus	374312809	256015076	256015076	374312809	0.297	0.203	0.203	0.297
oreochromis_niloticus	417758635	286178563	286178563	417758635	0.297	0.203	0.203	0.297
ornithorhynchus_anatinus	474497770	391954907	391954907	474497770	0.274	0.226	0.226	0.274
oryctolagus_cuniculus	806464459	609438073	609438073	806464459	0.285	0.215	0.215	0.285
oryzias_javanicus	392146049	260773127	260773127	392146049	0.300	0.200	0.200	0.300
oryzias_latipes	337909510	235071102	235071102	337909510	0.295	0.205	0.205	0.295
oryzias_latipes_hni	319354152	221144722	221144722	319354152	0.295	0.205	0.205	0.295
oryzias_latipes_hsok	340660916	236788680	236788680	340660916	0.295	0.205	0.205	0.295
oryzias_melastigma	370116399	246011711	246011711	370116399	0.300	0.200	0.200	0.300
oryzias_sinensis	352935809	243772163	243772163	352935809	0.296	0.204	0.204	0.296
otolemur_garnettii	775230002	548242302	548242302	775230002	0.293	0.207	0.207	0.293
otus_sunia	641420055	456326559	456326559	641420055	0.292	0.208	0.208	0.292
ovis_aries	794548759	564904090	564904090	794548759	0.292	0.208	0.208	0.292
ovis_aries_rambouillet	840225778	597862060	597862060	840225778	0.292	0.208	0.208	0.292
pan_paniscus	794351081	540472077	540472077	794351081	0.298	0.202	0.202	0.298
pan_troglodytes	868757928	594770831	594770831	868757928	0.297	0.203	0.203	0.297
panthera_leo	773871320	567338666	567338666	773871320	0.288	0.212	0.212	0.288
panthera_pardus	797646387	588819548	588819548	797646387	0.288	0.212	0.212	0.288
panthera_tigris_altaica	767113100	556258247	556258247	767113100	0.290	0.210	0.210	0.290
papio_anubis	1399065137	993373243	993373243	1399065137	0.292	0.208	0.208	0.292
parambassis_ranga	268467904	198222056	198222056	268467904	0.288	0.212	0.212	0.288
paramormyrops_kingsleyae	352284531	274972347	274972347	352284531	0.281	0.219	0.219	0.281
parus_major	532114555	377455204	377455204	532114555	0.293	0.207	0.207	0.293
pavo_cristatus	539105608	396403902	396403902	539105608	0.288	0.212	0.212	0.288
pelodiscus_sinensis	1052924215	838932547	838932547	1052924215	0.278	0.222	0.222	0.278
pelusios_castaneus	980205574	745180821	745180821	980205574	0.284	0.216	0.216	0.284
periophthalmus_magnuspinnatus	342974882	227546544	227546544	342974882	0.301	0.199	0.199	0.301
peromyscus_maniculatus_bairdii	858113427	626718221	626718221	858113427	0.289	0.211	0.211	0.289
petromyzon_marinus	171029146	143251735	143251735	171029146	0.272	0.228	0.228	0.272
phascolarctos_cinereus	919275645	608318480	608318480	919275645	0.301	0.199	0.199	0.301
phasianus_colchicus	516688525	358401735	358401735	516688525	0.295	0.205	0.205	0.295
phocoena_sinus	716903387	521664823	521664823	716903387	0.289	0.211	0.211	0.289
physeter_catodon	752587423	551477734	551477734	752587423	0.289	0.211	0.211	0.289
piliocolobus_tephrosceles	847088065	570312602	570312602	847088065	0.299	0.201	0.201	0.299
podarcis_muralis	674402973	521307444	521307444	674402973	0.282	0.218	0.218	0.282
poecilia_formosa	388372430	255900170	255900170	388372430	0.301	0.199	0.199	0.301
poecilia_latipinna	355286452	237055848	237055848	355286452	0.300	0.200	0.200	0.300
poecilia_mexicana	356147072	237612714	237612714	356147072	0.300	0.200	0.200	0.300
poecilia_reticulata	345387535	229735544	229735544	345387535	0.300	0.200	0.200	0.300
pogona_vitticeps	925302956	675003253	675003253	925302956	0.289	0.211	0.211	0.289
pongo_abelii	819535989	558200756	558200756	819535989	0.297	0.203	0.203	0.297
procavia_capensis	946583767	689907703	689907703	946583767	0.289	0.211	0.211	0.289
prolemur_simus	759981102	545189153	545189153	759981102	0.291	0.209	0.209	0.291
propithecus_coquereli	712316096	521153553	521153553	712316096	0.289	0.211	0.211	0.289
pseudonaja_textilis	750032758	498947566	498947566	750032758	0.300	0.200	0.200	0.300
pteropus_vampyrus	740264271	519485384	519485384	740264271	0.294	0.206	0.206	0.294
pundamilia_nyererei	324016511	223772119	223772119	324016511	0.296	0.204	0.204	0.296
pygocentrus_nattereri	564664068	379508111	379508111	564664068	0.299	0.201	0.201	0.299
rattus_norvegicus	830245677	597783159	597783159	830245677	0.291	0.209	0.209	0.291
rattus_norvegicus_shrspbbbutx	828417873	600848653	600848653	828417873	0.290	0.210	0.210	0.290
rattus_norvegicus_shrutx	900438262	655062297	655062297	900438262	0.289	0.211	0.211	0.289
rattus_norvegicus_wkybbb	833199751	605964617	605964617	833199751	0.289	0.211	0.211	0.289
rhinolophus_ferrumequinum	746161999	536313200	536313200	746161999	0.291	0.209	0.209	0.291
rhinopithecus_bieti	823460350	560841306	560841306	823460350	0.297	0.203	0.203	0.297
rhinopithecus_roxellana	824978862	561449779	561449779	824978862	0.298	0.202	0.202	0.298
saccharomyces_cerevisiae	6978271	4399845	4399845	6978271	0.307	0.193	0.193	0.307
saimiri_boliviensis_boliviensis	775310763	530768829	530768829	775310763	0.297	0.203	0.203	0.297
salarias_fasciatus	359274047	287414973	287414973	359274047	0.278	0.222	0.222	0.278
salmo_salar	544677436	398833605	398833605	544677436	0.289	0.211	0.211	0.289
salmo_trutta	522773920	382578855	382578855	522773920	0.289	0.211	0.211	0.289
salvator_merianae	1071044972	791360602	791360602	1071044972	0.288	0.212	0.212	0.288
sander_lucioperca	440706741	308794867	308794867	440706741	0.294	0.206	0.206	0.294
sarcophilus_harrisii	961998633	579354249	579354249	961998633	0.312	0.188	0.188	0.312
sciurus_vulgaris	999029313	704261446	704261446	999029313	0.293	0.207	0.207	0.293
scleropages_formosus	372738366	294696462	294696462	372738366	0.279	0.221	0.221	0.279
scophthalmus_maximus	262794806	204294107	204294107	262794806	0.281	0.219	0.219	0.281
serinus_canaria	570823708	421769345	421769345	570823708	0.288	0.212	0.212	0.288
seriola_dumerili	344226707	241548528	241548528	344226707	0.294	0.206	0.206	0.294
seriola_lalandi_dorsalis	361859253	254620670	254620670	361859253	0.293	0.207	0.207	0.293
sinocyclocheilus_anshuiensis	676784035	425346197	425346197	676784035	0.307	0.193	0.193	0.307
sinocyclocheilus_grahami	687689567	432981033	432981033	687689567	0.307	0.193	0.193	0.307
sinocyclocheilus_rhinocerous	685718936	430615990	430615990	685718936	0.307	0.193	0.193	0.307
sorex_araneus	652405846	447678193	447678193	652405846	0.297	0.203	0.203	0.297
sparus_aurata	410992340	299726034	299726034	410992340	0.289	0.211	0.211	0.289
spermophilus_dauricus	1089451264	747869781	747869781	1089451264	0.296	0.204	0.204	0.296
sphaeramia_orbicularis	613364373	387269748	387269748	613364373	0.306	0.194	0.194	0.306
sphenodon_punctatus	1504109233	1338085971	1338085971	1504109233	0.265	0.235	0.235	0.265
stachyris_ruficeps	535825002	389288554	389288554	535825002	0.290	0.210	0.210	0.290
stegastes_partitus	375485144	273349193	273349193	375485144	0.289	0.211	0.211	0.289
strigops_habroptila	588975881	418703411	418703411	588975881	0.292	0.208	0.208	0.292
strix_occidentalis_caurina	650012305	461968706	461968706	650012305	0.292	0.208	0.208	0.292
struthio_camelus_australis	650723387	457643561	457643561	650723387	0.294	0.206	0.206	0.294
suricata_suricatta	800372978	590527672	590527672	800372978	0.288	0.212	0.212	0.288
sus_scrofa	787867639	577677681	577677681	787867639	0.288	0.212	0.212	0.288
sus_scrofa_bamei	769178401	563134176	563134176	769178401	0.289	0.211	0.211	0.289
sus_scrofa_berkshire	759626187	555462664	555462664	759626187	0.289	0.211	0.211	0.289
sus_scrofa_hampshire	763348243	558716224	558716224	763348243	0.289	0.211	0.211	0.289
sus_scrofa_jinhua	767525932	561921862	561921862	767525932	0.289	0.211	0.211	0.289
sus_scrofa_landrace	764316311	559324057	559324057	764316311	0.289	0.211	0.211	0.289
sus_scrofa_largewhite	766779465	561163070	561163070	766779465	0.289	0.211	0.211	0.289
sus_scrofa_meishan	770274882	564604245	564604245	770274882	0.289	0.211	0.211	0.289
sus_scrofa_pietrain	761260653	556583533	556583533	761260653	0.289	0.211	0.211	0.289
sus_scrofa_rongchang	805329498	591450731	591450731	805329498	0.288	0.212	0.212	0.288
sus_scrofa_tibetan	746641981	544471182	544471182	746641981	0.289	0.211	0.211	0.289
sus_scrofa_usmarc	782978644	577970878	577970878	782978644	0.288	0.212	0.212	0.288
sus_scrofa_wuzhishan	769609135	561699124	561699124	769609135	0.289	0.211	0.211	0.289
taeniopygia_guttata	534759678	381948494	381948494	534759678	0.292	0.208	0.208	0.292
takifugu_rubripes	184063377	153339947	153339947	184063377	0.273	0.227	0.227	0.273
terrapene_carolina_triunguis	937544091	709755445	709755445	937544091	0.285	0.215	0.215	0.285
tetraodon_nigroviridis	146613463	127507886	127507886	146613463	0.267	0.233	0.233	0.267
theropithecus_gelada	814756899	556635274	556635274	814756899	0.297	0.203	0.203	0.297
tupaia_belangeri	689711216	484562172	484562172	689711216	0.294	0.206	0.206	0.294
tursiops_truncatus	751708132	548837321	548837321	751708132	0.289	0.211	0.211	0.289
urocitellus_parryii	844226379	585305412	585305412	844226379	0.295	0.205	0.205	0.295
ursus_americanus	816749208	607397134	607397134	816749208	0.287	0.213	0.213	0.287
ursus_maritimus	760450169	562666943	562666943	760450169	0.287	0.213	0.213	0.287
ursus_thibetanus_thibetanus	851570206	634619149	634619149	851570206	0.286	0.214	0.214	0.286
varanus_komodoensis	702387036	547709874	547709874	702387036	0.281	0.219	0.219	0.281
vicugna_pacos	749587243	515249295	515249295	749587243	0.296	0.204	0.204	0.296
vombatus_ursinus	995331991	654068772	654068772	995331991	0.302	0.198	0.198	0.302
vulpes_vulpes	793775559	570972080	570972080	793775559	0.291	0.209	0.209	0.291
xenopus_tropicalis	724999938	488759824	488759824	724999938	0.299	0.201	0.201	0.299
xiphophorus_couchianus	296411532	192900804	192900804	296411532	0.303	0.197	0.197	0.303
xiphophorus_maculatus	359874886	235131166	235131166	359874886	0.302	0.198	0.198	0.302
zalophus_californianus	759367061	553978050	553978050	759367061	0.289	0.211	0.211	0.289
zonotrichia_albicollis	523416411	373519967	373519967	523416411	0.292	0.208	0.208	0.292
zosterops_lateralis_melanops	533288597	375959645	375959645	533288597	0.293	0.207	0.207	0.293