pipetcpt / trainees

PIPET 수련생을 위한 실습교육자료입니다. (R, NCA, Rmarkdown, data science, 임상시험, 약동학/약력학, 논문발표 등)

Interns of PIPET

이곳은 PIPET 수련생들 및 가톨릭의대 학생들을 위해 사용되는 저장소입니다.
This repository is used for teaching trainees (residents, subinterns, or students).

오자마자 여러분이 해야할 일

• Github에 계정을 만듭니다.
• 그 후 아이디를 알려주세요.
• 이 저장소를 Watch / Star 해주세요.

일정

이 저장소의 자료를 통해서 다음과 같은 지식을 습득합니다.

• Github
• Pheonix WNL
• R https://www.r-project.org/
• Data manipulation
• Data analysis
• Clinical trial PK analysis
• (Optional) Rstudio https://www.rstudio.com/
• Data Science Fun R, 파이썬(Python),
• 데이터 과학 이야기 https://dataninja.me

마지막에 논문 발표를 하게 됩니다.

• 4학년 선택 실습 2024-05
  • 2024/05/20(월)부터 2024/06/07(금)까지 3주간
  • Participants
    • 김지수 jeesoo97
• 4학년 선택 실습 2024-03
  • 2024/3/11(월)부터 2024/4/6(토)까지 4주간
  • Participants
    • 박현수 KINDASOO
    • 김현욱 andrew8321
    • 강라현 rahyeon
    • 이현도 crm05078
• High school intern 2022-12
  • Participants
    • 한준규 PaulHan2006
• Pre-med students 2022-Elective
  • 2022-02
  • Participants
    • 박지민 parkjimin93
    • 박상우 swpark0416
• Med student 2021-Elective
  • 2021-05 - 2021-06
  • Participant
    • 송지수 SongJS96 - 건양대 의대 4학년
• Med student 2020-Elective
  • 2020-11 - 2021-01
  • Participants
    • 유선아
    • 김동연
    • 원유석
    • 송현선
    • 김지완
    • 안건희
    • 함승열
• Intern Program 2019-Summer
  • 2019-07-15 - 2019-08-31
  • Participants
    • 윤창일 funnysharky - 가톨릭 의대 2학년
    • 김마리 marikim217 - 중앙대 약대 3학년
• Intern Program 2020-Winter
  • 2019-12-23 - present
  • Participants
    • 최명기 mante111 - 중앙대 약대 4학년
    • 김경민 amor87621 - 가톨릭 의대 4학년

trainees's Issues

Verapamil / Moxifloxacin PK model

@mante111 님,

Verapamil / Moxifloxacin PK model 을 찾아보세요.

• pubmed.gov 에서 검색
• google 에서 검색

박현수 연구 노트

2024.03.12 (화)

• 오전: 임상시험 투약 참관 > OT > 혈액내과 공동회의 참관
• 오후: 계량약리학 강의 1,2 > AIMS bio 회의 참관

2024.03.13 (수)

• 오전: 회의 참관 > R4DS 강의
• 오후: AIMS bio 회의 참관 > 한성필 교수님 Rstudio 강의

2024.03.14 (목)

• 오전: 회의 참관 > 랩미팅 참여
• 오후: Real-World Data/Clinical Pharmacometrics 연구회의 > siRNA 제제 임상약리학적 고려사항 과제

2024.03.20 (수)

• 오전: 회의 참관 > R 공부
• 오후: 계량약리학 강의 3 > R 공부

2024.03.21 (목)

• 오전: OA-QSP 자료조사
• 오후: 임상시험 진행회의 참관 > R 공부

2024.03.22 (금)

• WRAP-UP

2024.03.25 (월)

• R

2024.03.26 (화)

• R
• 혈액내과 공동회의 참관

2024.03.27 (수)

• 강주은 선생님 연구미팅
• R

2024.03.28 (목)

• Matlab
• 청람바이오 실전 약동학 강의

2024.03.29 (금)

• Matlab
• 한성필 교수님 강의 : Recommended approaches to nonclinical PK of therapeutic ON

2024.04.02 (화)

• R
• 혈액내과 공동회의 참관

2024.04.03 (수)

• Matlab
• AIMS 회의 참관

2024.04.04 (목)

• R
• Lab meeting
• CAR-T 관련 한승훈 교수님 강의

김현욱 연구노트

2024.03.12 (화)

• 오전: 임상시험 투약 참관 > 선택심화 OT > 혈액내과/약리학교실 빅데이터 회의 참관
• 오후: 통계학, R 공부 (핵심 확률 및 통계학, R까기2) > AIMS 회의 참관 (오가노이드 치료제 개발 관련)

2024.03.13 (수)

• 오전: R 공부 (R까기2, 한성필 교수님 강의 영상)
• 오후: R 공부 (R까기2, 한성필 교수님 강의 영상) > AIMS 회의 참관 (diphenhydramine의 새 적응증을 위한 임상시험 관련)

2024.03.14 (목)

• 오전: R 공부 (R까기2), 약리학교실 랩미팅 참관
• 오후: R 공부 (R까기2), 가톨릭중앙의료원 CDW 활용법에 대한 강의

2024.03.15 (금)

• 가톨릭대-경희대 공동연구 워크샵

2020년 1학기 R 교육

최신 버전의 R, Rtools(윈도우 환경), Rstudio, git 을 설치하는 것이 추천됩니다.

김마리 연구노트

@marikim217 선생님,

연구(공부)하며 배운 것을 기록합니다.

2020년 1학년 2학기 선택과정

명단 및 현황

번호, 이름, 이메일	Github	과제 1	과제 2
15, 김동연, [email protected]	@dongyounkim0109	-	dongyounkim0109/dongyounkim0109#1
24, 김지완, [email protected]	@royk1223	royk1223/royk1223#1	royk1223/royk1223#2
49, 송현석, [email protected]	@sssteve426	-	-
55, 안건희, [email protected]	@geonhee-ahn	geonhee-ahn/geonhee-ahn#1	geonhee-ahn/geonhee-ahn#2
58, 원유석, [email protected]	@clozaril	-	clozaril/clozaril#2
59, 유선아, [email protected]	@kmlarcadia	-	kmlarcadia/kmlarcadia#3
98, 함승열, [email protected]	@syjack2084	syjack2084/syjack2084#1	syjack2084/syjack2084#2

과제 1: 2020-12-15

1. 수업시간에 배포된 코드를 각자 실행합니다.

과제 2 : 2020-01-25

약동학 분석 보고서 작성

1. 첨부 코드를 활용하여 Rmarkdown 문서(Assignment.Rmd 참고)를 만듭니다.
2. A4 용지 코드와 그림 제외하여 3장 이내 분량의 .docx 파일을 생성하여 블랙보드에 제출합니다. 이때 Rmarkdown 문법을 풍부하게 사용하길 권장합니다.
3. 자신의 github profile의 issues에 Rmd 확장자의 과제 코드를 올립니다. (예: shanmdphd/shanmdphd#3 )
4. 기한: 2021-01-28 23:59

이현도 연구노트

2024.03.12

오전: 병동 임상시험 투약 참관, OT, 빅데이터 회의 참관 (혈액내과)
오후: R공부 (계량약리학 강의, 한성필 교수님 강의 영상), AIMS 회의 참관

2024.03.13

오전: R공부 (R을 R려줘)
오후: R공부 (R을 R려줘), AIMS 회의 참관, 한성필 교수님 R studio 데이터분석 시연 zoom 강의

2024.03.14

오전: 약리학교실 zoom 미팅 참관, 신찬옥 선생님 강의
오후: R공부 (R을 알려줘)

Paul Han 연구노트

마크다운 형태로 글쓰기

• @PaulHan2006 하루에 한 일을 아래와 같이 댓글로 기록해 주세요.
  • 마크다운 형태를 사용하여 글을 써 보세요. (Edit 버튼 눌러서 raw text 확인할 것.)
  • 마크다운 형태로 글쓰는 것은 프로그래머에게 좋은 습관입니다.
  • 자료: https://github.com/pipetcpt/interns/wiki/Information-for-PIPET-Interns

원칙

• 주별로 하나의 reply에 edit하면서 작성하면 좋겠습니다. (위의 reply 참고. 제가 수정해 놓음)
• 매주 월요일 10시에 회의에서 작성한 reply를 보면서 진행을 보고해 주시면 좋을 것 같아요. (아울러 profile 사진을 하나 올려서 avatar가 표시되게 해주세요.)
• 위의 제목 옆에 Watching, Star 클릭해 주세요.

김경민 연구과제

@amor87621 선생님

1. 아무 Rmarkdown 문서를 만들고
2. html 파일을 생성하여,
3. https://github.com/pipetcpt/interns/tree/master/2020-homework 에 Rmd와 html 파일을 올려주세요. (기한 2019-12-27)

참고링크

1. https://tariat.tistory.com/663
2. https://github.com/pipetcpt/interns/tree/master/2019-homework

윤창일 연구노트

@funnysharky 선생님,

연구(공부)하며 배운 것을 댓글로 기록합니다.

예시)

김경민 연구노트

@amor87621 선생님, 환영합니다.

최명기 연구 과제

@mante111 선생님

1. 아무 Rmarkdown 문서를 만들고
2. html 파일을 생성하여,
3. https://github.com/pipetcpt/interns/tree/master/2020-homework 에 Rmd와 html 파일을 올려주세요. (기한 2019-12-27)

참고링크

1. https://tariat.tistory.com/663
2. https://github.com/pipetcpt/interns/tree/master/2019-homework

강라현 연구노트

용어 설명

용어에 대해 질문이 있어 글올립니다.

1. 모델링이랑 시뮬레이션이라는 용어가 나오는데 정확히 어떤 과정인지 궁금합니다.
2. 아래의 용어들이 궁금합니다.
   • GHB
   • ASCPT
   • TMDD
   • LLOq
   • CV
   • sad PK(정확하진 않은데 이런 느낌의 단어였습니다.)
   • data set 만드는거에 대한 이야기나 나왔는데 data set 만드는게 그렇게 어려운일인가요?? 제 생각엔 엄청 어려울거 같진 않은데 오늘 문맥상으로는 할수 있냐고 많이 묻더라고요

1. http://www.kddf.org/bbs/bbs.asp?mode=view&IDX=970&p=2&cateId=39 으로 답변 대신합니다.
2. 용어설명
   • GHB - https://www.hankyung.com/it/article/2019020170081
   • ASCPT - 미국임상약리회
   • TMDD - Target mediated drug disposition
   • LLOQ - 최저정량한계
   • CV - Coefficient of variation
   • SAD - Single ascending dose
   • Dataset - NONMEM dataset 만드는 특별한 규칙이 있고, 쉽지 않습니다.

문헌을 BibTeX형태로 인용하는 방법 (Rmarkdown에서 사용)

1. Google Scholar에서서 인용하고자 하는 문헌의 따옴표(연두색 화살표)를 선택하고 BibTeX를 선택(붉은색 화살표)

2. 아래와 같이 표시되는 텍스트를 전체선택(Ctrl+A) 후 복사, 붙여넣기

김지수 연구노트

@jeesoo97

2024.05.20 (월)

• 오전: 연구행정회의 참관, AIMS 회의 참관
• 오후: pharmacology chapter 1

2024.05.21 (화)

• 오전: 임상시험 투약 참관, Github Trainees 저장소 소개, 데이터 미팅 참관
• 오후: Off
• 저녁: 워크샵 참석

2024.05.22 (수)

• 오전: Github, Chatgpt4o, R-studio 사용법 공부, 소아과 미팅 참관
  https://velog.io/@jameskoo0503/Github-basics 참고했습니다.
  http://www.cookbook-r.com/Basics/ 참고했습니다.
• 오후: Off
• 저녁: 워크샵 참석

2024.05.23 (목)

• 오전: 프라미펙솔 자료조사 과제, R-studio로 demographics 제작
• 오후: AIMS 프로젠 회의 참관, 학위생 미팅 참관
• 저녁: 워크샵 참석

2024.05.24 (금)

• 오전: R-studio 공부 https://r4ds.had.co.nz/ 참고했습니다.
• 오후: Off

최명기 연구 노트

마크다운 형태로 글쓰기

• @mante111 선생님 하루에 하신 일을 아래와 같이 댓글로 기록해 주세요.
  • 마크다운 형태를 사용하여 글을 써 보세요. (Edit 버튼 눌러서 raw text 확인할 것.)
  • 마크다운 형태로 글쓰는 것은 프로그래머에게 좋은 습관입니다.
  • 자료: https://github.com/pipetcpt/interns/wiki/Information-for-PIPET-Interns

원칙

• 주별로 하나의 reply에 edit하면서 작성하면 좋겠습니다. (위의 reply 참고. 제가 수정해 놓음)
• 매주 월요일 10시에 회의에서 작성한 reply를 보면서 진행을 보고해 주시면 좋을 것 같아요. (아울러 profile 사진을 하나 올려서 avatar가 표시되게 해주세요.)
• 위의 제목 옆에 Watching, Star 클릭해 주세요.

최명기 논문발표: DAC HYP - Modeling

다음 논문을 읽고 15분 발표자료를 준비해서 월요일 미팅에서 발표했으면 좋겠습니다.

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27333593

Diao_et_al-2016-British_Journal_of_Clinical_Pharmacology.pdf

신약개발에서 R의 사용

The Role of R in Drug Discovery, Research, and Development https://rstudio.com/resources/webinars/the-role-of-r-in-drug-discovery-research-and-development/