The py3-rdkit from philopon

numpyにarrayobject.hが存在しないのでpandasがインストールできない

作成していただいたDocker imageからchainer-chemistryに関するDocker imageを作成中です。
https://github.com/yamasakih/chainer-chemistry

作成していただいたDocker imageから構築した仮想環境中でpandasをインストールしようとすると
以下のようなエラーが出てしまいます。
どうやら本来ならあるはずのnumpyのarrayobject.hなどが存在しないようです。

一度numpyをアンインストールし再インストールすると正しくarrayobject.hなどが含まれました。仕様などでなければ訂正していただけると他の方もpandasなどをインストールしやすくなると思います。

よろしくお願いします。

> $ docker run --rm -it philopon/py3-rdkit sh
/ # apk --no-cache --update-cache add gcc g++ python3-dev

その後

/ # pip3 install pandas
＜中略＞
gcc -Wno-unused-result -Wsign-compare -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -Os -fomit-frame-pointer -g -Os -fomit-frame-pointer -g -Os -fomit-frame-pointer -g -DTHREAD_STACK_SIZE=0x100000 -fPIC -Ipandas/_libs/src/klib -Ipandas/_libs/src -I/usr/lib/python3.6/site-packages/numpy/core/include -I/usr/include/python3.6m -c pandas/_libs/lib.c -o build/temp.linux-x86_64-3.6/pandas/_libs/lib.o -Wno-unused-function
    pandas/_libs/lib.c:526:31: fatal error: numpy/arrayobject.h: No such file or directory
     #include "numpy/arrayobject.h"
                                   ^
    compilation terminated.
    error: command 'gcc' failed with exit status 1

numpyを確認するとcoreディレクトリ下にincludeディレクトリが存在しない。

/ # ls /usr/lib/python3.6/site-packages/numpy/core
__init__.py                                         defchararray.py                                     lib                                                 operand_flag_tests.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so  tests
__pycache__                                         einsumfunc.py                                       machar.py                                           records.py                                          umath.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so
_dummy.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so              fromnumeric.py                                      memmap.py                                           setup.py                                            umath_tests.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so
_internal.py                                        function_base.py                                    multiarray.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so          setup_common.py
_methods.py                                         generate_numpy_api.py                               multiarray_tests.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so    shape_base.py
arrayprint.py                                       getlimits.py                                        numeric.py                                          struct_ufunc_test.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so
cversions.py                                        info.py                                             numerictypes.py                                     test_rational.cpython-36m-x86_64-linux-gnu.so

一般的なnumpy

/ # ls /usr/lib/python3.6/site-packages/numpy/core/include/numpy/
__multiarray_api.h            _numpyconfig.h                halffloat.h                   ndarraytypes.h                npy_3kcompat.h                npy_endian.h                  npy_no_deprecated_api.h       old_defines.h                 ufuncobject.h
__ufunc_api.h                 arrayobject.h                 multiarray_api.txt            noprefix.h                    npy_common.h                  npy_interrupt.h               npy_os.h                      oldnumeric.h                  utils.h
_neighborhood_iterator_imp.h  arrayscalars.h                ndarrayobject.h               npy_1_7_deprecated_api.h      npy_cpu.h                     npy_math.h                    numpyconfig.h                 ufunc_api.txt

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