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Ion MGF | RT | ... | Fragment source of ( mettre la liste des ions parent)

1. Identifier les ions MS1 et MS2 qui co-éluées (même temps de rétention, avec une fenêtre glissante de 0.005 à 0.0.15 min) et même mode d'ionisation.

2. L'ion fragment est donc la masse plus petite du couple MS1-MS2.

3. Pour diminuer les faux positif, l'ion MS1 suspecté d'être issue de la fragmentation source doit être parmi les top5 ou top10 des ions MS2 les plus abondant de l'ion parent.

Par exemple: Le spectre MS2 de l'ion p1673, m/z=611.161 et RT=4.43 min, et sa fragmentation donne l'ion 287.055 qui est le plus abondant. Sensiblement à ce même temps de rétention, nous avons l'ion Pos_651, m/z=287.055 et RT=4.43 min. Par conséquent Pos_651 est l'ion fragment source de p1673.

Souvent, il peut avoir un delta de masse entre le m/z MS2 et m/z MS1 du même ion suspecté d'être un fragment source, un delta 0.001 devrais faire l'affaire pour ces données. C'est à dire que l'ion Pos_651 de m/z=287.055 en MS1, aurait pu avoir comme masse m/z=287.056 ou encore m/z=287.054 dans le spectre MS2 de p1673.

Et pour finir, il peut avoir une cascade de fragmentation source tel est le cas de Pos_481 qui proviendrait de à la fois de Pos_699, Pos_1717, 4286, Pos_2201, Pos_694, Pos_1479, Pos_5559, et Pos_3344.