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L’index sera une page html classique présentant en anglais l’objectif de la base de données, une
introduction aux structures secondaire régulières PolyProline de type II, des exemples d’utilisation du
système et des références bibliographiques. Un menu visible sur toutes les pages permettra d’accéder
aux différentes pages: Home, Search, Analyse and About. La page about, générée dynamiquement
donnera des informations statistiques sur votre base de données (nombre d’acide aminés en structure
Polyproline disponibles, nombre de protéines, nombre de requêtes réalisées, par exemple).

Aucun bug mais pas d'image apparente.

• remove debug prints (AT THE END)
• add docstrings
• add author names (our names) ???

vous devrez prendre le temps de réaliser le dictionnaire des données et de créer le modèle conceptuel le plus optimisé possible pour faciliter les futures mises à jour et l’extraction des données à afficher.

Vous devrez permettre à l’utilisateur d’afficher les cartes de Ramachandran d’un fichier PDB particulier, et ce à partir des coordonnées Phi et Psi contenues dans le fichier PDB (à vous d’inclure ces informations dans la base de données). Pour ce faire, vous pourrez utiliser l’outil MatPlotLib en R

OperationalError: (sqlite3.OperationalError) table pdb_file has no column named keywords [SQL: u'INSERT INTO pdb_file (id, seq, keywords, name, head, deposition_date, release_date, structure_method, resolution, structure_reference, journal_reference, author, compound) VALUES (?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?, ?)'] [parameters: ('1kxy', 'KVFGRCELAAAMKRHGLNNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL', 'hydrolase, glycosidase, electrostatic interaction, helix, hen lysozyme, stability', ' analysis of the stabilization of hen lysozyme with the helix dipole and charged side chains', 'hydrolase', '1996-11-22', '1997-11-26', 'x-ray diffraction', 1.79, '[]', 'h.motoshima,s.mine,k.masumoto,y.abe,h.iwashita, y.hashimoto,y.chijiiwa,t.ueda,t.imoto analysis of the stabilization of hen lysozyme by helix macrodipole and charged side chain interaction. j.biochem.(tokyo) v. 121 1076 1997 issn 0021-924x 9354379 ', 'H.Motoshima,T.Ohmura,T.Ueda,T.Imoto', "{'1': {'chain': 'a', 'misc': '', 'molecule': 'lysozyme', 'ec_number': '3.2.1.17', 'engineered': 'yes', 'ec': '3.2.1.17', 'mutation': 'yes'}}")]

@jecarvaill : est ce que tu as bien la bonne version de la bdd ?

$ sqlite3 data.db 
> .schema pdb_file

ca te donne quoi ?

ContinueEdit the app/README.md file

Lorsqu'il y a plus d'une chaine dans le fichier pdb, il manque une partie des angles considérées.
Il y a le bon nombre d'annotations mais le nombre d'angle n'est pas le bon selon moi.

C'est genre.. urgentissime, là.

5 pages, cf consignes en fin de fichier de consignes

ou sinon utiliser un range.

Au vu de tout les cas que biopython essaie de gérer avec son parseur (http://biopython.org/wiki/The_Biopython_Structural_Bioinformatics_FAQ), j'espère que notre schéma des tables n'est pas trop simple.
Le prof avait fixé un pourcentage de fichier pour lequel l'app devait marcher, donc je mets ça là au cas o`u ce ne serait pas le cas à la fin du premier cycle de développement. ;)

sh: 1: cannot create temp/1a0j.dssp: Directory nonexistent
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'temp/1a0j.dssp'

"
Un graphe de Ramachandran sera généré pour chaque méthode en suivant le code couleur utilisé
précédemment. Pour cela, un répertoire de nom aléatoire est créé dans le repertoire tmp (en utilisant
la fonction random : ex ppii.1242342). Ce répertoire servira à stocker les données temporaires tel que
les scripts R et les graphiques png créés. Ce répertoire sera régulièrement effacé (tous les jours). Une
autre solution serait de réaliser un simple graphe (sans image à générer) en mettant en évidence les
régions sous une structuration particulière. S’agissant du graphe de Ramachandran proprement dit, il
fera correspondre à chaque acide aminé un point de couleur ou le numéro de l’acide aminé entouré
d’un cercle (plus difficile). Les Polyprolines de type II devront être particulièrement mis en valeur.
"

@jecarvaill : ça urge.

-> il faut que ta fonction prenne juste un id de pbd + une unité et qu'elle aille chercher les angle (les convertir au besoin) + les annotations

@NicolasBourassin : donc ya bien un ramap par méthode.

Suite aux formulaires, vous devrez construire une mise en page permettant l’exploitation des données, notamment la comparaison des structures secondaires prédites pour chaque logiciel.

il demandaient les champs chaine (je sais pas a quoi ils s'attendent, si qqn a une idée...). Ainsi que n PPII et % PPII

est ce qu'on laisse béton ?

• parsing de pdb

• calcul des angles phi psi

• plot matplotlib

Parmi les quatre méthodes citées précédemment, vous devrez au minimum générer les données requises pour deux d’entre-elles (réalisez toutes les méthodes si vous avez le temps). vraisemblablement, chaque outil fournit la structure secondaire détaillée en exposant notamment les hélices poliprolines (PPII) à partir du fichier PDB.

Write a full README about the database and how to use it.

Vous devrez à partir des programmes utilisés formater les données pour pouvoir les insérer dans la base de données (commande INSERT INTO...).

dans ramachandran, c'est vraiment encore nécessaire, @jecarvaill ?
oO

Votre objectif sera de construire une interface avec divers formulaires permettant d’interroger la base de données (explications détaillées ci-après).

• configuration de la bdd sur l'app [Ath]
• tables : @NicolasBourassin : pour te montrer je te fait la table pdb vu qu'elle se suffit à elle même, mais ensuite dit moi quelles tables tu veux faire ?
  • pdb
  • chain
  • angle
  • annotations