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Valise pédagogique pour la formation à R

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Parcours R - Supports pédagogiques pour la formation à R au sein du MTECT/MTE (et au-délà)

Se former à R

Ce dépôt contient les supports pédagogiques de la formation R en version Rmd. Il permet aux référents R de construire et mettre à jour les modules de formation. L’outil Github Action est utilisé pour compiler les fichiers Rmd en support au format HTML. Ces supports sont ensuite copiés sur la branche gh-pages.

Contribuer

Si vous avez déjà configuré votre compte sspcloud pour contribuer, cliquez simplement sur un lien de contribution. Sinon rendez-vous sur CONTRIBUTING.md

Modules de formations

Formations déployées

Module 1 : « Socle : Premier programme en R »

Lien vers le dépôt : parcours_r_socle_introduction

Statut : Déployé

 

Module 2 : « Socle : Préparation des données »

Lien vers le dépôt : parcours_r_socle_preparation_des_donnees

Statut : Déployé

 

Module 3 : « Statistiques descriptives »

Lien vers le dépôt : parcours_r_module_statistiques_descriptives

Statut : Déployé

 

Module 4 : « Analyse des données multi-dimensionnelles »

Lien vers le dépôt : parcours_r_module_analyse_multi_dimensionnelles

Statut : Déployé

 

Module 5 : « Datavisualisation : produire des graphiques, des cartes et des tableaux »

Lien vers le dépôt : parcours_r_module_datavisualisation

Statut : Déployé

 

Module 7 : « Analyse spatiale »

Lien vers le dépôt : parcours_r_module_analyse_spatiale

Statut : Déployé

 

Formations en construction

Module 6 : « Publications reproductibles avec RMarkdown »

Lien vers le dépôt : parcours_r_module_publication_rmarkdown

Statut : En construction

 

Module 8 : « Big data et optimisation du code »

Lien vers le dépôt : parcours_r_module_big_data

Statut : En construction

 

Module 9 : « Applications interactives avec Shiny »

Lien vers le dépôt : parcours_r_module_applications_shiny

Statut : En construction

 

Journal

26/12/2022

• Ménage de noël (suppression ancien scripts .sh…)

15/06/2022

• Ajout partie communes (présentation du parcours R)

28/11/2021

• ajout des liens de parcours de formations (sspcloud)

21/11/2021

• ajout vue d’ensemble des modules de formations (image docker et déploiement des modules)

09/12/2020

• ajout d’un repo pour chaque module de formation
• modification de la marianne

30/08/2019

• ajout d’un script pour ne compiler les modules dont les sources ont évolué
• ajout d’un répertoire front pour la page d’accueil (index.html) et les éléments associés

23/08/2019 * optimisation de la création des supports : activation des caches knitr et travis-ci

16/08/2019

• gérer la fermeture de rawgit : mise en place d’un branche gh-pages qui contient les supports HTML/PDF/ePub générés à partir des Rmd
• nettoyage de l’arborescence : suppression des fichiers de la branche master rendus inutiles

15/02/2019

• init (modules socle et à la carte : de 1 à 5)
• ajout d’une page index de présentation

parcours-r's Issues

Workflow réutilisable pour les CI

Proposition

Centraliser sur ce dépôt l'ensemble des workflows réutilisables pour l'intégration continue
https://docs.github.com/en/actions/learn-github-actions/reusing-workflows

Explications

L'idée est de créer des worflows génériques et de les centraliser sur ce dépot.
Par exemple :

• .github/workflows/deploy-bookdown.yml
• .github/workflows/test-bookdown.yml
• .github/workflows/pkgdown.yml
• .github/workflows/build-docker-image.yml

Les dépots qui abritent les modules de formations utiliseront ces worflows auront les même workflows mais pointeront sur ceux du dépôt de parcours_r.

Bénéfice

On change les workflows dans parcours_r et tous les modules (dépôts enfant) en profitent au prochain déclenchement.

Module travail collaboratif avec R

Bonjour les amis,

Du côté de l'Insee a émergé le besoin d'une formation Travail collaboratif avec R.
Un groupe s'est monté et commence à plancher sur le sujet.
Étant donné que votre travail est 👍, on se demandait si vous seriez intéressés pour qu'on crée ensemble un module sur ce sujet dans votre parcours de formation. Concrètement, ça consisterait en une contribution à votre repo.

L'orientation qu'on a prise jusqu'ici est quand même lié à l'environnement à l'Insee : RStudio (évidemment) et une instance interne de GitLab (mais il me semble que vous regardez de ce côté là également).
Sur le fond, le besoin recensé est relativement large : ça va de l'utilisation des fonctions à l'utilisation d'une forge git en passant par la conception d'un package. On pourrait même pousser jusqu'à l'IC/DC mais ça va peut être faire beaucoup.

Je mets @linogaliana @mathiasandre et @jllipatz en copie, mais il y a d'autres personnes impliquées dans le groupe dont je ne connais pas les comptes GH s'ils existent.

Contribution

Bonjour @MaelTheuliere,

J'ai repéré quelques coquilles et quelques exemples ne sont pas reproductibles.
J'aimerais donc contribué à parcours-R.

Quelles sont les règles pour contribuer ?
PR dans le sous-projet de formation associé ?

A bientôt,

Ne garder que ggplot pour les cartes

• supprimer tmap ;
• modifier la partie rond proportionnelle ;
• intégrer les parties carto ggplot du module 7.

Module big data et optimisation

Bonjour,

J'ai commencé à construire une formation sur le sujet du big data et de l'optimisation pour l'INSEE. Elle est encore à l'état de projet mais j'avais dans l'idée de proposer, entre autres, du data.table, de la parallélisation et du Rcpp.

Comme pour l'issue module travail collaboratif (#2), je me dis qu'on peut voir s'il est possible de mutualiser les forces

Parties communes : ajouter un paragraphe sur les reprex

au niveau de la presentation des canaux d'aide parler des exemples reproductible, comment les construire, pourquoi...

Intégrer les § parties communes aux supports de formations

• M1
• M2 --> Juliette fin septembre
• M3
• M4
• M5
• M7

Cf tutoriel
https://github.com/MTES-MCT/parcours-r/wiki/Ressources-r%C3%A9f%C3%A9rents-R---Maintenir-les-supports-de-formations-du-parcours

activer le cache de travis

https://github.com/RLesur/parcours-r/blob/312c0a7bb3ded4f662cbe536c880471408eaf9c6/.travis.yml#L8-L20

Mettre à jour tidyr

Mettre à jour le chapitre 7 avec les nouvelles fonctions de la v1 de tidyr.

ranger la page d'accueil dans un répertoire front

déplacer la page d'accueil et les éléments associés dans un répertoire front sur le dépôt.

Ajouter les liens vers SSPCloub sur https://mtes-mct.github.io/parcours-r/

Apparemment ça ne se gère que dans le index.html du repos ?

Fermeture de rawgit - Intégration continue

Bonjour,

Par pure curiosité et comme j'en ai un peu parlé ce soir à @MaelTheuliere , je me demandais quels étaient vos plans pour sortir de rawgit.
J'imagine que vous allez utiliser un service d'intégration continue. Si oui, lequel ? J'ai vu par exemple que certains projets de votre organisation utilisaient Travis.
J'ai utilisé Travis et GitLab CI pour quelques projets au cas où vous auriez besoin d'un coup de main. N'hésitez pas.

Ajout partie contribution

Ajouter un CONTRIBUTING.md ou bien ajouter une partie contribution dans le README.md

Proposer une démarche pour contribuer facilement sur le sspcloud

déplacer les fichiers sha.csv dans le cache chunk

Bonjour,

Les fichiers CSV sont présents dans l'arborescence publiée sous la branche "gh-pages".
Ils ne sont pas nécessaires à cet endroit et pourraient être déplacés dans un répertoire ad-hoc comme pour les caches chunk.

Avis ?

Module 1 : une partie en doublon entre 10.6 et 11.1

une partie en doublon entre 10.6 et 11.1

Lien cassé vers le rapport du CEREMA sur étalement urbain

Le bon lien a modifier dans le chapitre 8 :
https://www.cerema.fr/system/files/documents/2017/07/Rapport_final_SOeS_phase_2_v8_cle01f492.pdf

mettre le script d'installation des packages "ministère" sur github

Le script est évoqué ici : https://rawgit.com/MTES-MCT/parcours-r/master/Supports_formations/m1_socle/_book/bien-commencer.html#activer-les-packages-necessaires
Il n'y a pas de raison de le laisser sur l'intranet, il peut être public

column geometry not sf_column

dans le fichier "12-créer carte ggplot et tmap", la variable geometry du df Carte_EPCI_France n'est pas au format sf_column. Il est donc nécessaire de former la fonction aes.
à corriger si possible

Réarchitecture parcours de formation

Garder dans parcours-r uniquement la page d'accueil et éclater chaque module en autant de projets distincts

Déployer seulement en cas de succès

J'ai l'impression qu'il faudrait modifier cela

parcours-r/.travis.yml

Line 25 in c837ea1

- ./_deploy.sh

afin que le script de déploiement n'ait lieu qu'en cas de succès :

after_success:
  - ./_deploy.sh 

ajouter dans le script rendre_book_maybe la possibilité de générer HTML, ePub & PDF

Bonsoir,

Le script ne permet pas de compiler les mêmes documents sur des formats différents (HTML, ePub et HTML). Est-il possible d'ajouter cette possibilité ?