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非常好的学习网络分析的材料！

你好，我这里有一个疑问，使用permutation与bootstrap计算的是Bray-Curtis index的p值，而通过高斯分布得到的最终p值，却使用的是Bray-Curtis dist。是否在使用permutation与bootstrap时，可以计算Bray-Curtis dist（1-Bray-Curtis index）的p值，并引入后续分析。
具体如下：
bray.mean.perm <- bray.mean.perm + (1-as.matrix(bray.perm))

bray.mean.boot <- bray.mean.boot + (1-as.matrix(bray.boot))

bray.sd.boot <- bray.sd.boot+((1-as.matrix(bray.boot))- bray.mean.boot/1000)^2

谢谢~

您好，
想请问一下，在代码中的哪里用了deconvolution?

hello
I want to ask a question, where in the code is the deconvolution step performed?

Hello,

could you please tell me where I can find the file trim_otu.sintax? It is referenced in the trim. R but I see no place to generate the file or download it.

Thanks!!