高通量测序数据分析
测试环境:
- 上游分析:成都理工大学超算平台 Red Hat 4.8.5-36
- 下游分析:Debian GNU/Linux 12 (bookworm)
conda 环境搭建:
git clone https://github.com/yuanj82/NGS-analysis.git
cd NGS-analysis/environment
cp .condarc ~/
pip config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
conda env create --file rna-seq-env.yml # RNA-seq
conda env create --file atac-seq-env.yml # ATAC-seq