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Proyecto para reunir, analizar y usar bases de datos en biociencias

License: MIT License

biological-databases life-sciences

biodbs's Introduction

Hi there 👋

lmichan/lmichan is a ✨ special ✨ repository because its README.md (this file) appears on your GitHub profile.

🔭 Actualmente estoy trabajando en Bioinformación
🌱 En este momento las aplicaciones que más utilizamos para investigación son: Google, Github, Wikidata, Hypothes.is, Hypothe.is, R, Phyton y Mastodon
👯 Busco colaborar en Wikidata, Bases de datos Biológicas, Biocuración, Biontologías y humanidades Digitales
🤔 Me interesa integrar proyectos de biología, datos, literatura e historia
💬 Pregúntame sobre información biológica
💚Amo leer, hablar y escribir en Español
😄 Pronombres: She/Her Ella
⚡ Dato curioso: Me gusta tejer🧶 y me encantan las plantas 🌹

📫 Cómo contactarme: 🆔ORCID https://orcid.org/0000-0002-5798-662X

 🌍Wikimedia https://www.wikidata.org/wiki/User:Lmichan
 
 🐦Twitter https://twitter.com/Biocolores y 
y https://twitter.com/infovestigacion

 🎓Google Scholar https://scholar.google.com/citations?user=uDU1oTcAAAAJ&hl=en
 
 🗣Todos mis prerfiles https://linktr.ee/lmichan
 
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biodbs's Issues

BioDBS FAIR

Las Biobases de datos cumplen con los principios FAIR?

Cómo se define cada criterio para las bases de datos
-Qué se ha publicado sobre el tema
-Alguna fuente evalúa este criterio
-Cómo registrarlo en wikidata

Bibliografía

https://www.thehyve.nl/articles/fairify-published-observational-studies-and-databases

Estadísticas nardb

Hacer una tabla de las bases de datos en nardb con:
año
nuevas
caducas
totales
externas

Criterios de clasificación

Cuántos y cuáles criterios de clasificación se han aplicado a las bases de datos de biociencias

Biodatabases ON/OFF

Una condición importante para curar las biobases de datos es identificar si están activas o no.

¿Cuál es la mejor manera de registrar las bases de datos no activas en Wikidata?

¿Qué propiedades nos permiten definir que bases de datos nos sirven y qué elementos podemos asociar a estas?
podemos empezar con el error 404 ¿A qué propiedad corresponde?

También las podemos llamar

OFF
no vigentes
estado de la colección
no activas

Para resolver esto hemos realizado los siguientes procedimientos:
Verificación de ligas
Verificación URLs
URL on off
NAR ligas y nombres

Es necesario tener un archivo con base en esta página https://www.oxfordjournals.org/nar/database/a/ que es la base de datos en orden alfabético que contenga:

EL nombre de la base de datos NAR
La URL
El status on/off y el mensaje de error
La fecha en la que se corrió el algoritmo

Curar las bases de datos de NAR

Línea:BIObits
Proyecto: BIOdatabases
Tema:BioDBSX2
Objetivo:Reunir, clasificar, analizar, describir las fuentes de bases de datos más relevantes para Biociencias.
Preguntas:

Cuántas bases de datos hay
Qué tecnología utilizan
Sobre qué temas tratan
Qué tipo de información contienen
Cuáles son las más usadas

El proyecto Biodatabases
Nuestro objetivo reunir las bases de datos en biociencias en una plataforma colaborativa, abierta, semántica y multilingüe para que sea utilizada por los estudiantes y les permita aprender, probar, implementar y participar en investigaciones que integren el cómputo, las matemáticas y la ciencias biológicas en proyectos de bioinformática, informática de la biodiversidad y bioinformación.

Wikidata
Wikidata es la base de datos de internet, que utiliza Web semántica y que permite realizar mapas de conocimientos.

El wikiproyecto Bases de datos para Biociencias
https://www.wikidata.org/wiki/Wikidata:Bases_de_Datos_Biociencias

Material y método

Localizar todas las fuentes de datos disponibles
Realizar una tabla para estructurar la información

Variables de estudio
-Las fuentes de bases de datos en biociencias
-El propósito
-Lo que registran
-El tamaño
-La tecnología semántica
-Las licencias

Análisis y visualización

Productos

Cartel en el congreso SEH2Bioinfo Participación del LABioinformación en SEH2Bioinfo
Artículo descripción de las fuentes de bases de datos de biociencias
Artículo análisis y visualización de las fuentes de bases de datos de biociencias

Cuántas bases de datos para biociencias hay
Sobre qué tratan
Para que sirven
Qué registran
Quién las usa
Cuál es su vida media
Cómo se han comportado en el tiempo
Cuántas son cerradas
Qué licencia tienen
Qué catálogos las indexan
Cómo se clasifican
Cuál es la mejor manera de registrarlas en Wikidata y realizar mapas de conocimiento
Cuál es la forma más pertinente de evaluar su calidad
Cómo se pueden aplicar los principios FAIR a las biodatabases
Cuál es el ritmo de generación de creación y obsolescencia
Que variables se les pueden estudiar
Cómo tener un tablero con todas las estadísticas que producen en tiempo real
De qué manera se relacionan entre ellas, cómo se ligan
Cuál es el ciclo de un dato en algunas de estas bases de datos
Cómo se definen los datos
Qué tipos de metadatos utilizan

Herramientas y fuentes para bases de datos que están inactivas

Objetivos

Mmonitorear en tiempo real cuantas bases tiene cada fuente y la cantidad/proporción de bases de datos activas e inactivas

Materiales

Esta es la hoja de cálculo que realizó fernando bajando todas las url del portal de NAR de las bases de datos en orden alfabético.
Hoja de cálculo NAR categorías con todas las bases de datos de NAR que tienen categoría

I. [Check NAR databases]
(https://gist.github.com/stuppie/a78ab6fec8daa18f7087270ea86e54d2)

Este es el programa funcionando en Google Collab.

Resultados
527/1901 failed
534/1901 failed

Necesitamos generar un tablero como el de los datos de las bases de datos

Análisis bibliométrico biodatabases

Realizar un análisis bibliométrico de la literatura sobre bases de datos en biociencias

https://www.zotero.org/groups/2640329/biodbs/item-list