laboratorio-de-pedometria / febr-package Goto Github PK

# usar a versão de desenvolvimento do febr
devtools::install_github(repo = "febr-team/febr-package")
#> Skipping install of 'febr' from a github remote, the SHA1 (b62a5be8) has not changed since last install.
#>   Use `force = TRUE` to force installation
meta <- febr::metadata(dataset = 'ctb0566')
#>   |                                                                              |                                                                      |   0%
#> 
#> Downloading ctb0566-metadado...
#> Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 64 did not have 8 elements

^{Created on 2020-09-24 by the reprex package (v0.3.0)}

Adicionar suporte para descarregar dados de outras variáveis do solo via layers.
O argumento a ser alterado é soil.vars que, no momento, aceita somente soil.vars = fe, ou seja, dados de ferro. Logo no início do código fonte faz-se uma verificação do valor passado à soil.vars. Ao invés de definir as variáveis permitidas no corpo de layers, pode ser mais inteligente usar .opt.

Estou querendo ver dados de disponibilidade de água no solo. Então pensei em baixar os metados de todos datasets, filtrar os que apresentam dados de agua e depois trabalhar nos data frames. Porém, ao tentar baixar os dados, me deparei com o seguinte problema

library(febr)
meta <- metadata(dataset = 'all')

(... baixa os dados anteriores ...)

Downloading ctb0562-metadado...
  |=================================                                                           |  36%
Downloading ctb0563-metadado...
Error in utils::download.file(url = url, destfile = destfile, quiet = TRUE) : 
  cannot open URL 'https://docs.google.com/spreadsheets/d/1PP_wNRXmzUXvwHSuanSIayp92p7_VOJu9sewpjnH2ng/export?format=csv'
In addition: Warning message:
In utils::download.file(url = url, destfile = destfile, quiet = TRUE) :
  cannot open URL 'https://docs.google.com/spreadsheets/d/1PP_wNRXmzUXvwHSuanSIayp92p7_VOJu9sewpjnH2ng/export?format=csv': HTTP status was '410 Gone'

Pelo visto, o conjunto ctb0563 não está mais disponível.

Tentei ver se conseguiria colocar um trycatch em algum lugar, mas não encontrei onde fazer isso.

As quatro funções de descarregamento das tabelas dataset, observacao, camada e metadado poriam dispor de um argumento adicional dir para indicar um diretório local para salvar os dados descarregados. Os dados seriam salvos em disco, no formato CSV ou RDA, antes do processamento para padronização e harmonização, utilizando o mesmo nome da respectiva tabela no febr.

Salvar os dados em disco facilitaria o processamento dos dados do febr. Por exemplo, o processamento e publicação do superconjunto de dados do febr exige o descarregamento dos dados de todos os conjuntos de dados. Com uma cópia dos dados salva em disco, não seria necessário descarregar os dados de todos os conjuntos de dados, mas apenas daqueles em que foi feita alguma alteração na tabela remota (Google Sheets) depois de criada a cópia local em disco.

O pacote googlesheets deve possuir alguma funcionalidade para verificar a data da última alteração de uma planilha no Google Sheets. No R, informações sobre um arquivo podem ser obtidas via file.info().

Na versao febr version 1.9.5 quando mais de um data.set e chamado pela funcao readFEBR ela retorna somente os o primeiro e os demais sao apresentados como desconhecidos.

Eu estou com problemas no download dos dados pela plataforma do R.
Fiz a requisição igual ao exemplo na documentação do febr()

res <- febr(dataset = "ctb0003", merge = TRUE, variable = "all")

Downloading table ctb0003-dataset...
Error in curl::curl_fetch_memory(url, handle = handle) :
Timeout was reached: [spreadsheets.google.com] Connection timed out after 10003 milliseconds

Como faço para solucionar isso?

Hello, Is there a plan to resubmit this to CRAN? Thank you.

Usando o pacote R mais recente, encontrei esse erro ao baixar a observação do dataset_id ctb0025

# busca dados do febr

# usar a versão de desenvolvimento do febr
devtools::install_github(repo = "febr-team/febr-package")
#> Skipping install of 'febr' from a github remote, the SHA1 (b62a5be8) has not changed since last install.
#>   Use `force = TRUE` to force installation
obs <- febr::observation(dataset = 'ctb0025') 
#>   |                                                                              |                                                                      |   0%
#> 
#> Downloading ctb0025-observacao...
#> Error in `[.data.frame`(tmp, , c("coord_x", "coord_y")): undefined columns selected

^{Created on 2020-09-24 by the reprex package (v0.3.0)}

Criar diretório inst/extdata para armazenar tabelas auxiliares:

• standards.csv: códigos identificadores unitários, unidades de medida e número de casas decimais
• dictionary.csv: sinônimos para nomes/códigos das variáveis
• conversion.csv: fatores de conversão entre unidades de medida

Simultaneamente, criar tabelas equivalentes no Google Sheets para facilitar a contribuição de outras pessoas interessadas.