Comments (12)
@ursole czy możesz wrzucić na githuba listę nazw genów do analizy?
from krabmen.
Hej, wrzuciłam listę z nazwami genów - ensembl + HGNC ID. Tyle, że to było na zasadzie kopiuj/wklej. Czy można załadować cały plik na zasadzie załącznika,a nie kopiuj / wklej.... to samo w sumie w drugą stronę - jak można ściągnąć cały plik z github?
from krabmen.
I jeszcze jedno pytanie - czy mogę w waffle podpiąć jakby linka do wgranych danych - tak, żeby klikając na kotka (view it on github) od razu przejść do pliku z danego zadania?
from krabmen.
@ursole aby pobrać plik możesz wejść na stronę z plikiem, np. tą:
https://github.com/Kornel/krabmen/blob/master/results/stats-rsem-1-vs-11.csv
i kliknąć przycisk 'raw', plik powinien automatycznie się pobrać.
Podobnie w treści issue możesz wkleić link do pliku i ten plik powinien zrobić się klikalny
Przykładowo, dane które wgrałaś są dostępne pod adresem
https://github.com/Kornel/krabmen/blob/master/data/KRAB%20ZNF%20gene%20master%20list
lub (jako surowe)
https://raw.githubusercontent.com/Kornel/krabmen/master/data/KRAB%20ZNF%20gene%20master%20list?token=AEaPvviNuG3oYozwSjEumbnBee1Pcwi5ks5WxZ4awA%3D%3D
from krabmen.
cześć,
dodałam do listy jeszcze jeden gen - TRIM28. Chciałybyśmy włączyć go do analiz.
from krabmen.
Hej, zerknijcie proszę na listę https://github.com/Kornel/krabmen/blob/boxplots/results/boxplot/missing-genes.csv
Wstawiłem tam geny których dla poszczególnych nowotworów nie ma w zbiorach danych. Spójrzcie proszę czy czegoś nie pomijam.
Kornel
from krabmen.
Na teh liście z brakującymi genami jest 16 nowotworów, ale nowotworów z przynajmniej 9 tkankami normalnymi jest 30, tak? Czy to znaczy, że dla pozostałych 14 nowotworów jest komplet genów czy jeszcze ich nie analizowałeś?
from krabmen.
Na tej liście sa tylko braki. Sprawdzę jeszcze ale o ile nie mam błędu w
skryptach dla pozostałych braków nie ma.
On Fri, 19 Feb 2016 at 12:13, ursole [email protected] wrote:
Na teh liście z brakującymi genami jest 16 nowotworów, ale nowotworów z
przynajmniej 9 tkankami normalnymi jest 30, tak? Czy to znaczy, że dla
pozostałych 14 nowotworów jest komplet genów czy jeszcze ich nie
analizowałeś?—
Reply to this email directly or view it on GitHub
#7 (comment).
from krabmen.
Otworzyłem to zadanie - chciałbym je zamknąć gdy będzie wiadomo co robimy z "brakami". W missing-genes.csv są geny których nie ma w zbiorach danych z informacją w jakich danych (który nowotwór) brakuje.
Gdy nie ma dla danego nowtworu wpisów, znaczy, że nie ma braków.
from krabmen.
Czy brakujące geny to geny, których w ogóle nie ma na liście dla danego nowotworu czy też wartości RSEM = 0 we wszystkich próbach? Zakładam, że chodzi o to pierwsze... Jeśli tak, to trzeba wziąć taki gen do analizy w pozostałych nowotworach, dla których te wartości są.
from krabmen.
Tak, brakujące - nie ma ich w ogóle na liście. Na wartości tutaj nie patrzę.
from krabmen.
Czyli wszystko jasne? Jeśli tak to zamknij issue.
from krabmen.
Related Issues (18)
- Zestawienie ile tkanek nowotworowych vs zdrowe HOT 5
- Czy raw_count jest tym czym się spodziewamy? HOT 3
- Ekspresja czynników KRAB-ZNF a podtypy nowotworów HOT 46
- Ekspresja KRAB-ZNF a dane kliniczne HOT 4
- Ekspresja KRAB-ZNF a przeżywalność pacjentów HOT 6
- Ekspresja KRAB-ZNF w tkankach normalnych
- Analiza ekspresji izoform KRAB-ZNF w TCGA
- Ekspresja KRAB-ZNF a fenotyp mutatora / metylacji
- Przeniesienie skryptu remove-comment.sh do R HOT 1
- Różnicowa metylacja genów pomiędzy grupami metylacji w BRCA
- Przygotować listę nowotworów do analizy
- Przygotować dane do analizy HOT 13
- Zbiorcza tabela - liczba próbek zdrowych / chorych per nowortów HOT 6
- Statystyczne porównanie tkanek zdrowych i chorych HOT 27
- Graficzne porównanie tkanki zdrowej i chorej HOT 73
- download-tcga-mrna.R nie działa u Uli HOT 1
- Jaki test nieparametryczny do porównania istotności różnic w ekspresji między tkanką nowotworową a normalną HOT 7
Recommend Projects
-
React
A declarative, efficient, and flexible JavaScript library for building user interfaces.
-
Vue.js
🖖 Vue.js is a progressive, incrementally-adoptable JavaScript framework for building UI on the web.
-
Typescript
TypeScript is a superset of JavaScript that compiles to clean JavaScript output.
-
TensorFlow
An Open Source Machine Learning Framework for Everyone
-
Django
The Web framework for perfectionists with deadlines.
-
Laravel
A PHP framework for web artisans
-
D3
Bring data to life with SVG, Canvas and HTML. 📊📈🎉
-
Recommend Topics
-
javascript
JavaScript (JS) is a lightweight interpreted programming language with first-class functions.
-
web
Some thing interesting about web. New door for the world.
-
server
A server is a program made to process requests and deliver data to clients.
-
Machine learning
Machine learning is a way of modeling and interpreting data that allows a piece of software to respond intelligently.
-
Visualization
Some thing interesting about visualization, use data art
-
Game
Some thing interesting about game, make everyone happy.
Recommend Org
-
Facebook
We are working to build community through open source technology. NB: members must have two-factor auth.
-
Microsoft
Open source projects and samples from Microsoft.
-
Google
Google ❤️ Open Source for everyone.
-
Alibaba
Alibaba Open Source for everyone
-
D3
Data-Driven Documents codes.
-
Tencent
China tencent open source team.
from krabmen.