Przygotowanie listy genów do analizy about krabmen

[pbiecek]

@ursole czy możesz wrzucić na githuba listę nazw genów do analizy?

[ursole]

Hej, wrzuciłam listę z nazwami genów - ensembl + HGNC ID. Tyle, że to było na zasadzie kopiuj/wklej. Czy można załadować cały plik na zasadzie załącznika,a nie kopiuj / wklej.... to samo w sumie w drugą stronę - jak można ściągnąć cały plik z github?

[ursole]

I jeszcze jedno pytanie - czy mogę w waffle podpiąć jakby linka do wgranych danych - tak, żeby klikając na kotka (view it on github) od razu przejść do pliku z danego zadania?

[pbiecek]

@ursole aby pobrać plik możesz wejść na stronę z plikiem, np. tą:
https://github.com/Kornel/krabmen/blob/master/results/stats-rsem-1-vs-11.csv
i kliknąć przycisk 'raw', plik powinien automatycznie się pobrać.

Podobnie w treści issue możesz wkleić link do pliku i ten plik powinien zrobić się klikalny

Przykładowo, dane które wgrałaś są dostępne pod adresem
https://github.com/Kornel/krabmen/blob/master/data/KRAB%20ZNF%20gene%20master%20list

lub (jako surowe)
https://raw.githubusercontent.com/Kornel/krabmen/master/data/KRAB%20ZNF%20gene%20master%20list?token=AEaPvviNuG3oYozwSjEumbnBee1Pcwi5ks5WxZ4awA%3D%3D

[martagladych]

cześć,
dodałam do listy jeszcze jeden gen - TRIM28. Chciałybyśmy włączyć go do analiz.

[Kornel]

Hej, zerknijcie proszę na listę https://github.com/Kornel/krabmen/blob/boxplots/results/boxplot/missing-genes.csv

Wstawiłem tam geny których dla poszczególnych nowotworów nie ma w zbiorach danych. Spójrzcie proszę czy czegoś nie pomijam.

Kornel

[ursole]

Na teh liście z brakującymi genami jest 16 nowotworów, ale nowotworów z przynajmniej 9 tkankami normalnymi jest 30, tak? Czy to znaczy, że dla pozostałych 14 nowotworów jest komplet genów czy jeszcze ich nie analizowałeś?

[Kornel]

Na tej liście sa tylko braki. Sprawdzę jeszcze ale o ile nie mam błędu w
skryptach dla pozostałych braków nie ma.
On Fri, 19 Feb 2016 at 12:13, ursole [email protected] wrote:

Na teh liście z brakującymi genami jest 16 nowotworów, ale nowotworów z
przynajmniej 9 tkankami normalnymi jest 30, tak? Czy to znaczy, że dla
pozostałych 14 nowotworów jest komplet genów czy jeszcze ich nie
analizowałeś?

—
Reply to this email directly or view it on GitHub
#7 (comment).

[Kornel]

Otworzyłem to zadanie - chciałbym je zamknąć gdy będzie wiadomo co robimy z "brakami". W missing-genes.csv są geny których nie ma w zbiorach danych z informacją w jakich danych (który nowotwór) brakuje.

Gdy nie ma dla danego nowtworu wpisów, znaczy, że nie ma braków.

[ursole]

Czy brakujące geny to geny, których w ogóle nie ma na liście dla danego nowotworu czy też wartości RSEM = 0 we wszystkich próbach? Zakładam, że chodzi o to pierwsze... Jeśli tak, to trzeba wziąć taki gen do analizy w pozostałych nowotworach, dla których te wartości są.

[Kornel]

Tak, brakujące - nie ma ich w ogóle na liście. Na wartości tutaj nie patrzę.

[ursole]

Czyli wszystko jasne? Jeśli tak to zamknij issue.