Comments (6)
Do analizy bierzemy tylko dane o przeżywalności, ponieważ tylko to jest dostępne
- Tabelę z danymi o przeżyciu prześle Przemek
- Link do aplikacji internetowej dotyczącej przeżywalności prześle Przemek
- nowy folder na dane z tych analiz w Code: Survival - kto pierwszy ten lepszy ;)
from krabmen.
W github nie można tworzyć samych pustych katalogów, ale dodając plik
możesz w ścieżce podać w jakim mają one być podkatalogu.
Jeżeli chodzi o aplikacje:
dla mRNA
http://mi2.mini.pw.edu.pl:8080/RTCGA/KRWK/shiny/
http://mi2.mini.pw.edu.pl:8080/RTCGA/MMM/shiny/
dla metylacji
http://mi2.mini.pw.edu.pl:8080/RTCGA/JF/app/
http://mi2.mini.pw.edu.pl:8080/RTCGA/ASPP/shiny/
dla mutacji:
http://mi2.mini.pw.edu.pl:8080/RTCGA/DoBieGar/
dla poziomu białek
http://mi2.mini.pw.edu.pl:8080/RTCGA/ASMC/
Jeżeli chodzi o przeżycie,
należy wczytać dane z pakietu RTCGA.clinical
http://bioconductor.org/packages/release/data/experiment/html/RTCGA.clinical.html
Czasy przeżycia są w kolumnach
patient.daystodeath
patient.daystolastfollowup
stan żyje/nie żyje jest w kolumnie
patient.vitalstatus
czasy są dziwnie opisane, jest to liczba dni lub NA, jeżeli pacjent żyje to
daystodeath=NA a jeżeli nie żyje to daystolastfollowup=NA
(w niektórych nowotworach nazwa jest bez kropki lub słówka patient)
W dniu 22 marca 2016 17:13 użytkownik ursole [email protected]
napisał:
Do analizy bierzemy tylko dane o przeżywalności, ponieważ tylko to jest
dostępne
Tabelę z danymi o przeżyciu prześle Przemek
Link do aplikacji internetowej dotyczącej przeżywalności prześle
Przemeknowy folder na dane z tych analiz w Code: Survival - kto pierwszy ten
lepszy ;)—
You are receiving this because you are subscribed to this thread.
Reply to this email directly or view it on GitHub
#13 (comment)
pozdrawiam serdecznie,
Przemysław Biecek
from krabmen.
Mam dwa pytania w sprawie aplikacji do określania krzywej przeżycia skorelowanej z poziomem ekspresji wybranych genów (mRNA)
- czy poziom ekspresji wybranego genu jest odniesiony do tkanki zdrowej, czy przedstawia tylko różnice wśród pacjentów
- i tak dla upewnienia, czy dwie krzywe reprezentuję grupy powyżej i poniżej mediany?
from krabmen.
Ad 1, to wyniki tylko dla tkanki chorej, zdrowa nie jest brana pod uwagę
Ad 2, domyślnie tak, mediana jest punktem odcięcia
w aplikacji http://mi2.mini.pw.edu.pl:8080/RTCGA/KRWK/shiny/ można też próg odcięcia zmienić (trzecia zakładka)
from krabmen.
Też mam parę pytań:
- Rozumiem, że p wyliczane jest tylko wtedy, jeśli punktem odcięcia jest mediana - przy zmianie punktu odcięcia nowe p nie jest wyliczane, tak?
- Dlaczego w tej aplikacji jest tylko kilka nowotworów? Planujecie wrzucić też inne nowotwory?
- Jak interpretować tę skalę? Dużo wartości jest ujemnych... Co to są za dane? W jaki sposób zostały wyliczone wartości ekspresji mRNA?
- Skąd były wzięte dane RTCGA.clinical? Czy jest do nich opis kolumn? Kolumny są w miarę przejrzyste i zrozumiałe, ale lepiej mieć taki opis, żeby nic nie zakładać.
from krabmen.
Ad 1. tak, p-wartość jest tylko dla mediany,
Ad 1. powodem była ilość danych, nowotwory dla których było mało obserwacji (a przez to mało istotnych genów) nie umieszczaliśmy by oszczędzić miejsce
Ad 2. To ekspresja z CancerGenomeBrowser. Była ona tak normalizowana by po wszystkich nowotworach mediana była równa 0.
Ad 3. Tak, to dane z RTCGA.clinical. Nie korzystaliśmy ze słownika, ale teraz znalazłem takie coś:
https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/tcgaDataType.jsp
jest link do 'Clinical Data Elements (CDE) Browser.'
Rozszerzyć te aplikacje to ja bym chciał (o dane lub funkcjonalności), ale były wykonywane przez studentów w ramach warsztatów badawczych, więc strategia jest taka by zobaczyć z czego ludzie korzystają i czego im bracukuje i dopiero za jakiś czas zrobić drugą iteracje i zbudować od początku już aplikację z dodatkowymi funkcjonalnościami
from krabmen.
Related Issues (18)
- Zestawienie ile tkanek nowotworowych vs zdrowe HOT 5
- Przygotować listę nowotworów do analizy
- Przygotować dane do analizy HOT 13
- Zbiorcza tabela - liczba próbek zdrowych / chorych per nowortów HOT 6
- Statystyczne porównanie tkanek zdrowych i chorych HOT 27
- Graficzne porównanie tkanki zdrowej i chorej HOT 73
- Przygotowanie listy genów do analizy HOT 12
- download-tcga-mrna.R nie działa u Uli HOT 1
- Jaki test nieparametryczny do porównania istotności różnic w ekspresji między tkanką nowotworową a normalną HOT 7
- Czy raw_count jest tym czym się spodziewamy? HOT 3
- Ekspresja czynników KRAB-ZNF a podtypy nowotworów HOT 46
- Ekspresja KRAB-ZNF a dane kliniczne HOT 4
- Ekspresja KRAB-ZNF w tkankach normalnych
- Analiza ekspresji izoform KRAB-ZNF w TCGA
- Ekspresja KRAB-ZNF a fenotyp mutatora / metylacji
- Przeniesienie skryptu remove-comment.sh do R HOT 1
- Różnicowa metylacja genów pomiędzy grupami metylacji w BRCA
Recommend Projects
-
React
A declarative, efficient, and flexible JavaScript library for building user interfaces.
-
Vue.js
🖖 Vue.js is a progressive, incrementally-adoptable JavaScript framework for building UI on the web.
-
Typescript
TypeScript is a superset of JavaScript that compiles to clean JavaScript output.
-
TensorFlow
An Open Source Machine Learning Framework for Everyone
-
Django
The Web framework for perfectionists with deadlines.
-
Laravel
A PHP framework for web artisans
-
D3
Bring data to life with SVG, Canvas and HTML. 📊📈🎉
-
Recommend Topics
-
javascript
JavaScript (JS) is a lightweight interpreted programming language with first-class functions.
-
web
Some thing interesting about web. New door for the world.
-
server
A server is a program made to process requests and deliver data to clients.
-
Machine learning
Machine learning is a way of modeling and interpreting data that allows a piece of software to respond intelligently.
-
Visualization
Some thing interesting about visualization, use data art
-
Game
Some thing interesting about game, make everyone happy.
Recommend Org
-
Facebook
We are working to build community through open source technology. NB: members must have two-factor auth.
-
Microsoft
Open source projects and samples from Microsoft.
-
Google
Google ❤️ Open Source for everyone.
-
Alibaba
Alibaba Open Source for everyone
-
D3
Data-Driven Documents codes.
-
Tencent
China tencent open source team.
from krabmen.