Ekspresja KRAB-ZNF a przeżywalność pacjentów about krabmen

[ursole]

Do analizy bierzemy tylko dane o przeżywalności, ponieważ tylko to jest dostępne

• Tabelę z danymi o przeżyciu prześle Przemek
• Link do aplikacji internetowej dotyczącej przeżywalności prześle Przemek
• nowy folder na dane z tych analiz w Code: Survival - kto pierwszy ten lepszy ;)

[pbiecek]

W github nie można tworzyć samych pustych katalogów, ale dodając plik
możesz w ścieżce podać w jakim mają one być podkatalogu.

Jeżeli chodzi o aplikacje:
dla mRNA
http://mi2.mini.pw.edu.pl:8080/RTCGA/KRWK/shiny/
http://mi2.mini.pw.edu.pl:8080/RTCGA/MMM/shiny/

dla metylacji
http://mi2.mini.pw.edu.pl:8080/RTCGA/JF/app/
http://mi2.mini.pw.edu.pl:8080/RTCGA/ASPP/shiny/

dla mutacji:
http://mi2.mini.pw.edu.pl:8080/RTCGA/DoBieGar/

dla poziomu białek
http://mi2.mini.pw.edu.pl:8080/RTCGA/ASMC/

Jeżeli chodzi o przeżycie,
należy wczytać dane z pakietu RTCGA.clinical
http://bioconductor.org/packages/release/data/experiment/html/RTCGA.clinical.html

Czasy przeżycia są w kolumnach
patient.daystodeath
patient.daystolastfollowup

stan żyje/nie żyje jest w kolumnie
patient.vitalstatus

czasy są dziwnie opisane, jest to liczba dni lub NA, jeżeli pacjent żyje to
daystodeath=NA a jeżeli nie żyje to daystolastfollowup=NA
(w niektórych nowotworach nazwa jest bez kropki lub słówka patient)

W dniu 22 marca 2016 17:13 użytkownik ursole [email protected]
napisał:

Do analizy bierzemy tylko dane o przeżywalności, ponieważ tylko to jest
dostępne

Tabelę z danymi o przeżyciu prześle Przemek

Link do aplikacji internetowej dotyczącej przeżywalności prześle
Przemek

nowy folder na dane z tych analiz w Code: Survival - kto pierwszy ten
lepszy ;)

—
You are receiving this because you are subscribed to this thread.
Reply to this email directly or view it on GitHub
#13 (comment)

pozdrawiam serdecznie,
Przemysław Biecek

[martagladych]

Mam dwa pytania w sprawie aplikacji do określania krzywej przeżycia skorelowanej z poziomem ekspresji wybranych genów (mRNA)

1. czy poziom ekspresji wybranego genu jest odniesiony do tkanki zdrowej, czy przedstawia tylko różnice wśród pacjentów
2. i tak dla upewnienia, czy dwie krzywe reprezentuję grupy powyżej i poniżej mediany?

[pbiecek]

Ad 1, to wyniki tylko dla tkanki chorej, zdrowa nie jest brana pod uwagę
Ad 2, domyślnie tak, mediana jest punktem odcięcia
w aplikacji http://mi2.mini.pw.edu.pl:8080/RTCGA/KRWK/shiny/ można też próg odcięcia zmienić (trzecia zakładka)

[ursole]

Też mam parę pytań:

1. Rozumiem, że p wyliczane jest tylko wtedy, jeśli punktem odcięcia jest mediana - przy zmianie punktu odcięcia nowe p nie jest wyliczane, tak?
2. Dlaczego w tej aplikacji jest tylko kilka nowotworów? Planujecie wrzucić też inne nowotwory?
3. Jak interpretować tę skalę? Dużo wartości jest ujemnych... Co to są za dane? W jaki sposób zostały wyliczone wartości ekspresji mRNA?
4. Skąd były wzięte dane RTCGA.clinical? Czy jest do nich opis kolumn? Kolumny są w miarę przejrzyste i zrozumiałe, ale lepiej mieć taki opis, żeby nic nie zakładać.

[pbiecek]

Ad 1. tak, p-wartość jest tylko dla mediany,
Ad 1. powodem była ilość danych, nowotwory dla których było mało obserwacji (a przez to mało istotnych genów) nie umieszczaliśmy by oszczędzić miejsce
Ad 2. To ekspresja z CancerGenomeBrowser. Była ona tak normalizowana by po wszystkich nowotworach mediana była równa 0.
Ad 3. Tak, to dane z RTCGA.clinical. Nie korzystaliśmy ze słownika, ale teraz znalazłem takie coś:
https://tcga-data.nci.nih.gov/tcga/tcgaDataType.jsp
jest link do 'Clinical Data Elements (CDE) Browser.'

Rozszerzyć te aplikacje to ja bym chciał (o dane lub funkcjonalności), ale były wykonywane przez studentów w ramach warsztatów badawczych, więc strategia jest taka by zobaczyć z czego ludzie korzystają i czego im bracukuje i dopiero za jakiś czas zrobić drugą iteracje i zbudować od początku już aplikację z dodatkowymi funkcjonalnościami