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「機械学習による分子最適化」のサポートページ

「機械学習による分子最適化」サポートページ

「機械学習による分子最適化」の著者によるサポートページです．

リスト番号とファイルの対応関係

「機械学習による分子最適化」で実装したコードを下表にまとめた．

リスト番号	ファイル名
リスト2.1	2/smiles.py
リスト2.2	2/test_selfies.py
リスト2.4	2/logp.py
リスト2.5	2/fingerprint.py
リスト2.7	2/tanimoto.py
リスト3.1	3/pred_func.py
リスト3.3	3/fnn.py
リスト3.4	3/backprop.py
リスト3.6	3/sgd.py
リスト3.7	3/metrics.py
リスト3.9	3/dropout.py
リスト3.11	3/deepchem_dataload.py
リスト3.13	3/deepchem_main.py
リスト4.2	4,5,6,7/smiles_vocab.py
リスト4.3	4,5,6,7/test_smiles_vocab.py
リスト4.5	4,5,6,7/smiles_lstm.py
リスト4.6	4,5,6,7/smiles_lstm_main.py
リスト5.1	4,5,6,7/smiles_vae.py
リスト5.2	4,5,6,7/smiles_vae_main.py
リスト6.1	4,5,6,7/metrics.py
リスト6.2	4,5,6,7/smiles_vae_bo_main.py
リスト7.1	4,5,6,7/smiles_lstm_reinforce.py
リスト7.2	4,5,6,7/smiles_lstm_reinforce_main.py

正誤表

「機械学習による分子最適化」の正誤表はこちらを参照してください．

著者への質問・正誤の確認

GitHub の Issues よりお問い合わせいただけると助かります．難しい場合はメールにてお問い合わせください．

ml4chem's Issues

plogpの計算について

smiles_lstm_reinforce_main.pyについて
from metrics import plogp とありますが、metrics.pyにplogpは定義されていないように見受けられます。
どのようにコードを修正すればよいでしょうか？
よろしくお願いいたします。