jenkinshrg / drcutil Goto Github PK
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This project forked from fkanehiro/drcutil
@jun0 さん、
https://github.com/jenkinshrg/drcutil/blob/jenkins/install.sh#L41-L43
でteeを使ってcmakeやmakeのログを残すようにしていますが、こうするとcmakeやmakeがエラーを起こしてもtrapに引っかからずに処理が継続してしまうようです。
両立させる方法はないでしょうか。
This issue occurs when both drcutil and mc_rtc installation scripts are used.
For sch-core
and state-observation
, the each installation script will clone the same repository source in a different directory. This should be avoided, as it can easily lead to version inconsistencies (e.g., only sch-core installed with mc_rtc is updated, while sch-core installed with drcutil remains out of date).
The sch-core
and state-observation
are described in the dependencies of both scripts as follows.
Installation script of drcutil:
Line 21 in 5bb3931
I proceeded installation according to README.md in drcutil for newly installed Ubuntu18.04, and
install.sh failed to build openhrp3 with following error:
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_strscal' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_sgemaxnrm' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_sscal' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_ssqtrans' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_zsqtrans' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_sgeset' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_sGetNB' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_sgemoveT' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_cGetNB' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_ctrscal' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_zgeru' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_cgemoveT' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_cgemaxnrm' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_zcplxdivide' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_zgemaxnrm' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_dscal' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_xerbla' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_cgezero' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_dgezero' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_dGetNB' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_dgemaxnrm' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_cgeset' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_zgezero' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_dgeset' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_csqtrans' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_zscal' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_ccplxdivide' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_ccplxinvert' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_dger' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_zcplxinvert' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_cgeru' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_zGetNB' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_sgescal' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_dtrscal' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_dgescal' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_cscal' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_ztrscal' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_zgeset' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_sger' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_sgezero' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_dsqtrans' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_dgemoveT' に対する定義されていない参照です
/usr/lib/gcc/x86_64-linux-gnu/7/../../../x86_64-linux-gnu/liblapack.so: `ATL_zgemoveT' に対する定義されていない参照です
collect2: error: ld returned 1 exit status
server/CollisionDetector/CMakeFiles/openhrp-collision-detector.dir/build.make:157: recipe for target 'bin/openhrp-collision-detector' failed
make[2]: *** [bin/openhrp-collision-detector] Error 1
CMakeFiles/Makefile2:920: recipe for target 'server/CollisionDetector/CMakeFiles/openhrp-collision-detector.dir/all' failed
make[1]: *** [server/CollisionDetector/CMakeFiles/openhrp-collision-detector.dir/all] Error 2
make[1]: *** 未完了のジョブを待っています....
This seems to be caused by the mismatch of the version in liblapack.so, but nobody except me in our lab suffers from this problem.
I could avoid this problem by using liblapack.so from liblapack-dev instead of libatlas-dev.
$ sudo update-alternatives --config liblapack.so-x86_64-linux-gnu
alternative liblapack.so-x86_64-linux-gnu (/usr/lib/x86_64-linux-gnu/liblapack.so を提供) には 2 個の選択肢があります。
選択肢 パス 優先度 状態
------------------------------------------------------------
* 0 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/atlas/liblapack.so 35 自動モード
1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/atlas/liblapack.so 35 手動モード
2 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so 20 手動モード
現在の選択 [*] を保持するには <Enter>、さもなければ選択肢の番号のキーを押してください: 2
update-alternatives: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/liblapack.so (liblapack.so-x86_64-linux-gnu) を提供するためにマニュアルモードで /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so を使います
$ uname -a
Linux 5.4.0-67-generic #75~18.04.1-Ubuntu SMP Tue Feb 23 19:17:50 UTC 2021 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
$ ls -lha /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so
lrwxrwxrwx 1 root root 18 11月 29 2017 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so -> liblapack.so.3.7.1
$ ls -lha /usr/lib/x86_64-linux-gnu/atlas/liblapack.so
lrwxrwxrwx 1 root root 19 9月 14 2017 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/atlas/liblapack.so -> liblapack.so.3.10.3
$ apt show libatlas-base-dev
Package: libatlas-base-dev
Version: 3.10.3-5
Built-Using: lapack (= 3.7.1-3ubuntu2)
Priority: optional
Section: universe/devel
Source: atlas
Origin: Ubuntu
Maintainer: Ubuntu Developers <[email protected]>
Original-Maintainer: Debian Science Team <[email protected]>
Bugs: https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+filebug
Installed-Size: 31.5 MB
Provides: libblas.so, liblapack.so
Depends: libatlas3-base (= 3.10.3-5)
Suggests: libatlas-doc, liblapack-doc
Conflicts: libcblas-dev
Breaks: libatlas-dev (<< 3.10.3-2), libblas-dev (<< 3.7.1-2~), liblapack-dev (<< 3.7.1-2~), libopenblas-dev (<< 0.2.20+ds-3~)
Replaces: libatlas-dev (<< 3.10.3-2), libcblas-dev
Homepage: http://math-atlas.sourceforge.net/
Supported: 3y
Download-Size: 4,022 kB
APT-Manual-Installed: yes
APT-Sources: http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic/universe amd64 Packages
Description: Automatically Tuned Linear Algebra Software, generic static
ATLAS は、数値ソフトウェアの自動生成および最適化に向けたアプローチです。 現在のところ ATLAS は、Basic Linear
Algebra Subroutines (BLAS) として知 られている線形代数カーネルの完全セットと、LAPACK ライブラリの線形代数ルー
チンのサブセットの最適化版を提供します。
.
This package includes the headers, the static libraries and symbolic links
needed for program development.
$ apt show liblapack-dev
Package: liblapack-dev
Version: 3.7.1-4ubuntu1
Priority: optional
Section: devel
Source: lapack
Origin: Ubuntu
Maintainer: Ubuntu Developers <[email protected]>
Original-Maintainer: Debian Science Team <[email protected]>
Bugs: https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+filebug
Installed-Size: 12.0 MB
Provides: liblapack.so
Depends: liblapack3 (= 3.7.1-4ubuntu1), libblas-dev | libblas.so
Suggests: liblapack-doc
Breaks: libatlas-base-dev (<< 3.10.3-4~), libopenblas-dev (<< 0.2.20+ds-3~)
Homepage: http://www.netlib.org/lapack/
Supported: 5y
Download-Size: 2,140 kB
APT-Manual-Installed: yes
APT-Sources: http://jp.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic/main amd64 Packages
Description: 線形代数ルーチンライブラリ 3 - 静的ライブラリ版
LAPACK バージョン 3.X は線形代数演算を行う総合的な FORTRAN ライブラリで、
この演算には逆行列計算、線形方程式の集合に対する最小二乗解、固有ベクトルの
解析や特異値分解などが含まれます。これは非常に総合的で高い評価を受けている パッケージで、科学技術分野で広く利用されています。
.
This package contains a static version of the library.
I am trying to run the script "./update.sh" but encountered the following errors (choreonoid.log):
[ 1%] Built target pugixml
[ 2%] Built target cnoid-nameserver
[ 2%] Built target CnoidCorba
[ 3%] Built target CnoidOpenRTM
[ 3%] Built target symlink_to_model
[ 4%] Built target CnoidPyUtil
[ 14%] Built target CnoidUtil
[ 14%] Built target PyQtCore
[ 14%] Built target PyQtGui
[ 14%] Built target PyCorba
[ 14%] Built target doc
[ 15%] Building CXX object ext/openhrp-plugin/CMakeFiles/CnoidOpenHRP3.1.dir/OpenHRPControllerBase.cpp.o
:0:1: error: macro names must be identifiers
[ 20%] Built target CnoidAISTCollisionDetector
[ 20%] Built target CnoidAssimpSceneLoader
[ 20%] Building CXX object ext/openhrp-plugin/CMakeFiles/CnoidOpenHRP3.1.dir/corba/OpenHRP/3.1/OpenHRPCommonSk.cpp.o
:0:1: error: macro names must be identifiers
/home/yili/src/choreonoid/ext/openhrp-plugin/OpenHRPControllerBase.cpp:137:18: error: #elif with no expression
#elif OPENHRP_3_1
^
ext/openhrp-plugin/CMakeFiles/CnoidOpenHRP3.1.dir/build.make:345: recipe for target 'ext/openhrp-plugin/CMakeFiles/CnoidOpenHRP3.1.dir/corba/OpenHRP/3.1/OpenHRPCommonSk.cpp.o' failed
make[2]: *** [ext/openhrp-plugin/CMakeFiles/CnoidOpenHRP3.1.dir/corba/OpenHRP/3.1/OpenHRPCommonSk.cpp.o] Error 1
make[2]: *** Waiting for unfinished jobs....
[ 30%] Built target CnoidBody
ext/openhrp-plugin/CMakeFiles/CnoidOpenHRP3.1.dir/build.make:332: recipe for target 'ext/openhrp-plugin/CMakeFiles/CnoidOpenHRP3.1.dir/OpenHRPControllerBase.cpp.o' failed
make[2]: *** [ext/openhrp-plugin/CMakeFiles/CnoidOpenHRP3.1.dir/OpenHRPControllerBase.cpp.o] Error 1
CMakeFiles/Makefile2:4900: recipe for target 'ext/openhrp-plugin/CMakeFiles/CnoidOpenHRP3.1.dir/all' failed
make[1]: *** [ext/openhrp-plugin/CMakeFiles/CnoidOpenHRP3.1.dir/all] Error 2
make[1]: *** Waiting for unfinished jobs....
[ 55%] Built target CnoidBase
Makefile:129: recipe for target 'all' failed
make: *** [all] Error 2
FYI: @mitsuharu-morisawa
@mehdi-benallegue
CMAKE_CXX_FLAGS defined in cmake_install_with_option() is ignored when install_choreonoid() is called.
Because CMAKE_CXX_FLAGS is also defined in install_choreonoid() and given to cmake twice.
Can you can this so that CMAKE_CXX_FLAGS is defined only in cmake_install_with_option()?
https://github.com/jenkinshrg/drcutil/blob/jenkins/install.sh#L185
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