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Computational Genomics with R のサンプル集です

computational-genomics-with-jupyterlab-r

Computational Genomics with R を Jupyter Notebook (WebIDE として JupyterLab を使用) で記述したサンプル集です。

🏗 MyBinder を利用した JupyterLab (WebIDE)の起動

以下の URL にアクセスしてください。
https://mybinder.org/v2/gh/Imamachi-n/computational-genomics-with-jupyterlab-r/main?filepath=notebook%2F9_ChIP-seq_analysis_5_QC.ipynb

ローカルで環境構築することなく、Web ブラウザ上で JupyterLab を起動することができます。
（外部のデータベースにアクセス & データをキャッシュする処理を実行している箇所は、MyBinder ではエラーとなるので注意 🚧）

🛠 環境構築（ローカル実行する場合）

1. anaconda をインストールする。

2. 以下のコマンドを実行（参考）。

   conda install -c conda-forge jupyterlab

3. IRkernel をインストールする。

   R

   # 1/3) Installing via CRAN
   install.packages('IRkernel')
   
   # 2/3) Making the kernel available to Jupyter
   IRkernel::installspec()

   # 3/3) Make useful shortcuts available
   jupyter labextension install @techrah/text-shortcuts

4. JupyterLab を起動する。

   jupyter-lab

9.ChIP-seq 解析のセットアップ

こちらからセットアップ方法を確認。