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Créer un package sur R présente plusieurs avantages :
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Accessibilité des fonctions : Les utilisateurs peuvent facilement accéder aux fonctions que vous avez développées en chargeant simplement le package.
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Facilité de chargement : Ne plus avoir à utiliser la fonction
source()pour charger des fonctions individuelles, simplifiant ainsi le processus. -
Documentation : La possibilité d'ajouter une documentation complète pour les fonctions et les paramètres, facilitant ainsi leur utilisation et leur compréhension.
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Partage facile : Permet de partager facilement votre travail avec des collègues ou la communauté R, favorisant ainsi la collaboration et la reproductibilité.
Avant de commencer à créer un package, assurez-vous d'avoir installé les packages suivants, qui sont indispensables pour le processus :
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devtools : Pour faciliter le développement et le déploiement de packages R.
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roxygen2 : Pour générer automatiquement la documentation à partir des commentaires dans le code source.
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usethis : Pour automatiser plusieurs tâches liées au développement de packages, telles que la création de fichiers et la gestion des dépendances.
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D'autre packages existent, à vous de les découvrir !
Le dossier MonPremierPackage a été créé à partir du code présenté ci-dessous et dans le fichier script.R. Il s'agit d'un court exemple de ce que l'on peut faire avec les différentes libraries disponibles.
L'initialisation d'un package sur R est une étape cruciale pour commencer un projet de développement. Pour ce faire, on peut utiliser une série de fonctions facilitant la création et la configuration de la structure du package.
Tout d'abord, on peut utiliser la fonction usethis::create_package() pour créer un dossier dédié au package. Ce dossier comprendra un sous-dossier "R" contenant les fichiers de code, ainsi qu'un fichier "DESCRIPTION" contenant les métadonnées importantes du package.
Ensuite, pour une gestion de version efficace et une collaboration simplifiée, on peut initialiser un dépôt GitHub en utilisant la fonction usethis::use_git(). Cela permettra de versionner le code et de le partager facilement avec d'autres personnes.
Pour assurer une clarté et une accessibilité maximales pour les utilisateurs du package, on peut générer un fichier README prérempli en utilisant la fonction usethis::use_readme_md(). Ce fichier README servira de point d'entrée pour les utilisateurs, leur fournissant des informations importantes sur l'installation, l'utilisation et les fonctionnalités du package.
Enfin, pour définir la licence de votre package, on peut utiliser la fonction usethis::use_..._license(). Cela garantira une utilisation appropriée du code par d'autres utilisateurs.
En utilisant ces fonctions d'initialisation, on peut rapidement mettre en place la structure du package R et commencer le développement en toute confiance.
Dans cette partie, nous allons commencer à créer notre package en développant des fonctions.
Créons une fonction simple permettant de réaliser le produit entre deux nombres.
On va créer un fichier produit.R avec le package usethis qui va contenir la fonction suivante :
usethis::use_r("produit.R") # Pour créer le fichier produit.R
Dans ce fichier on écris la fonction suivante :
produit <- function(a, b) {
return(a * b)
}
En tant normal si l'on veut utiliser une fonction présente dans un autre fichier R on peut utiliser la fonction source("nom_du_fichier.R"), qui va tout simplement executer le code R présent dans le fichier. Le code et tout ce qu'il contient (objets, fonctions...) se retrouve finalement dans l'environnement globale ou chargée (pour les packages).
Cette méthode, bien qu'utile dans certains cas, ne possède pas les avantages d'un package comme la documentation.
D'ailleurs en parlant de documentation, comment la renseigne t-on ?
Pour documenter une fonction, on peut utiliser la syntaxe Roxygen2 dans le code source de la fonction. Voici un exemple de documentation pour la fonction produit() :
#' Calculer le produit de deux nombres
#'
#' Cette fonction prend deux nombres en entrée et retourne leur produit.
#'
#' @param a Le premier nombre à multiplier
#' @param b Le deuxième nombre à multiplier
#'
#' @return Le produit de \code{a} et \code{b}
#'
#' @examples
#' produit(2, 3) # Renvoie 6
#' produit(5, -4) # Renvoie -20
#'
#' @export
produit <- function(a, b) {
return(a * b)
}
Dans cette documentation Roxygen2 :
La première ligne est une sorte de titre pour la fonction. La deuxième correspond à la description de la fonction.
#'est utilisé pour indiquer le début d'un commentaire de documentation Roxygen2.- Les lignes qui commencent par
#' @sont des balises Roxygen2 qui définissent différents aspects de la documentation. \code{}est utilisé pour indiquer du texte en code dans la documentation.@paramest utilisé pour décrire les paramètres de la fonction.@returnest utilisé pour décrire la valeur renvoyée par la fonction.@examplesest utilisé pour fournir des exemples d'utilisation de la fonction.@exportindique que la fonction doit être exportée pour être accessible à partir du package.- Il en existe bien d'autres !
Une fois la documentation bien renseigné, il suffit d'executer la fonction roxygen2::roxygenise() ou la fonction devtools::document() qui est un wrapper de la fonction issue de roxygen2.
Ces fonctions analysent les commentaires de documentation Roxygen2 présents dans votre code source, situé dans le dossier R, et génèrent automatiquement les fichiers de documentation au format Rd (R documentation) dans un dossier man.
Avant de rédiger des tests, on peut utiliser les fonctions du package sans les importer dans l'environnement global à l'aide de la fonction devtools::load_all().
On peut tester nos fonctions à l'aide du package testthat qui est très bien construit et documenté !
Voici un exemple ici sur la fonction produit :
testthat::test_that(desc = "multiplication fonctionne",
code = {
A = 2
B = 5
testthat::expect_equal(produit(A, B), 10)
}
)
Une fois que l'on a fini d'écrire le test, on peut vérifier qu'il fonctionne bien en le testant !
Pour ce faire, la fonction devtools::test() exécute tous les tests situés dans le dossier tests/testthat. Toute modification apportée au code doit être suivie de l'exécution de devtools::test() pour s'assurer que l'on ne casse pas les fonctionnalités existantes.
Il existe plusieurs façon d'intégrer des bases de données à un package R mais la plus communément utilisé est la suivante :
Avoir un fichier R dans un dossier data-raw qui contient le code permettant de créer / obtenir / nettoyer la base finale. Par exemple :
nom_voiture <- mtcars |> rownames() |> dplyr::as_tibble() |> dplyr::rename(nom = value)
usethis::use_data(nom_voiture)
La fonction use_data permet de créer un dossier data et de stocker la base data_nom_voiture dans un fichier .rda portant le même nom.
On peut penser que l'on en a fini avec cette base de données mais on peut (et il est aussi recommandé) de la documenter afin d'améliorer l'expérience des utilisateurs. Le tout en utilisant le même principe qu'avec une fonction R.
Dans le dossier R, on a un fichier data.R qui contient :
#' Noms des voitures
#'
#' Ce jeu de données contient les noms des voitures à partir du jeu de données mtcars.
#'
#' @format Un data frame avec une seule colonne :
#' \describe{
#' \item{nom}{Le nom de la voiture.}
#' }
#' @source mtcars dataset
#'
#' @examples
#' head(data_nom_voiture)
#'
#' @keywords datasets
"data_nom_voiture"
Une fois la documentation renseignée, on peut à nouveau et de la même manière qu'avec un script de fonction, executer la fonction devtools::document() afin de mettre à jour la documentation du package.
La section "DESCRIPTION" dans un package R est cruciale car elle fournit des informations essentielles sur le package, telles que son nom, sa version, son auteur et sa licence. Le fichier DESCRIPTION est l'endroit où ces informations sont stockées. En utilisant des fonctions telles que usethis::edit_file("DESCRIPTION"), vous pouvez facilement créer ou modifier ce fichier. Il est également recommandé d'utiliser des fonctions telles que usethis::use_package() pour ajouter des dépendances et usethis::use_author() pour spécifier les informations sur l'auteur. En résumé, le fichier DESCRIPTION et les fonctions associées sont essentiels pour maintenir la structure et la qualité du package.
usethis::edit_file("DESCRIPTION") # Pour créer ou modifier le fichier DESCRIPTION
usethis::use_package("dplyr", type = "Imports") # Pour ajouter des dépendances
usethis::use_author(
given = "Prénom",
family = "Nom",
role = c("aut", "cre"),
email = "[email protected]"
)
Après avoir effectué des vérifications avec devtools::check() et confirmé l'absence de warnings ou d'erreurs, l'utilisation de devtools::build() est nécessaire pour construire et exporter le package dans un fichier tar.gz. De plus, il existe d'autre option pour le déploiement du package. On peut en effet les déployer sur le CRAN, ou sur Github.
Il existe plusieurs méthodes pour importer un package. Tout d'abord, on peut l'installer à partir d'un fichier tar.gz ou directement depuis le CRAN en utilisant la fonction install.package('nom_du_package', ...). Alternativement, on peut l'installer à partir de GitHub en utilisant la fonction devtools::install_github("nomdurepos"). Ces options offrent une flexibilité dans l'installation des packages, permettant à chacun de choisir la méthode qui lui convient le mieux en fonction de ses besoins et de ses préférences.
Pour l'utiliser ensuite, on peut soit l'importer avec library('nomdupackage') ou en ne chargeant pas le package en entier, mais en utilisant une fonction spécifique avec package::fonction().
Après avoir ajouté de nouvelles fonctionnalités, il est essentiel de tester le package en utilisant devtools::load_all() et devtools::check(). Ensuite, on peut ajouter une documentation détaillée avec devtools::document() pour guider les utilisateurs sur l'utilisation du package. Pour mettre à jour le package, on peut aussi actualiser le dépôt GitHub ou reconstruire le package avec devtools::build(). On peut également utiliser usethis pour créer des notes de version et effectuer des mises à jour mineures ou majeures. Les possibilités de création, personnalisation, modification, test et maintenance d'un package sur R sont pratiquement infinies. Cet aperçu a résumé les fonctionnalités essentielles pour bien démarrer, mais je vous recommande de consulter la documentation officielle pour plus de détails.
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