Alunos:
- Emanoel Martins
- Gabriel Gesteira
- Jackeline Borba
- Pedro Barbosa
Um mapa de população F2 proveniente do cruzamento entre Mimulus guttatus e Mimulus nasutus foi construído por Fishman et al. e publicado na revista Genetics em 2001. Sabendo que mais locos foram genotipados após a construção deste mapa, o objetivo do nosso trabalho foi refazer o mapa para incluir as informações dos novos marcadores. Para isso utilizou-se o conjunto de dados completo, contendo os marcadores antigos e os novos, e considerando as informações já disponíveis no artigo. Os novos marcadores são mais informativos que os antigos, apresentando especialmente a segregação 1:2:1 (codominantes), o que auxilia na construção de um mapa mais preciso pela abordagem multiponto. Para construir o mapa final utilizou-se o software Onemap, sendo necessárias três etapas durante a construção que estão sintetizadas abaixo, juntamente com os respectivos códigos e funções.
Os grupos de ligação foram formados considerando todos os marcadores e o LOD sugerido, mantendo a frequência de recombinação 0,5. Seguindo esses critérios foram obtidos 10 grupos de ligação. Contudo, houve necessidade de manipular os grupos de ligação para coerência com as informações prévias divulgadas no artigo.
Clique aqui para visualizar o script e os resultados obtidos com a análise.
Ao visualizar os heatmaps podemos notar que os grupos 1, 3 e 4 apresentaram evidências de que deveriam ser separados em outros grupos, independentes. Os grupos 1 e 3 foram subdivididos em grupos menores, cada um originando 3 grupos. Para separar o grupo 1 utilizou-se LOD=6 e rf=0.25. Para separar o grupo 3 utilizou-se LOD=5.45 e rf=0.2. Entretanto, não foi possível separar o grupo 4, mesmo reduzindo consideravelmente a frequência de recombinação. Para este grupo em particular optou-se por remover os marcadores que apresentaram distorções, como pode ser visto através do heatmap. Dessa forma, obtivemos um total de 14 mapas, semelhante ao que foi obtido por Fishman et al. (2011). Após a divisão destes grupos, eles foram reorganizados para que cada um deles estivesse de acordo com a sequência definida por Fishman, ou seja, G1novo=G1artigo, G2novo=G2artigo, e assim por diante. Então, verificamos se os marcadores presentes em cada grupo formado estavam no mesmo grupo apresentado no artigo, manipulando um a um quando necessário.
Clique aqui para visualizar o script e os resultados obtidos com a análise.
Após eliminar todos os marcadores incoerentes, gerou-se o mapa final no Onemap (com o auxílio do software Mapchart). Os marcadores que estão em vermelho correspondem aos marcadores presentes tanto no mapa anterior quanto no mapa novo, e os marcadores que estão sublinhados são os codominantes.
Clique aqui para visualizar o script e os resultados obtidos com a análise.
Abaixo está a lista com os heatmaps dos 14 grupos de ligação formados (clique sobre os nomes para visualizá-los):
Grupo de ligação 1
Grupo de ligação 2
Grupo de ligação 3
Grupo de ligação 4
Grupo de ligação 5
Grupo de ligação 6
Grupo de ligação 7
Grupo de ligação 8
Grupo de ligação 9
Grupo de ligação 10
Grupo de ligação 11
Grupo de ligação 12
Grupo de ligação 13
Grupo de ligação 14
Para visualizar o mapa final gerado, clique aqui.
Disponibilizamos um vídeo no YouTube onde detalhamos por etapas os procedimentos realizados para a elaboração do mapa genético. Para visualizar o vídeo, clique aqui.
Foi elaborada uma página com a descrição da metodologia utilizada na confecção do mapa (Material and Methods). Para visualizá-la, clique aqui.
Um mapa genético proveniente do cruzamento entre Mimulus guttatus e M. nasutus foi construído por Fishman et al. (2001) e atualizado com posterior informação de novos marcadores. Fishman et al. (2001) utilizaram informação de 255 marcadores e o software MAPMAKER 3.0. O novo mapa de ligação foi construído com o auxílio do software Onemap (versão em desenvolvimento - Margarido et al.) e RStudio versão 3.4. Um total de 287 indivíduos de uma população F2 e 418 marcadores foram utilizados na análise. Dentre os marcadores, 213 são codominantes e 205 dominantes. Para obtenção do mapa final foram necessárias algumas etapas de construção dos grupos de ligação, ordenamento dos marcadores dentro de cada grupo, posterior realocação para equivalência ao que foi publicado previamente, e exclusão de marcadores que não apresentaram evidência de ligação suficiente. Dentro do pacote Onemap utilizou-se função de mapeamento “Kosambi” e as funções compare, Rapid Chain Delineation e try embutidas na função “order_seq()”, juntamente com o algoritmo Ripple. No total, 29 marcadores foram descartados e o mapa final gerou 14 grupos, semelhante ao publicado anteriormente. Este mapa foi construído com o auxílio do software MapChart.
Fishman, L., A. J. Kelly, E. Morgan and J. H. Wilis, 2001 A genetic map in the Mimulus guttatus species complex reveals transmission ratio distortion due to heterospecific interactions. Genetics 159: 1701-1716.
Margarido, G. R. A., A. P. Souza and A. A. F. Garcia, 2007 OneMap: software for genetic mapping in outcrossing species. Hereditas 144: 78-79.
R Core Team (2014). R: A Language and Environment for Statistical Computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. URL http://www.R-project.org/.
Voorrips, R.E., 2002. MapChart: Software for the graphical presentation of linkage maps and QTLs. The Journal of Heredity 93 (1): 77-78.
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