fubinzhang / leaf_phenotype

植物表型测量算法(扫描仪/手机相机/深度相机)

Leaf_phenotype(植物表型-叶片)

按照设备分为三种：扫描仪、手机相机、深度相机（d435）

1.扫描仪

代码位于“./scanleaf_detached_sample"目录下

基于opencv对扫描仪扫描获得的叶片图片进行处理得到叶片的基本表型（长、宽、长宽比、周长、面积、矩形度、致密度、圆形度、球度、边界能量、颜色）

有三份代码：C++、Python以及C++2Python（使用pybind11将C++写的opencv图像处理代码打包成python接口调用的版本）

C++2Python版本只要打包之后在另一个设备具备相同的opencv环境和Python版本就可以使用（仓库中的.so即是打包过后的链接文件)

2.手机相机

3.深度相机（D435相机）

基于d435相机拍摄植株照片，通过实例分割得到每个叶片实例，基于opencv和pcl对预测结果处理生成点云，点云处理获得叶片的基本表型（长、宽、长宽比、周长、面积）

代码逻辑：

D435.py:驱动D435相机的模块

MaskRCNN.py:调用detectron2的maskrcnn进行对象实例分割预测的模块

Leaf.py：活体叶片全样本测量主体框架

点云处理模块有两个版本，对应的在Leaf.py中调用点云处理模块的方式也分为两种（调用系统库运行编译好的执行文件/调用封装之后的py模块，使用pybind将C++代码封装成py库的模块)：

1.pcl_deal目录下：

将C++的pcl处理代码编译成执行文件

2.pcl_deal_pybind目录下：

将C++的pcl处理代码编译成py库供py代码调用