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1134-Texto do artigo-2279-1-10-20171219.pdf

Boa noite professor , meu grupo vai fazer o artigo sobre modelagem do câncer e temos 3 artigos como base, mas esse é o principal ,achamos que está mais dentro do dos conteúdos vistos em aula.

Professor, eu e a Juliane estamos com alguma dificuldade para fazer a análise dimensional do modelo proposto no artigo
que escolhemos.
As unidades de medida que encontramos para algumas constantes são diferentes das informadas pelo artigo.

Nossos compartimentos são as populações de Vírus HIV ( V(t) ) e de células T ( T (t) e T_s (t) ) no sangue de uma pessoa, medidas em indivíduos por mm^3. Logo, a unidade de medida para essas quantias é mm^-3.
Agora, por exemplo, na página 27, na equação para S(t), a constante B_s é somada com V(t). Com isso, concluímos que a unidade de medida de B_s também deve ser mm^-3. Entretanto na tabela da página 29, é colocado que a unidade de medida de B_s é mm^3.

Praticamente todas unidades de medida que encontramos diferem das informadas pelo artigo.
Gostaríamos de saber se estamos fazendo errado.

Professor, estamos com uns problemas na parte dos resultados.

Na solução analítica obtivemos vários erros, mesmo fazendo semelhante ao que foi feito em aula. Você poderia dar uma olhada no issue que abrimos com o erro e o output obtido no nosso repositório, por favor?

Caros alunos,

par ajudar na seleção de temas para os seus projetos de modelagem, vou listar abaixo algumas sugestões de buscas no Scholar.

fiquem à vontade para olhar os artigos e selecionar um modelo que lhes interesse:

• Constant Yield harvesting
• Alee Effect. Saiba mais sobre o efeito allee
• Modelos Epidemiológicos
• Chemostat
• Predator-prey
• Plant-herbivore
• Endemic Diseases
• Zombies

Professor, nós estamos na sala de espera do Zoom. Ocorreu algum problema? Já mandamos email, então estou criando uma issue para aumentar a chance de você ver essa mensagem.

Como podemos encontrar o equilíbrio de uma população que não é constante(modelo de Malthus)? Já que não há como a derivada de todas as populações serem zero, pois a derivada do total não é zero.

Por favor declarem aqui os grupos

No meu trabalho chego no seguinte modelo:

Onde c, s e a são parametros a serem estimados, t é o tempo e x(t) é a porcentagem de falantes de um certo idioma numa certa população. A partir de alguns dados gostaria de estimar os parametros c, s, a e x(0), porêm estou com problemas nessa parte. Tentei usar a ferramenta que o senhor indicou no jupyter do curso: Aula 14 - Estimando Parâmetros.ipynb, mas estou com erro na seguinte parte do notebook:

Retornando o seguinte erro:

TypeError Traceback (most recent call last)
/tmp/ipykernel_9029/2811120966.py in
----> 1 sir_model = DifferentialEquation(
2 func=SIR,
3 times=np.arange(Integer(1951), Integer(2040), Integer(10)),
4 n_states=Integer(1),
5 n_theta=Integer(3),

~/.sage/local/lib/python3.9/site-packages/pymc3/ode/ode.py in init(self, func, times, n_states, n_theta, t0)
96 # Private
97 self._augmented_times = np.insert(times, 0, t0).astype(floatX)
---> 98 self._augmented_func = utils.augment_system(func, self.n_states, self.n_theta)
99 self._sens_ic = utils.make_sens_ic(self.n_states, self.n_theta, floatX)
100

~/.sage/local/lib/python3.9/site-packages/pymc3/ode/utils.py in augment_system(ode_func, n_states, n_theta)
103
104 # Get symbolic representation of the ODEs by passing tensors for y, t and theta
--> 105 yhat = ode_func(t_y, t_t, t_p[n_states:])
106 # Stack the results of the ode_func into a single tensor variable
107 if not isinstance(yhat, (list, tuple)):

TypeError: SIR() missing 1 required positional argument: 'p'

Estou cometendo algum equivoco? ou seria uma limitação da ferramenta? dado que o senhor falou em aula que alguns sistemas de EDOs (mais "compricados") a ferramenta tem problema.

    Carlos , Janaína e Victor (Modelagem de câncer): [Click here](https://github.com/CarlSouza/mode_bio)

Westfal e Wendell
Darlan e Daniel Falqueto
Marceli e Iara: Repositório
Sofia e Juliana: Repositório
Nicole e Daniel Jacob (Dinâmica Populacional do FIV em Populações de Gatos Domésticos): Repositório
Pedro e Ezequiel (Predador e Presa): Repositório
Jairon (Infeção em redes) Repositório

Originally posted by @sofialakschevitz in #13 (comment)

Boa noite, Professor.

Dado que a maior parte das provas/trabalhos da semana de A2 ficaram para os últimos dias, haveria como adiar o prazo de entrega do trabalho para o dia 30 às 23:59? Assim como fizemos na A1.

Atenciosamente,

Caio.

Datas para as apresentações do trabalho da A2.
Por favor escolha uma das datas, e coloquem o nome do grupo:

10/11/2021

17/11/2021

Professor, estamos utilizando o Sage para solucionar numericamente o sistema de EDOs do artigo escolhido.

Para verificar se estava tudo certo, tentamos replicar algumas simulações apresentadas no artigo, utilizando os valores de parâmetros e condições iniciais relatadas no texto.

Entretanto, os plots que obtemos ficaram muito diferentes e, honestamente, não fazem tanto sentido.

Verificamos várias vezes se o sistema foi especificado corretamente e se colocamos os valores corretos para parâmetros/ condições iniciais, mas não encontramos nenhum erro na nossa implementação.

Também testamos diferentes algoritmos com o solver, e encontramos os mesmos problemas.

Haveria como fazermos uma chamada para podermos mostrar o problema e ver se conseguimos entender o que está errado? Pode ser amanhã antes da aula, se você estiver disponível.

Att,

Caio e Juliane.

Professor, conversando com a turma vi ser unânime a opinião de que um dia a mais para fazer o trabalho seria muito proveitoso.
Com a prova de estatística segunda, caso a entrega seja alterada para terça teríamos um tempo a mais para finalizar o trabalho.
Haveria como passar a entrega para terça 23:59?

Grupos

• Victor (Modelagem de câncer)
• Carlos e Janaína
• Westfal e Wendell
• Darlan e Daniel Falqueto
• Marceli e Iara
• Sofia e Juliana
• Nicole e Daniel Jacob
• Pedro e Ezequiel (Predador e Presa)
• Jairon (Infeção em redes)