Add these buttons:
- clone experiment: choose a new folder to make a copy of the current experiment
- rename experiment folder
- rename experiment
- erase the last x cycles
- choose frequency of saving ecosystem: for example, "save the entire ecosystem every 20 cycles".
- use a temporary folder: the program chooses a folder for a new experiment and erases it when the experiment finishes

Instead of storing timeslots, each experiment consists of a sequence of events. One of the events can be "create a snapshot", and it generates an extra file with the snapshot of the ecosystem.

Split settings from organisms' data, and store them in a different file, so that settings can be edited with a text editor.
Organisms' data are compressed before they are written in files, but settings don't need to be compressed.

https://projects.ncsu.edu/cals/course/ent425/tutorial/trophic.html

food_web = {
"P": [];
"H": ["P"];
"C": ["H"]
}

The aim is to provide a simple and readable way of designing the food web of an ecosystem.

Creo que una buena estructura sería:

GUI <---> ExperimentInterface <---> Ecosystem

Donde:

• GUI no contiene información del experimento en sí, sino que siempre interacciona con el experimento a través de ExperimentInterface.
• ExperimentInterface no sabe nada de la GUI, y es la única capa que interacciona con el filesystem. Contiene una instancia de tipo Ecosystem que es la que va creando nuevos time_slices del experimento.
• Ecosystem sólo trabaja en RAM, y no interacciona con el filesystem.

Notas
Van a existir dos tiempos diferentes: time_gui y time_max. time_gui define el time_slice visto por el usuario, y sólo depende de la GUI (ExperimentInterface no lo conoce). time_max define por donde va el experimento.

We'll show data such as biotope's size, procreation frequency of each species, etc, with a table in the "settings" tab.

Tab able to show curves of population for each organism class

Al seleccionar con el ratón un área rectangular y pinchar en un botón, sale una ventana con estadísticas (núm de organismos de cada especie, edad promedio, etc...

Tamaño de los experimentos de test en el repositorio

114M ./test5
75M ./test3
90M ./test4
10M ./test

Son demasiado pesados, y el repositorio tiene un límite de tamaño limitado (creo 1GB). Yo en el repositorio tendría algunos experimentos de test pequeños, sólo para probar funcionalidades de la GUI, y el resto los tendría en otro sitio (e.g. dropbox?). O bien los almacenaría en local y los iría enviando por wetransfer si ocupan mucho (e.g. >300MB).

Ideas para reducir tamaño

• Exportar cada time slice en formato binario optimizado a nivel de bit, en lugar de un JSON que tiene mucho overhead por ser cadenas de caracteres.
• Utilizar compresión ZIP (llamando al comando 'zip' en commandline) para cada time slice. Creo que se puede ir descomprimiento a tiempo real en la GUI y no supondría mucho tiempo. Utilizando compresión ZIP he comprobado que test5 pasa de 114M a 25M.

Creo que estas dos ideas, podemos reducir >75% el tamaño de los experimentos.

La performance de C++ con respecto a Python puede rondar 100x, así que nos interesa. Como esto me llevará un poco de tiempo, lo dejo para tenerlo listo en la versión v0.3.

Aun así ya tengo bastante avanzado en la rama https://github.com/EmilioMolina/ecosystem/tree/cpp_version, que la rama asociada a este issue.

Esto implica añadir:
- Photosynthesis capacity (la energía tiene que venir de algún sitio)
- Death by starvation
- Energy costs

Avoid use of const values in ecosystem.h for more flexibility

Creo que tiene que ver con liberar o no liberar la memoria reservada para un puntero o algo así.
¿Puedes comprobar si sucedía el mismo error antes? Me da a mí que no.

There are some global variables that don't need to be global.

El movement speed puede ser menor cuando son viejos, por lo que tampoco es un gen en sí.

Además, quizá habría que ir pensando la forma de que luego se puedan añadir más genes similares sin grandes modificaciones.

El gui debería ser capaz de leer la configuración, como mínimo el tamaño del biotopo

When the functionality "view history" reaches the last recorded time slice, there's an error that causes the program to exit

We can start with a couple of parameters. Then we decide the GUI to modify all of them.

Estaría muy bien poder parar un experimento y luego poder seguir por donde se quedó. Es decir, que se guarde todo el ecosistema en histories/test, de manera que ecosystem.py se dé cuenta de que ya hay un experimento in progress y, en lugar de machacar lo que hay, que continúe con ese experimento.

Al exporter le falta exportar los datos del programa: Es decir: el tamaño del biotopo, los genes de los bichos, etc...

Hay que grabar un archivo con la configuración y las características de los bichos

Si añadimos mutación, habrá que grabar también los genes de los bichos, no solo el color

Además, estaría bien que el exporter hiciera una copia de ecosytem.py en la carpeta del experimento, para que se sepa qué reglas lo rigen