Del 14 al 17 de junio del 2022. En linea. 26 hrs totales.
En el taller se pretende ofrecer un panorama sólido y profundo sobre los conceptos fundamentales de la genómica funcional de hongos, desde las perspectivas fisiológica, ecológica y evolutiva, con énfasis en los hongos simbióticos (mutualistas y detrimentarios) de plantas. Se incluyen sesiones plenarias sobre teoría biológica y teoría sobre los métodos de estudio contemporáneos (analíticos y de laboratorio). También sesiones prácticas sobre la ejecución de métodos bioinformáticos, y el análisis, minado e interpretación de sus resultados. Todo con la finalidad de sentar las bases teóricas y metodológicas para facilitar el uso de la información genómica en la toma de decisiones operativas y el estudio de los hongos en ecosistemas manejados o naturales.
De entre las fuentes de información biológica, las “ómicas” son probablemente las más poderosas. No solo debido a la gran cantidad de información que se obtiene al generar este tipo de datos, a la continua disminución de sus costos, o a sus aplicaciones potenciales en la predicción y descripción de fenómenos fisio-ecológicos de los organismos de interés, si no también, al creciente volumen de información disponible de manera pública. Sin embargo, la gran mayoría de los cursos, métodos de análisis e incluso la información disponible se centra en organismos bacterianos. Este taller está dirigido a un público de profesionales o estudiantes de las ciencias naturales e ingenierías biotecnológicas o agro-forestales, con intereses en la generación y/o análisis de datos genómicos de hongos, preferentemente (pero no restrictivamente) con alguna experiencia en el trabajo con este tipo de datos.
El taller será impartido por micólogas, micólogos, genómicos, investigadores de tiempo completo adscritos a universidades públicas y a la industria privada, así como post-doctorantes y estudiantes con formación biológica y biotecnológica enfocados en distintas ramas de la genómica, metagenómica y transcriptómica. Por lo que los participantes se llevarán los contenidos presentados en el programa y la perspectiva micológica del ejercicio de las ciencias ómicas. Al finalizar del taller, los participantes habrán recorrido la teoría fundamental de la genómica funcional de hongos, serán capaces de plantear proyectos genómicos, seleccionar las herramientas pertinentes para atender sus objetivos de investigación, acceder a información genómica disponible así como analizar e interpretar datos e información genómica.
Para participar en el taller, los interesados deberán:
a) Atender todo el taller
b) Contar con un equipo de cómputo con terminal y conexión estable a internet
c) Cubrir su cuota de inscripción a tiempo y a través de los métodos establecidos en este enlace. (ver el procedimiento de inscripción y llenar el formulario de registro).
d) Completar el formulario de sondeo.
Los participantes recibirán una cuenta en el servidor, acceso al repositorio bioinformático en el que se albergan los datos y el código que se usará en el taller y que corresponde a análisis recientes de genómica de hongos, así como a todas las presentaciones y otra documentación.
El taller será enteramente en línea. Usaremos los servicios de Discord para las videoconferencias, un repositorio en GitHub para compartir datos y materiales, así como espacio de almacenamiento y poder de computo de la Universidad Autónoma de Querétaro (UAQ). Este evento se realiza gracias al iniciativa del Dr. Juan Campos Guillén (UAQ), Dr. Carlos Saldaña Gutíerrez (LAVIS-UAQ), Dra. Verónica Morales-Tlalpan, (LAVIS-UAQ), Dr. Marco Antonio Sánchez Ramos (UAQ), Ing. Luis Alberto Aguilar Bautista (UNAM), M. en C. Alejandro De León Cuevas (UNAM), Ing. Jair García Sotelo (UNAM), Dr. Alfredo Varela Echavarría (UNAM) por la asesoría y apoyo en tiempo real de los sistemas de cómputo para los análisis, así como préstamo de equipo e infraestructura.
Elena Flores Callejas
Christian Quintero Corrales
Objetivos, participantes, dinámica y cronograma. Rodolfo Ángeles.
Comprobación de programas instalados, acceso al servidor y recepción de material didáctico. Andrés Argüelles.
Conceptos generales sobre las principales características y dinámicas genómicas de los hongos. Rodolfo Ángeles.
Conceptos básicos de biología molecular, historia y desarrollo de las secuenciación de DNA, fundamentos de las tecnologías de secuenciación masiva contemporáneas. Christian Quintero.
Conceptos generales de las ómicas, tipo de datos, g. estructural, g. funcional y pangenómica. Elena Flores.
Navegación entre directorios, manipulación de archivos y filtrado de datos / Obtención de genomas, genes y aff. Diana Oaxaca.
Arquitectura genómica y genómica funcional general. Rodolfo Ángeles.
Ensambles con distintos tipos de librerías y su evaluación. Rodolfo Ángeles.
Características de los genes eucariontes y otros elementos génicos / Uso de Augustus. Elena Flores.
Teoría de mapeo y dominios / Uso de FunAnnotate e interpretación de sus salidas. Rodolfo Ángeles.
... Christian Quintero.
Ecología y evolución de arbusculares, ecto y ericoides. Roberto Garibay.
Marcadores moleculares y ecología de poblaciones / asignación taxonómica y uso de FunGild. Andrés Argüelles.
Secuenciación shotgun, ensambles y bineo. Diana Oaxaca
Ensamble metatranscriptómico y asignación taxonómica y funcional. Valeria Flores.
El continuo simbiótico. Valeria Flores.
Evolución, homología y filogenia / uso de programas. Christian Quintero.
Consideraciones finales. Rodolfo Ángeles.
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