deltareticuli / hse_hw1_meth

1. Анализ QC прочтений

Ссылка на отчет

Можно заметить, что доля GC для QC-прочтений значительно меньше, чем для ДНК- или РНК-последовательностей. Это объясняется особенностями бисульфитного секвенирования: бисульфит действует на одноцепочечную ДНК, превращая неметилированный цитозин в урацил.

2. Google Colab

Ссылка на ноутбук

Число ридов, закартированных на участки 11347700-11367700; 40185800-40195800?

образец / участок	11347700-11367700	40185800-40195800
8cell	1090	464
icm	1456	630
epiblast	2328	1062

Сколько процентов прочтений дуплицированно в каждом из образцов?

bash-скрипт для выполнения дедупликации для всех образцов одновременно:

ls *bt2_pe.bam | xargs -P 2 -tI{} deduplicate_bismark --bam --paired  -o s_{} {}

образец	% прочтений дуплицировано
8cell	18.31%
icm	9.08%
epiblast	2.92%

M-bias plot

По M-bias plot можно увидеть, что так называемые волны деметилирования-метилирования и правда наблюдаются: метилирование уменьшилось с 43% в стадии 8cell до 23% в стадии ICM, а затем в стадии Epiblast сильно увеличилось до 78%.

8cell

Ссылка на отчет

icm

Ссылка на отчет

epiblast

Ссылка на отчет

Гистограммы распределения метилирования цитозинов по хромосоме

По гистограммам можно увидеть, что 100% метилирование чаще всего встречается в стадии Epiblast, реже в стадии 8cell и очень редко в стадии ICM.

Уровень метилирования и покрытия для каждого образца

Уровень метилирования

Уровень покрытия