Можно заметить, что доля GC для QC-прочтений значительно меньше, чем для ДНК- или РНК-последовательностей. Это объясняется особенностями бисульфитного секвенирования: бисульфит действует на одноцепочечную ДНК, превращая неметилированный цитозин в урацил.
образец / участок | 11347700-11367700 | 40185800-40195800 |
---|---|---|
8cell | 1090 | 464 |
icm | 1456 | 630 |
epiblast | 2328 | 1062 |
bash-скрипт для выполнения дедупликации для всех образцов одновременно:
ls *bt2_pe.bam | xargs -P 2 -tI{} deduplicate_bismark --bam --paired -o s_{} {}
образец | % прочтений дуплицировано |
---|---|
8cell | 18.31% |
icm | 9.08% |
epiblast | 2.92% |
По M-bias plot можно увидеть, что так называемые волны деметилирования-метилирования и правда наблюдаются: метилирование уменьшилось с 43% в стадии 8cell до 23% в стадии ICM, а затем в стадии Epiblast сильно увеличилось до 78%.
По гистограммам можно увидеть, что 100% метилирование чаще всего встречается в стадии Epiblast, реже в стадии 8cell и очень редко в стадии ICM.