cuihuaxia / lab-pipelines

这里是所有分析汇总流程

lab-pipelines

这里是所有分析汇总流程
一级文件夹名字为分类名称，DEG/GENOME/Integration
二级文件夹名字为方法名称
到时这里会是一个目录的啦
[TOC]

目录

DEG Cell type adjustment— Connectivity Outlier Covariates—VOOM Network—WGCNA Module conservation—Zsummary Functional enrichment—DAVID, Gorilla

Methylation

DMP, DMR— Feature—ChromHMM GWAS overlap—INRICH,

Call Variants Imputation LDSR—LD regression π1 statistics GWAS
CVAS
RVAS

QTL—matrix eQTL

Causal relationship—SMR, NEO, CIT, metaSCAN

Evolution HAR Dn/Ds

格式说明

每个文件夹至少包括两个部分   1.code   2.说明文档

请在code前加上作为代码描述部分
####
# Describe: 代码作用
# Environment:语言环境
# Author: 作者
# Input:输入文件
# Output:输出文件
# Package requirement:相关依赖包
# Data: 时间
####

例:
####
# Describe: use affy packages to preprocess .CEL
# Environment: R 3.3.2
# Author: Yu Chen (SKLMG)
# Input:.CEL file
# Output:Expression matrix
# R Package requirement: affy, tcltk
# Data: 2017-08-15
####

---

对于说明文档 请加上流程的具体作用以便学习