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生物先端科学コース 学生実験 [2023年度 前期]

事前準備

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テキスト

• 解析実習テキスト
  • 前半
  • 後半
• Nanopore sequencing
  • 動画
• スライド
  • 発表について
  • オニドコロ
  • コムギ近縁野生種
• 配布プリント
  • 1日目
  • 2日目

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ゲノム情報解析入門 [2022年度 学部講義]

• 時間：毎週火曜 14:45 - 16:15
• シラバス

必要なもの

実習では、Google Colaboratoryを使います。

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解析実習表

各回の授業開始前までに、Googleアカウントへの ログイン を済ませ、このページを開いておいてください。

No.	実習内容	日付	資料	その他
01	講義についての説明	10月4日	課題
02	Google Colaboratoryの使い方	10月11日	テキスト 課題	Q&A
03	DNAシーケンス	10月18日	課題
04	DNAシーケンス/ゲノムアセンブリ	11月1日	課題
05	QTL-seq入門(1) 参照配列の準備	11月8日	テキスト 課題 課題解答例	Q&A
06	QTL-seq入門(2) リードアライメント、SNP検出	11月15日	テキスト 課題 課題解答例	Q&A
07	QTL-seq入門(3) SNP-indexの算出、グラフ描画	11月29日	テキスト 課題 課題解答例	Q&A
08	GWAS基礎	12月6日	テキスト 課題 課題解答例	Q&A
09	Genomic Prediction (1)	12月13日	テキスト 課題 課題解答例	Q&A
10	Genomic Prediction (2)	12月20日	テキスト 課題	Q&A
11	RNA-seq (1)	1月17日	テキスト 課題	Q&A
12	RNA-seq (2)	1月24日	テキスト 課題	Q&A
13	Gene function	1月31日	テキスト 課題
14
15

実習内容は、進捗状況により変更することがあります。

各回の課題は、講義終了後 (16:15頃)にアップロードいたします。

出欠確認方法

各回の課題の提出状況により出欠確認をいたします。
課題未提出の場合、欠席扱いになりますのでご注意ください。

課題提出方法

各回の課題は、PandA を使って提出してください。
提出方法の詳細は、各課題ページに記載いたします。

講義で紹介した書籍やサイトなど

• 書籍 Bayesian Methods for Hackers
• 動画 People of Science: Thomas Bayes and Ronald Fisher

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過去の年度のテキスト

• 2017年度
• 2018年度
• 2019年度
• 2020年度
• 2021年度
• 2022年度

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