clinical-genomics-lund / nextflow_oxfordnanopore_sv

Nextflow pipeline for detection of structural variants from Oxford Nanopore data

nextflow_oxfordnanopore_sv

Nextflow pipeline for detection of structural variants from Oxford Nanopore data

KRAV

• Installera singularity
• Installera nextflow
• Bygg container med singularity/build_container.sh
• Editera run_pipeline.sh och kör så det ryker!

FILER

• nextflow.config anger var referensgenom finns samt output och lite övrig konfig
• pipeline.nf recept för pipelinen med exakta kommandon för varje steg
• run_pipeline.sh startar pipelinen
• flowchart.png flödesschema över pipelinen (genereras varje gång den körs)
• timeline.html tidslinje (genereras varje gång den körs)

MAPPAR

• output här hamnar resultaten
• reference referensfiler
• singularity innehåller container med mjuvkaran
• testfastq mapp med testfastq
• work här hamnar resultat/tmpfiler mm under körning

FLOWCHART