cadubio / ameacar

Ferramenta de busca por espécie ameaçada de extinção

ameaçaR

O objetivo deste aplicativo é servir como ferramente de busca por espécies ameaçadas de extinção.

A primeira versão (1.0.0) busca por espécies de plantas (Angiospermas) ameaçadas de extinção em nível nacional e, estadual, para cada estado do sul do Brasil (Paraná, Santa Catarina e Rio Grande do Sul).

Como usar

Digitando os nomes científicos

Colando os nomes científicos

Enviando uma planilha com os nomes científicos

Notas sobres as listas estaduais

A Lista Vermelha da Flora Ameaçada no Estado do Paraná foi elabora pela Secretaria de Estado do Meio Ambiente e Deutsche Gessellschaft Technische Zusammenarbeit (SEMA/GTZ), e publicada em 1995. Em 2020 as grafias dos nomes científicos da lista de 1995 foram atualizadas por técnicos da Sociedade Chauá em parceria com o Mater Natura - Instituto de Estudos Ambientais. Conforme o sítio da Sociedade Chauá (visitado em 09/08/2021):

Todos os nomes das espécies passaram por atualização da grafia, feita com base na Lista da Flora do Brasil (FLORA DO BRASIL, 2020) e realizada através da ferramenta on-line denominada Plantminer (CARVALHO et al, 2010). Para os nomes que não constavam na Lista da Flora do Brasil foram buscados sinônimos no Global Biodiversity Information Facility (GBIF.org) e https://www.tropicos.org/home. Alguns nomes não puderam ser devidamente atualizados, porque não demonstraram sinônimos aceitos na Lista da Flora do Brasil, foram mantidos com o nome original que constava em suas listas. O banco de dados foi formatado utilizando como base o sistema de classificação vegetal Angiosperm Phylogeny Group versão IV (APG, 2016) e relacionados.

Está lista atualizada em 2020 foi utilizada como base de dados inicial para esta ferramenta.

Foi realizada uma nova atualização nomenclatural da Lista Vermelha da Flora Ameaçada no Estado do Paraná (2020), com o pacote R flora.

readr::read_csv("testes/ameacadasPR.csv", show_col_types = FALSE)
#> # A tibble: 582 × 3
#>    nome.original              nome.BFG                   pr   
#>    <chr>                      <chr>                      <chr>
#>  1 Abuta selloana             Abuta selloana             RR   
#>  2 Acanthocladus brasiliensis Acanthocladus brasiliensis RR   
#>  3 Achatocarpus praecox       Achatocarpus praecox       RR   
#>  4 Achimenes ichtyostoma      <NA>                       EN   
#>  5 Acianthera adiri           Acianthera adiri           EN   
#>  6 Acianthera karlii          Acianthera karlii          EN   
#>  7 Acianthera langeana        Acianthera langeana        RR   
#>  8 Acianthera ophiantha       Acianthera ophiantha       VU   
#>  9 Acianthera tricarinata     Acianthera tricarinata     EN   
#> 10 Adenocalymma paulistarum   Adenocalymma paulistarum   RR   
#> # … with 572 more rows

(BFG ou Brasilian Flora Group, refere-se à sigla em inglês para Grupo da Flora do Brasil).

Dos 582 nomes científicos constantes na lista de ameaçadas do Paraná (2020), 23 não foram encontrados em Flora do Brasil 2020

readr::read_csv("testes/ameacadasPR.csv", show_col_types = FALSE) |> 
  dplyr::filter(is.na(nome.BFG)) # filtra pelo nomes que não foram encontrados em Flora do Brasil
#> # A tibble: 23 × 3
#>    nome.original                               nome.BFG pr   
#>    <chr>                                       <chr>    <chr>
#>  1 Achimenes ichtyostoma                       <NA>     EN   
#>  2 Aeschynomene montevidensis var. microphylla <NA>     RR   
#>  3 Begonia diaphones                           <NA>     EN   
#>  4 Begonia glabrescens                         <NA>     EN   
#>  5 Begonia klydophylla                         <NA>     EN   
#>  6 Begonia succulenta                          <NA>     EN   
#>  7 Begonia tibagiensis                         <NA>     EN   
#>  8 Byttneria catalpaefoli subsp. sidaefolia    <NA>     EN   
#>  9 Chaetoclamys psammina                       <NA>     EN   
#> 10 Echinodorus rhombifolia                     <NA>     RR   
#> # … with 13 more rows

Verificando estes 23 nomes, com a função TNRSdo pacote TNRS, temos agora 8 nomes científicos sem correspondência nas bases de dados Flora do Brasil 2020, Tropicos.org ou The Plant List.

readr::read_csv("testes/ameacadasPR.csv", show_col_types = FALSE) |>
  dplyr::filter(is.na(nome.BFG)) |> # filtra pelo nomes que não foram encontrados em Flora do Brasil
  dplyr::select(nome.original) |>
  purrr::flatten_chr() |>
  TNRS::TNRS() |>
  dplyr::mutate(Name_matched = dplyr::if_else(Name_matched == "[No match found]", 
                                              "Não encontrado", 
                                              Name_matched)
                ) |> 
  dplyr::filter(Name_matched == "Não encontrado") |> 
  dplyr::select("Nome enviado" = Name_submitted, "Correspondência" = Name_matched, 
                "Estatus taxonômico" = Taxonomic_status, "Aceito" = Accepted_name
  ) |>
  
  tibble::as_tibble()
#> # A tibble: 8 × 4
#>   `Nome enviado`          Correspondência `Estatus taxonômico` Aceito
#>   <chr>                   <chr>           <chr>                <chr> 
#> 1 Begonia glabrescens     Não encontrado  ""                   ""    
#> 2 Begonia klydophylla     Não encontrado  ""                   ""    
#> 3 Begonia succulenta      Não encontrado  ""                   ""    
#> 4 Begonia tibagiensis     Não encontrado  ""                   ""    
#> 5 Chaetoclamys psammina   Não encontrado  ""                   ""    
#> 6 Echinodorus rhombifolia Não encontrado  ""                   ""    
#> 7 Ossaea australis        Não encontrado  ""                   ""    
#> 8 Zexmenia viguerioides   Não encontrado  ""                   ""

Os procedimentos de validação dos nomes científicos realizados com a lista de espécies ameaçadas do estado do Paraná foram realizados com as lista de ameaças do Rio Grande do Sul e de Santa Catarina. Nestas listas todos os nome científicos foram validados em Flora do Brasil 2020, Tropicos.org ou The Plant List.

Por que há nomes científicos não encontrados?

Quando se defini uma espécie nova, seja de planta, animal, fungo, microrganismo ou fóssil, é obrigatório se estabelecer um nome científico para está espécies. Esta definição de uma nova espécie, incluindo o nome científico, é validada por outros cientistas, através da publicação da nova espécie em artigo científico. Entretanto, algumas vezes, o taxonomista (cientista que cuida da classificação, criação e organização das espécies), enquanto pesquisa, se depara com uma nova espécie e a nomeia, seja para registrar sua impressão de que se trata de um material diferente daqueles que ele observou, ou por qualquer outro motivo. Em teoria está novo nome deveria ser validado por outros taxonomistas. Mas o próprio taxonomista pode perceber, numa investigação mais refinada, de que não se trata de uma nova espécie, ou aquela material em que foi colocado o nome fica sem ser avaliado por outros cientístas ao longo do tempo. Assim, aquele nome científico que poderia ser validado torna-se apenas uma anotação, ou um registro de que o material observado chamou a atenção de um taxonomista. Veja por exemplo, Begonia glabrescens. Aquele nome anotado, que serviu apenas como registro, pode ser utilizado de um modo, digamos, pouco creterioso.

Novas versões

Em versões futuras serão incluídos outros grupos de plantas (briófitas, samambaias, licófitas e gimnospermas), além das algas e dos fungos. Pretende-se ainda adicionar as espécies de fauna ameaçadas de extinção.