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FragPair-PreScreening

有望なフラグメント空間配置対に基づく化合物プレスクリーニング

Workflow

• 入力フラグメントをドッキングし、フラグメント空間配置対を評価
  • フラグメント空間配置対：フラグメント対とその相対距離
• 本ツールは下図ステップ 1 ～ 4 に対応

Installation

Dockerfile is at .devcontainer/Dockerfile. It explains the requirement and what packages are needed.

Requirement

• Boost (latest)
• Open Babel 2.4.1
  • OpenBabel 3.x (latest) is not supported.

Build

make all

Usage

Execution Sample

./atomgrid-gen dude/testdata/testconf.in   # make atom grid
./fragment-query dude/testdata/testconf.in # create fragpair query

Output

フラグメントベースの化合物立体配座検索システム（非公開）に渡すクエリ

FRAGMENT_1 FRAGMENT_2 Distance_g Distance_r

• FRAGMENT_1, FRAGMENT_2: フラグメント対のSMILES
• Distance: フラグメント対間の相対距離
  • 相対距離範囲は $[$ Distance_g-Distance_r, Distance_g+Distance_r $)$

fragpair-prescreening's Issues

一部の関数の説明追加

特に重要と思われる関数についてのみでも良いので、どういうものなのか簡単な説明があると有難いです。これのもとになっているREstrettoでは、doxygenのフォーマットに従って記述しているので、それに合わせるとなお良いです。

fragpair-prescreening/src/utils.hpp

Lines 45 to 48 in ea7f8e3

	/**
	* @param[in] val a real value
	* @return integer a ceiled value
	*/

README.mdの修正

以下の点、修正お願いします。

• Execution Sample、dude/testdata ... となっているが、 dude/ は不要
• Outputの形式、実際にはクエリの後に数値が1つ付属している。優先度と思われる

また、中でどのような計算が行われているが、短く記述していただけると有難いです。図は新造する必要なく、SIGBIOの原稿の図を流用してください。