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Home Page: http://agroportal.lirmm.fr
Repository used to consolidate documentation about the AgroPortal project and track content related issues.
Home Page: http://agroportal.lirmm.fr
They really use "TO" as their acronym for IDs etc.
In AgroPortal we should alos use TO for http://agroportal.lirmm.fr/ontologies/PTO/
C'est tres long quand on clicque sur "save submission"... ca prend tellement longtemps que ca affiche "something went wrong" tandis que le chgt est effectivement fait.... c'est un peu un problème quand même.
Idem avec la nouvelle page Add metadata, pour de ou 3 champs ca prends 2h et ca affiche "something went wrong" tandis que le chgt est effectivement fait.
Le texte de commentaire en haut de page contient un bug. Il doit manquer une blaise dans le HTML.
tyle="padding:10px;margin:10px; border:1px solid #EFEFEF;"> A
This tracker concerns the fact of handling multilingual contnt in AgroPortal. We are working on it.
This issue concerns the development of an extractor to export the content of AgroPortal to the VEST Registry.
This track was started during the 1st AgroHackathon.
The Breeding API specifies how to return Traits & Observation Variables
http://docs.brapi.apiary.io/#
For a given ontology, we can have the /classes service
http://data.agroportal.lirmm.fr/documentation#Class
that returns classes aggregated in a certain way that (variable=trait+method+scale) to be compliant with the Breedding API
We can do that in our Tomcat/Java servlet while post-processing the result of /classes service
http://services.agroportal.lirmm.fr/
Basically, it means deploying a new service:
http://services.agroportal.lirmm.fr/brapi/v1/traits
http://services.agroportal.lirmm.fr/brapi/v1/traits/id
http://services.agroportal.lirmm.fr/brapi/v1/variables/datatypes
http://services.agroportal.lirmm.fr/brapi/v1/variables
http://services.agroportal.lirmm.fr/brapi/v1/variables/id
See spec on Breeding API web site.
We are trying to figure out the best pull URL for
http://agroportal.lirmm.fr/ontologies/PO
http://agroportal.lirmm.fr/ontologies/PTO
The property is called "pullLocation"
http://data.agroportal.lirmm.fr/ontologies/PO/submissions/1?&include=all&display_context=false&display_links=false
http://data.agroportal.lirmm.fr/ontologies/PTO/submissions/1?&include=all&display_context=false&display_links=false
Pierre, est ce que tu conseilles de prendre:
http://purl.obolibrary.org/obo/po.owl (qui nous donne visiblement la meme chose que ce qu'on a deja dans AgroPortal)
http://purl.obolibrary.org/obo/to.owl (qui nous donne visiblement autre chose)
Ou est-ce qu'on doit privilégier:
https://github.com/Planteome/plant-ontology
https://github.com/Planteome/plant-trait-ontology
Visiblement pour PTO, les différents fichiers ne donne pas la même chose et on se retrouve avec 3 ontologies différentes pour PTO:
http://bioportal.bioontology.org/ontologies/PTO/?p=classes&conceptid=root
http://stageportal.lirmm.fr/ontologies/TO/?p=classes (appelle TO juste pour le test)
http://stageportal.lirmm.fr/ontologies/PTO/?p=classes
Pierre tu aurais des éléments ?
Project to submit includes:
Crop Ontology
LovInra
RDA Wheat
AgroLD
Planteome
Others...
This can be done through the UI (by Anne) then projects need to be reassigned to their actual users in AgroPortal... it needs to be done by a REST POST call
I am assigning to Vincent to copy/paste the CURL call.
La hiérarchie apparait comme flat tandis qu'il y a des relations is-a dans l'ontologie.
Même si on affiche pas exactement la même hiérarchie que :
http://www.cropontology.org/ontology/CO_325/Banana
Car on n'affiche pas les relations methd_of dans la hiérarchie, on doit pouvoir afficher le début de la hiérarchie qui est is_a
Par contre les méthodes e.g.,
http://agroportal.lirmm.fr/ontologies/CO_325/?p=classes&conceptid=http%3A%2F%2Fpurl.obolibrary.org%2Fobo%2FCO_325_0000094&jump_to_nav=true
N'ont pas de relation is-a (c'est bizarre d'ailleurs que ne spécialise pas une classe plus générale)... donc elles devraient apparaitre flat.
Faut aussi voir ce que devienne les scale_of : les termes n'existent pas chez nous
http://www.cropontology.org/terms/CO_325:0000095/scale%20of%201%20to%202
ou Days
Faut regarder ce qui se passe dans les fichiers soumis et générés.
A noter sur CO_320 (Rice) cela ne se passe pas.La partie de la hiérarchie qui existe est bien présenté.
When adding a note to an ontology term, the notification email that subscribed users will receive includes a URL link that is wrong.
For insatnce:
Subject: Can measure by mapped to another ontology ?
You can respond by visiting: NCBO BioPortal:
http://agroportal.lirmm.fr/notes/http%3A%2F%2Fdata.bioontology.org%2Fnotes%2F9673b100-80b2-0133-79ea-525400026749
The included link does not end on the actual concerned concept.
We need to use our own URI for ontologies in the SPARQL endoint.
For instance:
GRAPH http://data.bioontology.org/ontologies/PTO/submissions/1
should be
GRAPH http://data.agroportal.lirmm.fr/ontologies/PTO/submissions/1
C'est pas grand chose, mais cela évitera la confusion avec le NCBO BioPortal.
Discussion en cours avec
Tout est dit dans le titre.
Je mettrai les éléments dans
https://docs.google.com/document/d/1RZc7U4pjhEzPAFJhz32oEpkAQNHdchwyusLeu-VoLsE/edit#heading=h.73u3v2qdolp9
We have fixed now the slice feature. For instance: http://wheat.agroportal.lirmm.fr
We now need to deploy all the slices defined in the GDoc
https://docs.google.com/spreadsheets/d/1Jx8lHfYXHA8elIlkmZ1AsPyRBUxYC-dQsSdcSqvRelc/edit#gid=800725135
Dans la page "browse": http://agroportal.lirmm.fr/ontologies
Il serait intéressant que les nom de groupes et de catégories soient cliquables pour que l'on puisse obtenir des informations sur ce que c'est que ce groupe et/ou cette catégorie.
Cela pourrait ouvrir une petite fenêtre pop-up plutôt que de changer carrément de page.
Léo Valette: choisir directement dans l'interface (style un bouton à côté de chaque annotation pour "supprimer" chaque annotation qui ne nous intéresse pas).
Maintenant qu'elle a crée un compte, il faut lui redonner les droits sur les ontologies de Planteome, soit TO et PO pour le moment.
Pour le moment, le texte explicatif de la plateforme est celui de BioPortal, sorti de la boite.
Nous devons le changer pour l’adapter a notre projet
Je viendrai mettre les specs de texte pour chaque page ici:
https://docs.google.com/document/d/1RZc7U4pjhEzPAFJhz32oEpkAQNHdchwyusLeu-VoLsE/edit
L'idée serait de changer la façon dont sont afficher les propriétés des classes.
Il faudrait sans doute:
3.Offrir la possibilité en un clic d'obtenir le JSON-LD pour ce concept. C'est quand même vachement pratique quand on veut passer de l'UI à l'API.
La création d'une ontologie avec seulement des métadonnées produit ce message d'erreur :
"We're sorry but something has gone wrong. We have been notified of this error."
Cela est probablement dû au fait qu'il n'y a pas de soumission associée. Mais l'ontologie est quand même créée : http://agroportal.lirmm.fr/ontologies/ONLYMETADATA
Il faut adapter le formulaire d'enregistrement (par exemple, inutile de demander le format du fichier de l'ontologie quand il n'y en a pas).
Quand on crée un compte il y a une checkbox qui offre de s'inscrire a une mailing liste de BioPortal... ce qui ne se passe pas d'ailleurs.
Faudrait que chez nous cela implique une inscription a [email protected]
(que l'on peut faire a la main, si on a une notification qui dit que qq vient de creer un compte).
Je peux faire les inscritpions (j'ai les mains sur la mailing liste) maunellement;
Pour que:
J'entends par la les propriétés principales, que l'on peut affecter nous même sans demander aux propriétaires de l'ontologie: license, languages, publisher, formality level, syntax, endorsed by, has domain (categories), engineering tool, identifier pattern, logo, example of identifier,
Il y a aussi toutes les métadonnées qui peuvent être affectées automatiquement comme: SPARQL endpoint (on peut mettre le notre par defaut), free text search endpoint (idem), URI look, repository (on peut mettre AP par defaut).
A voir avec Patrice et Stephane si c'est ok.
Je pense que Vincent a deja l'URL de pull.
Faudra compléter les autres metadonnées
Sur AgroPortal. Loggé admin.
Je viens de changer a la main ces propriététés pour Biorefinary et c'est les URI qui s'affichent desormais dans l'UI.
http://agroportal.lirmm.fr/ontologies/BIOREFINERY
Pour info: idem pour la propriété natural language. C'est l'URI qui s'affiche. Faudrait que ce soit le nom de la langue en anglais.
In the perspective of the coordination between VEST and AgroPortal, we need to add some metadata fields.
Valeria. "Allowing the registration of vocabularies with only metadata in the AgroPortal (adding a few metadata to the basic initial registration: description, owner/publisher, vocabulary type, domain, format, license)"
Clément. "For metadata form : Name (you have it already), Description, Owner/publisher, Vocabulary type, Domain(s) (I think you already have the categories?), Format
We need to :
For the ontologies that are Trait Definition, the Crop Ontology project (Cyril & Marie) have defined a template for import/export:
http://www.cropontology.org/TD_template_v5.xls
The enhancement consists in changing the XLS export available in AgroPortal (Summary>Submissions>Download) to actually follow the TD_template_v5
@jvendetti has pointed us to the appropriate code on the NCBO GitHub:
The class that generates the CSV is here:
https://github.com/ncbo/ontologies_linked_data/blob/master/lib/ontologies_linked_data/utils/ontology_csv_writer.rb
The CSV is generated during the ontology indexing process. Look at the index method in ontology_submission to see where the code is called:
https://github.com/ncbo/ontologies_linked_data/blob/master/lib/ontologies_linked_data/models/ontology_submission.rb#L801
On a un cycle pour certiane ontologie:
Notre pull URL est notre service REST a nous:
E.g. NCBITAXON
La pull URL est
http://data.agroportal.lirmm.fr/ontologies/NCBITAXON/submissions/6/download?apikey=4a5011ea-75fa-4be6-8e89-f45c8c84844e
Il semblerait qu'il faille juste changer agroportal.lirmm.fr par bioontology.org et ca marche.
Idem pour
GO, ENVO, CDAO, etc....
L'objectif de ce tracker et d'assurer le suivi de l'upload de toutes les ontologies à partir de http://www.cropontology.org/
Pour le moment nous en avons 4. Nous avions prévu de mettre les autres quand la question de la pullLocation URL serait réglé.
Faudra saans doute débugegr au cas par cas, ainsi que compléter comme il faut les métadonnées.
Finalement mettre a jour la slice et le groupe CROP.
And display a hiearchy like the one on cropontology.org
N'apparait plus. Il semblerait depuis la release.
Modification à apporter (signalée par Elizabeth) : dans AgroPortal, pour les ontologies dont le
nom comprend CGIAR, remplacer par IBP
Apres les ajouts recents et a chque ajout suivant il faut penser a mettre a jours les slices.
Celle la est important car elle donne le nombre d'ontologie chez nous et pas chez BioPortal.
Demander par Elisabeth:
créer un champ qui explique comment citer facilement l'ontologie pour les personnes qui souhaitent utiliser une ontologie dont ils ne sont pas propriétaires
We open this to track the process of changing the AgroPortal's categories:
http://data.agroportal.lirmm.fr/categories
This tracker should be closed when new categories will be in AgroPortal AND when existing ontologies will be assigned to new categories.
Disposer d'une URL côté INRA pour permettre la mise à jour automatique des vocabulaires déposés sur AgroPortal
Problème d'affichage des vocabulaires proposés par Catherine R.
Hypothèse : mauvaise prise en charge par le portail
Sur AgroPortal, SIFR et Stage.
On ne voit plus aucun graphique des "Visits"
This tracker is to follow the inclusion of the 3 ontologies in AgroPortal.
Assigned to Anne to report last tentatives...; teh we will track here updates.
We are thinking about adding a tab in the UI that for each concept will retrieve and link to annotations in different databases. For instance AgroLD.
I am assigning Pierre for now, in order to get a URL/ Web service call to get numbers/statistics + a link in AgroLD.
It would be great to have two lists
L'email qui est donné est :[email protected]
A remplacer par:
[email protected]
Page Browse, la selection des formats bug: on ne peut plus filtrer par format.
Idem sur SIFR et stage. Cela doit venir du changement de modele des metadata.
Pour permettre 1) une meilleure orientation des utilisateurs au sein du portail et 2) faciliter l’appropriation d’AgroPortal par les communautés par des rappels de leurs identités graphiques respectives
Cela pourrait inclure des logos, des images, une CSS particulière, etc.
Aussi, quand on a deja rempli un champ, et qu'on revient sur la page Add metadata, faut qu'on le voit !
Sinon on ne peut plus modifier qq chose de déjà saisi.
@vemonet @antool Une partie de moi se demande si on ne devrait pas tout mettre sur la page "edit submission", en suivant le même patern et en cachant les métadonnées additionnelles sous un "Click here to add additionnal metadata to your submission"
We had an interesting remarks from our AgroPortal:
It would be interesting to have a “Change tab” (by the side of the Summary, Classes, Properties… ) that for a given ontology will display in a nice user friendly UI the changes between the versions of ontologies. Concepts added/removed/completed, etc…
As of now, someone has to drill into each diff file, when they are available to figure out exactly what have changed in his/her preferred ontology.
At least for general differences, they must be some kind of generic UI… then for very specific changes, maybe just a display of the diff file to complete…
The EU project Valerie (VALorising European Research for Innovation in agriculturE and forestry) has produced an intersting public deliverable to review for AgroPortal.
http://www.planteome.org/node/1
I will discuss this with Laurel this WE at PAG. But we shall certianly upload the 2 others ontologies in AroPortal.
Assigne to me for the moment.
A declarative, efficient, and flexible JavaScript library for building user interfaces.
🖖 Vue.js is a progressive, incrementally-adoptable JavaScript framework for building UI on the web.
TypeScript is a superset of JavaScript that compiles to clean JavaScript output.
An Open Source Machine Learning Framework for Everyone
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Bring data to life with SVG, Canvas and HTML. 📊📈🎉
JavaScript (JS) is a lightweight interpreted programming language with first-class functions.
Some thing interesting about web. New door for the world.
A server is a program made to process requests and deliver data to clients.
Machine learning is a way of modeling and interpreting data that allows a piece of software to respond intelligently.
Some thing interesting about visualization, use data art
Some thing interesting about game, make everyone happy.
We are working to build community through open source technology. NB: members must have two-factor auth.
Open source projects and samples from Microsoft.
Google ❤️ Open Source for everyone.
Alibaba Open Source for everyone
Data-Driven Documents codes.
China tencent open source team.