Enhancement about anova

[melpetera]

Suite au PR #5 certains de ces points ont été traités. Du coup, listing des actions faites et restantes.

• Point 1 : Choisir entre garder "Mode" ou enlever "Mode"
• Point 2 : Enlever "Separator of column". Choisir si on enlève "Decimal separator"
• Point 3 : Revue de l'organisation des outputs
• Point 4 : Abandon de la section "Working Example"

Concernant le point 2, je recommande d'enlever "Decimal separator" vu que le module est en anglais de toute façon.

Concernant le point 1, je ne me souviens pas de ce dont je pouvais parler concernant du dev supplémentaire si on garde Mode... Je me demande si ce n'est pas simplement au niveau des messages d'erreur en cas de non-match des tables que ça bugait ? A vérifier, je peux lancer quelques tests quand la version du PR #5 sera sur la dev et voir de quoi il retourne. Et en fonction voir ce qu'on fait ?

Un avis sur ces 2 points @lecorguille ?

[lecorguille]

Pour le point 2, on pourrait en effet enlever "Separator of Column" mais tenter de le deviner:
Comme ici

    sampleMetadata <- read.table(sampleMetadataFile, h=F, sep=";", stringsAsFactors=F)
    if (ncol(sampleMetadata) < 2) sampleMetadata <- read.table(sampleMetadataFile, h=F, sep="\t", stringsAsFactors=F)
    if (ncol(sampleMetadata) < 2) sampleMetadata <- read.table(sampleMetadataFile, h=F, sep=",", stringsAsFactors=F)
    if (ncol(sampleMetadata) < 2) {
        error_message="Your sampleMetadata file seems not well formatted. The column separators accepted are ; , and tabulation"
        print(error_message)
        stop(error_message)
    }

[melpetera]

Il y a une obligation d'être un tabular en input, donc de toute façon ce n'est pas censé être autre chose qu'une tabulation comme séparateur.

[lecorguille]

Si l'entrée vient du workflow W4M, c'est en effet des tabulations
Mais il faut imaginer y brancher d'autres outils en amont (hors metabo).

[melpetera]

Dans ce cas il faut laisser le paramètre "Separator of Column", et c'est le format tabular en input qu'il faut enlever.

Et du coup ça tranche aussi avec la question du "Mode" qu'il faut du coup laisser aussi.

[melpetera]

J'ai testé sur la dev pour la question du mode, et effectivement ça passe au rouge en cas de matrice inversée (j'imagine donc que c'est de ça dont je parlais à l'époque). J'investigue la question et propose un correctif.

[melpetera]

@lecorguille j'ai trouvé le soucis et le correctif est assez simple, je vais le pusher directement sur la dev. Est-ce que j'en profite pour inclure de virer la spécification d'un tabular dans le XML pour clotûrer cette issue ?

[lecorguille]

C'est un peu à cause de vous, "les statisticiens", que j'ai rajouter ce mode.
A l'époque, vous vouliez que les tests soient fait sur les colonnes. 😖
On peut le virer et ne garder que le mode row, ça me va.

Pour le séparateur, si tu veux, tu peux inclure cette fonction:
https://github.com/workflow4metabolomics/xcms/blob/284e6a94a9b88a97a1e5e97ad9b9519874c49901/tools/scripts/lib.r#L109

# It allow different of field separators
getDataFrameFromFile <- function(filename, header=T) {
    myDataFrame <- read.table(filename, header=header, sep=";", stringsAsFactors=F)
    if (ncol(myDataFrame) < 2) myDataFrame <- read.table(filename, header=header, sep="\t", stringsAsFactors=F)
    if (ncol(myDataFrame) < 2) myDataFrame <- read.table(filename, header=header, sep=",", stringsAsFactors=F)
    if (ncol(myDataFrame) < 2) {
        error_message="Your tabular file seems not well formatted. The column separators accepted are ; , and tabulation"
        print(error_message)
        stop(error_message)
    }
    return(myDataFrame)
}

[melpetera]

Pour le mode, si on veut que l'outil soit aussi compatible hors métabo, il vaut mieux le laisser. C'est si on le focus 100% metabo qu'il vaut mieux l'enlever. De toute façon, j'ai corrigé le problème qu'il y avait avec "column" (voir c39d1ef).

Pour le séparateur, du coup j'ai simplement ajouté la possibilité de prendre en entrée les CSV (voir 6e72f66). Et en cas de bad sniffing ça ira en gardant le paramètre de séparateur.

Du coup normalement on est bon pour cette issue ! :)

[lecorguille]

Ok
Encore merci d'avoir sauver le soldat anova!