SAにするときに考えること about dbgphmm

[ryought]

リードエラー率の表示
リードごとに出力する(ミスマッチ数)

[ryought]

アニーラーのログの表示

各ステートに対して1行ずつ
・今のstate(基底を何回足したか)
・スコア(事前分布と出力確率に分けて記載する)
・温度
各ステートに対して、displayを割り当てる

全ステートのサマリー
・各k-merのコピー数の変化のヒストグラム
・ゲノムサイズの変化(事前分布比)

[ryought]

optimize_with_answer
readからcdbgを作る→answerのcopy_numを見つける
→見つかった場合
→見つからなかった場合

・とりあえずforwardなしで実験

[ryought]

annealerのログ
・各historyで1行の項目
・列ごとに計算する項目(pythonでやればいい説もある)

答えがある時にやること
・答えのスコアを計算する
・答えに対応するベクトルを表示する

・各サイクルのサイズ等も知りたい(これはdbg statで表示するようにする)